亚洲有两个国家特别奇葩，一个韩国一个印度，但电影都特别厉害。1999年6月8号，韩美海上第15次军事演习时，韩国第三潜艇发生紧急事故，少校李千石因阻止艇长射杀艇员将艇长射杀，遂被控谋杀长官判处死刑执行枪决。
但他没有死，而是被韩国海军从鬼门关拉了回来。恢复后他才知道，自己身在韩国绝密的核武基地内，这里正在秘密研发核潜艇，所有人的余生都要在这里度过。他们没有名字，只有代号，李千石是431号，他的职务是飞弹主任。上任后他才知道，韩国发展核武前，日本已于1996年拥有核潜艇和制造原子弹的能力，但美日却联合起来打压韩国。当年12月，俄罗斯为偿还债务抵给了韩国一艘全攻击型潜艇，韩国趁机把它改造成了核潜艇，命名幽灵号，同时开始研发核武系统。转眼他们迎来了首航，此行他们要经过寿岛和马里亚纳海沟，对于日本，舰长并不担心，因为幽灵号的潜深极限远比日本潜艇深得多，至于美国潜艇，即便是在公海上碰头，美国也会误认为这是俄罗斯潜艇不敢贸然行动。但由于舰长改变预定航向，副舰长202大为不满，可艇长仅仅以他不该知道的就别问为由敷衍了事。
前进中李千石发现，厨师违规私藏照片，依照规定，彼此不能相互打听身份，更不能私藏有关身份的物品。不过他没有处罚厨师，而是要其晚上10点送两碗泡面到431屋内，恰逢此时，舰长又路过，随即他把李千石叫到了办公室。舰长与李千石父亲曾是同事，只是其父亲后来被人刺杀，他认为李千石来到幽灵号就像他父亲的死一样，都是命中注定的。说完这些，他交给李千石一把钥匙，并让李千石绝对保密。
时间来到晚上10点，李千石正在父亲遇害的噩梦中痛苦不堪时，厨师送来了两碗泡面。他把其中一碗留给了厨师吃，正是这个细微的举动，让这个经常受欺负的基层士兵感动得无以言表。不久副舰长背着舰长召开了一次秘密会议，因为在艇上发现一枚炸弹，所以他们一致决定采取行动。而在声呐室内，一个士兵因为单调无聊拿着一把锥子，无论怎么使劲扎自己的手就是扎不到，气得他毫无办法。舰长也因为声呐没有发现任何动静感到百无聊赖，于是他把监管权交给副舰长，自己来到了熏蒸室。不料连20分钟都不到，广播里就传来副舰长的声音，说潜艇发生叛变事件，舰长遇害，叛变已被镇压，潜艇即刻进入一级戒备。话音一落，李千石赶紧跑向飞弹室，正巧遇到493，一问才知道副舰长已经接管全舰，并发布命令准备发射飞弹。闻听此言，李千石脑瓜子嗡嗡直响，立刻掉头冲进舰长指挥室，直到这时新任舰长才告诉他只是虚惊一场，说潜艇外面的不是敌人而是一头鲸鱼。等李千石想要检查老舰长尸体时，舰长直截了当的告诉他，是自己杀了老舰长，原因是老舰长在艇上安装了自爆装置，打算让大家跟幽灵号同归于尽。
同时他还告诉李千石，上次他们途径南海时，碰到了日本潜艇，美国跟日本已经知道了幽灵号，总部为了销毁证据，决定毁掉潜艇。然而更令他震惊的，是舰长说当初他们买潜艇的时候，就与俄罗斯秘密商定，购买了足以毁灭日本的核弹头数量，现在他们冒险来这里，就是为了自我毁灭，美国和日本都已接到通报。不过他并不打算这么做，因为他们国家受过的屈辱和尊严扫地，不是只有一两次，而是几百年来一直被日本觊觎、侵略，所以他要一雪前耻灭了日本。对此，李千石情绪激动，说韩国没有决定核武的权利，舰长则毫不相让，反问他那又是谁给了日本毁灭韩国的权利？一句话，李千石竟无言以对。就在这时，潜艇到达预定发射地点，舰长当即命潜艇停止前进，并把目标锁定在了东京、冲绳美军基地及日本各大城市上。
