1644年，李自成攻占北京推翻明朝，大明王朝宣告结束。李自成入主北京后，并没收买人心，巩固战果，而是抢钱抢粮抢女人，以至于民心大失，特别是李自成不顾及在外镇守山海关手握重兵的吴三桂，依然还是杀掉了吴三桂的老爹吴镶，霸占爱妻陈圆圆，这岂不是逼他倒向满清吗？在吴三桂引清军入关后，李自成的军队迅速败亡，满清入主中原，之后吴三桂充当满清的马前卒，不遗余力的剿灭南明政权，甚至亲手勒死永历帝，最后满清封吴三桂为平西王，镇守云南。
满清入关之后，因为八旗兵力不足，为了对付农民起义军和南明小朝廷的反抗，不得不依靠明朝的降官降将充当前驱，从事招抚及武力镇压。在明朝降将中，以孔有德、耿仲明、尚可喜、吴三桂四人替清朝出力最大，所以均受封为王。他们所率领的军队成为八旗以外的重要力量，在满清入关后为其效尽犬马之劳。经过二十年的斗争，坚决抗清的农民军失败了，南明的腐朽政权也垮台了。这时清廷把八旗基本力量放置在北方，以保卫京师及驻防各重要城池，而南方就暂让给吴三桂等去镇守。
鉴于三藩的势力太大，尤其吴三桂功高兵强，尾大不掉。但此时康熙虽然有撤藩的想法，也不敢贸然行动。直到1673年（康熙十二年）春，康熙皇帝作出撤藩的决定。吴三桂实质希望朝廷慰留，像明代沐英世守云南的先例。康熙撤藩命下，吴三桂愕然失望，便开始与其心腹聚谋，暗中部署兵马，禁遏邮传，只许入而不许出，并勾结他省旧部，又与耿精忠联络应和，准备叛乱。康熙十二年八月清廷命礼部侍郎哲尔肯等赴云南，户部尚书梁清标等赴广东，吏部侍郎陈一炳等赴福建，各持敕谕，会同该藩及督抚商榷移藩事宜。九月，清廷命陕西总督鄂善总督云南军务，宁夏总兵官桑额提督云南军务。此时吴三桂与其党正日夜加紧密谋。侍郎哲尔肯、学士傅达礼等既至云南，催促起行。吴三桂表面拜诏，而屡迁行期，反谋益急，而难于举兵之名。欲立明朝后裔以号召天下，但缅甸之役及杀害永历帝无可自解；欲行至中原据腹心之地举兵，又恐日久谋泄。是年十一月，吴三桂起，杀云南巡抚朱国治，拘捕了按察使以下不顺从的官员，发布檄文，自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。佯称拥立“先皇三太子”，兴明讨清，蓄发，易衣冠，传檄远近，致书平南、靖南二藩及各地故旧将吏，并移会台湾郑经，邀约响应。云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉、提督李本深等随吴三桂反。云贵总督甘文焜在贵州闻变，驰书告川湖总督蔡毓荣，急走至镇远，被副将江义以兵包围，甘文焜自杀，三藩之乱由此开始。
在三藩之乱的初期。局势是有利于他们的，吴三桂重新扛起“反清复明”的大旗，明朝的遗老遗少纷纷聚拢在他的旗下。本来这一步棋下的非常好，造反起义肯定要有一个旗帜，当时清朝入关不久，而且还残酷的镇压和屠杀汉人，激起了汉人极大的反抗，吴三桂反清复明自然就得到很多人的拥护，明皇室以及郑经集团、部分汉宫、汉兵和少数民族上层人士，一些地区的农民、奴仆都迅速做出反应。此外，三藩举起反清旗帜后，四川的几个土司、苗民、察哈尔蒙古布尔尼、青海墨尔根台吉等少数民族也相继响应。
大义已经占据了，但吴三桂在1679年（康熙十七年）在衡州称帝，国号大周，这样自然就使那些汉人看清了吴三桂的真面目，再想起吴三桂杀害永历帝，于是就不再支持他了，手下离心离德。这一步棋使吴三桂丧失人心，你既不复明，单纯的反清没有多少人会跟着干的。
吴三桂和满清六次殊死决战，结果是吴三桂胜多败少，吴三桂最盛时的兵力达到满清的2倍，无论是质量还是数量上都要优越。叛乱之初可以说占领了大半个中国，势力一下子推进到了长江。形势一片大好，可是就在如此的优势之下，吴三桂竟然裹足不前，想要和满清划江而治。吴三桂军至松滋，竟屯驻了三个多月，而不是一鼓作气收复中原，客服两京，使满清有了喘息之机，调兵遣将，从容的备战。而后满清逐渐掌控局势，逐个击破。在康熙十五年西北的王辅臣首先被击败，西北局势稳固下来。康熙集中主力南征吴三桂，同时停撤平南、靖南二藩。自康熙十五年（1676年）起，战场形势开始有利于清军，耿精忠势穷乞降，尚之信也继而降清。这样反抗势力就只有吴三桂还在坚持了。 康熙十七年八月，吴三桂在衡州暴病身亡。其孙吴世瑶即大周皇位，改元洪化。他见势不妙，退居贵阳。清军在解决两翼之后，开始战略反攻，进入湖南。康熙十八年正月，清军攻克岳州。 接着势如破竹，一路收复长沙、常德、衡州。至此，湖南、四川、贵州、广西被收复。康熙又下令兵分三路，进军云南，康熙二十年十一月，昆明城破，历时八年的内战以吴三桂的覆灭而告终。
吴三桂反清成功的可能性是非常大的。如果不是吴三桂两大错误，先是犹豫不决，妄想与清军和谈，划江而治，给了清朝的缓冲时间，没有一鼓作气直接越过长江，同时与全国各地的反抗势力建立联系，形成合力，给与清朝致命一击。二是在中后期吴三桂竟然放弃了反清复明的大旗，自立为帝。一下子把这些跟随他反抗的人心都伤透了，纷纷离去。就不能立个傀儡做做样子，非得自己这个降清的汉奸自己当皇帝。