宋代，朝廷加强了祭祀活动，九疑山舜帝陵庙得到修复，祭祀活动得以正常进行。理学大家朱熹还撰写了祭舜乐舞歌词《虞庙乐歌词》。
五代时期，战乱频繁。宁远九疑山为瑶民聚居区。由于瑶民不堪朝廷的经济掠夺和政治压迫，多次进行反抗。后周广顺三年（953），九疑山瑶民在盘崇领导下起义。在社会动荡不定和战争连年不断的影响下，九疑山舜帝陵庙年久失修，再度几近荒废。
960年，赵匡胤发动陈桥兵变，夺取后周政权，建立起北宋王朝。赵宋王朝建立后，加强了对上古帝王陵庙的保护与管理。宋太祖建隆年间（960～963），王继勳时为检校太保、行道州刺史事，奉诏重修九疑山舜帝陵庙。
乾德元年（963），宋太祖下诏，对上古帝王的祭祀作出规定。《宋史·礼志》载：“乾德初，诏历代帝王，国有常享，著于申令，可举而行……按祠令，先代帝王每三年一享，以仲春之月，牲用太牢；祀官以本州长官，有故则上佐行事，官造祭器送诸陵庙。又诏先代帝王载在祀典，……其太昊、黄帝、高辛、唐尧、虞舜……各置守陵五户，岁春秋祠以太牢。”乾德六年（968），宋太祖敕令九疑山舜庙每三年一祭。所有这些可以说明，在宋代，朝廷对九疑山舜帝陵庙的保护与管理是非常重视的，而且采取了很多积极的措施。宋代九疑山舜帝陵庙，是在唐代舜帝陵庙的基础上重修，保持了唐代舜帝陵庙的规格与规模，地址仍在玉琯岩前。
祭舜都是最隆重的典礼。祭典的形式有筑台望祭、陵前燎祭、庙堂文祭、庙堂歌祭、礼乐歌舞祭等。筑台望祭由郊祭发展而来。祭祀时设祭台，烧柴火，望九疑而祭望祭舜帝始于大禹，止于汉武帝。陵前燎祭是用火焚烧祭品、祭器，使香味随烟上达于天，以沟通神灵的一种祭祀形式。祭祀时，通常设有专门的燎祭所，并掘有燎祭坑。主祭官在燎祭所，点燃燎祭之火后，参祭人员虔诚望燎，然后掩埋燎祭坑，表示此次祭典已与被祭祀的神灵相沟通。庙堂文祭是在燎祭的基础上，发展起来的一种祭祀形式。祭祀时，向舜帝神位，宣读祭文，然后焚烧，即“读祝”、“焚帛书”。这种宣读祭文的仪程始于何时尚不得而知，但至迟在南朝宋代已经有之。宋武帝刘裕诏湘州刺史张邵祭舜，时任始安太守颜延之为张邵起草了一篇祭舜文，就是明证。此后，凡是祭舜，都有了“读祝”“焚帛书”的仪程。庙堂歌祭，就是在祭舜时增加歌咏仪程，在“读祝”之外，由祭祀队伍歌咏舜帝功德。在祭舜中使用歌词始于何时尚无定论，但至迟不会晚于中唐元结任道州刺史之时。因当时元结还亲自作《补乐歌·大韶》，以为歌祭之用。礼乐歌舞祭，就是在祭祀时加入舞蹈，祭祀队伍随歌漫舞。这种形式始于宋代，到清代成为定制。
进入唐代后，随着佛教的传播的广泛深入，民间的传统生活习惯发生了很大变化，传统儒学受到冲击。宋代的有识之士如司马光、朱熹等，意识到《仪礼》中的礼制是中国儒家文化的典型，决不能让它从中国社会彻底消失。为此，他们顺应时势，对《仪礼》进行删繁就简，取精用弘的改革，摘取其中最能体现儒家人文精神的冠、婚、丧、祭诸礼，率先实行，并在士大夫阶层中加以提倡，收到了比较积极的成效。宋代在祭舜问题上作了特别规定，歌祭时，有统一的乐曲，歌词统一使用朱熹所作的《虞庙乐歌》。其歌词如下：
皇无为兮山之幽，翳长薄兮俯清流。渺冀州兮何有？眷兹土兮淹留。皇之仁兮如在，子我民兮不穷。以爱沛皇泽兮横流，畅灵威兮之无外。洁樽兮肥俎，九歌兮舞。嗟莫报兮皇之祐，皇欲下兮俨相羊，烈风雷兮暮雨。
从此以后，朱熹所作的《虞庙乐歌》成为祭舜时的通用歌词。