万事俱备只欠东风，不料关键时刻，李千石即便是被人拿枪顶在头上也拒绝交出发射按钮钥匙。硬的不行，舰长又来软的，他递给李千石一张照片，说是从老舰长室内找到的，当年他父亲也献身于这个潜艇计划并得到国家秘密支持，但美国佬知道后为了阻止韩国拥有核武器，支持哪些反对此计划的人把他父亲连同其他人全都暗杀了，老舰长便是凶手之一。除此之外他还说，人渣和羞辱总是不断地在历史上反复重演，如果不下决心摆脱美国，历史将会不断重演，没完没了。可不论他怎么劝说，李千石都认为潜艇上根本没有核弹头，这样做只会让韩国遭受报复死伤更多人。结果李千石没有劝说成功，他们又遭遇了另一个危机，一艘日本潜艇正迎面向其逼近，距离只有2300米。可等他们全速迎击时，日本潜艇又掉头而去，一想到这是日本潜艇专门来监督他们到太平洋自毁，舰长怒火中烧。等两艇相距1500米时，他命令发射两枚鱼雷一举摧毁了日本潜艇。就在这时一名士兵报告，说钥匙在厨师981身上，当即他就派人擒获了981，但981为了忠人之托把钥匙吞进了肚里。舰长一怒之下打算把981麻醉后，手术取出钥匙。但这时140方向出现了大型潜艇，并且探测到了他们，可麻醉却需要10分钟，于是他以日本鬼子即将开战为由，不顾李千石的阻拦和医生的犹豫不决，自己将981开膛破肚从中找到了钥匙。
屋内是李千石痛心疾首却又无能为力，指挥室里则是舰长插上钥匙准备发射飞弹，只不过由于对方潜艇打开了鱼雷发射孔，他不得不紧急转向130，反向全速后退，同时解除飞弹发射状态。艇内战斗警报刚刚拉响，声呐室又报告320位置还有一艘潜艇，在其身后130位置，已经接近到了2000米。结果他刚命潜艇规避，前面的潜艇就发射了两枚鱼雷，更糟糕的是后面的潜艇也发射了两枚鱼雷，4枚鱼雷前后夹击，他当机立断命潜艇130方向全速前进。等先前的鱼雷相距800米时，他命潜艇迅速规避，同时发射烟幕鱼雷干扰，之后潜艇向右大角度转向，就这样鱼雷被引爆，潜艇则在巨大的冲击波下一阵剧烈颤抖。不料幽灵号刚刚死里逃生，320方向又出现一枚鱼雷，距离只有400米，如果不转向，10秒后就会被撞上。艇员急得满头大汗，他却命令方向不变迎面撞向对方潜艇。 结果对方潜艇突然转向，随即他也命潜艇向右转向，就这样两艘潜艇擦肩而过，对方潜艇被鱼雷击中。
等幽灵号行进到一处海底峡谷时，对潜艇进行了损害评估，货仓燃料有泄漏，飞弹发射口暂时不能再打开，修好需要一个小时。无奈之下，他命幽灵号停止前进，全力抢修，而对于日本自卫队的另一艘潜艇，他们判断对方可能是误认为他们在刚才的爆炸中已经葬身海底，所以趁对方没有发现自己，他们隐藏后开启了钓鱼模式，把天线向上放到了150米水深的位置，之后命全舰保持安静。
果不其然，自卫队的潜艇走到幽灵号上方也没有发现异常，结果天线被搅入螺旋桨，瞬间动弹不得。但在收到这个好消息的同时，他也收到了李千石逃掉的坏消息。了解完日本潜艇最大潜深300米，他一边命艇员将其拖拽到600米深度，一边命人务必找到李千石。等水深超过300米后，他将自卫队潜艇被水压挤爆的声音，通过扩音器直播给了每一位艇员，并将当天视为洗刷耻辱的日子，同时激动的正告李千石，很快他就能听到日本本土粉碎的声音。最终自卫队潜艇坠入海底，泛起一团亮光。由于此时货仓修复还要20分钟，他便命命潜艇继续向南7海里，打算到时再发射飞弹。而在庞大的舱室内，李千石扮作搜查士兵的模样，躲过其他士兵后，又躲进了冷藏室内老舰长尸体的后面。之后溜进老舰长屋内从一堆文件中发现了自爆装置的位置，并在拆除后带在了身上，接着又给舰长打去电话要其立刻关闭飞弹系统，否则他就引爆炸弹让舰长的梦想荡然无存，说完再次消失。
但这样的举动非但没有吓到舰长，反而激怒他下命令立即打开发射舱口。李千石眼见不能阻止，又给飞弹室打去电话，将最后一线希望寄托在了432身上，他劝说432不要叛变，更不要助纣为虐杀害无辜的日本百姓，并与之约定在第3炉舱见面。与此同时，因为货仓没有完全修复，发射舱口一打开，巨大的水压导致燃炉室再次发生险情，不仅蒸汽发生泄漏，管子也开始断裂，再不关闭舱口很可能艇毁人亡。万般无奈，舰长决定冒着被发现的危险上升到发射深度再发射。转眼十个舱口全部打开，资料也开始向10枚导弹输入，并在距离发射点还剩3分钟的时候完成了全部输入。就在这时，432找到了李千石，但他不是来跟李千石商量的，而是来置其于死地的，他根本不认为毁灭日本有什么错，反而是李千石用炸弹威胁大家，让他极其反感。遗憾的是他没有杀掉李千石，反而被李千石一个绝地反击，将他置于了死地，直到这时李千石才明白，一艇人，只有他不想灭日本。
而在控制室里，不仅目标锁定了全日本，密码也已完成输入，第一枚导弹已经进入发射倒计时，30秒后就会依次发射。但他们不知道的是，李千石也启动了定时炸弹，结果导弹还没发射，炸弹就爆炸了。瞬间燃炉室不仅发生大火，海水也开始倒灌，数名艇员当场身亡。等他抱着一颗炸弹来到控制室，要舰长紧急上浮救大家时，舰长却反问他难道要我们跟死敌求饶逃生吗？对此，李千石认为，发射核弹不但改变不了什么，还会让更多人遭受报复。与李千石不同，艇上的每一个成员，都做好了为国家牺牲的准备，与其为了讨好美日让自己为潜艇陪葬，不如让日本为他们陪葬，从此扬眉吐气。但现实跟历史一样残酷，更残酷的是，李千石阻止了他毁灭日本，却没想到驰援的自卫队潜艇已经向他们发射了两枚鱼雷。得知这个消息，舰长心痛至极，他说我们没有被鱼雷吓住，却被自己的恐慌打败。还说不能强大就要承受欺凌，我们的国家一直处在耻辱和压迫之下，谁敢保证历史不会重演，耻辱不会再来？骄傲的大鼻子，卑鄙的倭寇，让这个拥有五千年历史的国家装满了血和泪，民族间的恨更是遥遥无期。面对舰长的悲愤疾呼，李千石还是认为舰长这些话，都是借口。同时还反驳道一个人改变不了世界，剩下的全都会留给活下来的人承受，我们承受了，他们就不会再承受压迫。闻听此言，艇员相继自杀，绝望的舰长也在毫无意义的僵持中，扣动李千石手中的扳机饮弹自尽。最终毁灭日本的计划不但毁于一旦，从此还无人知晓。
电影中我们看到了三种人，一种甘愿为韩国强大不惜牺牲自己的人；一种韩国公知，假意爱国却甘愿做美日帮凶，自废武功的人；一种热爱和平，不愿累及无辜的人。作为韩国的鹰派，他们不甘于美日胁迫下的屈辱，更是无法忘记日本几百年间侵略朝鲜，给朝鲜人民带去的伤痛、苦难。在李千石看来，忍辱偷生比尊严重要，在韩国公知看来，委身强权才是正道，在和平爱好者看来，舰长是极端主义者，但在不甘忍受屈辱压迫的人看来，他们又未尝不是历史的缔造者。不少人觉得韩国现实不咋的，电影中无所不能，事实上从经济和科技上来看，韩国实力不容小觑。尽管这部电影道尽了韩国无奈的现实，但也让我们不得不深思一个问题，侵略者不思悔改，谁能保证历史不会重演，屈辱不会再次来临？
《行动代号：幽灵》，于1999年在韩国上映，由郑雨盛、崔民秀主演。