清灭南明、大顺、大西路线
就在江西金声桓、王得仁两人在南昌起兵反清后不久，清廷两广提督李成栋在广州也宣布反正归明。既然金声桓反清是被江西抚、按索贿所至，那么替清廷擒杀隆武、绍武两位南明皇帝，拓地千里的李成栋为何也选择叛清归明呢？要了解李成栋反清始末，首先要详细了解李成栋的人生轨迹。
李成栋是宁夏人，出身于宁夏卫所军籍，早年投身于明末农民起义军，隶属闯王李自成麾下高杰所部，绰号“李诃子”，后来随高杰归附明朝，长期在陕西一带与农民军交战。
崇祯十七年（1644年），李自成率大顺军攻取陕西三边地区。高杰率所部逃往南方，弘光帝继位后，以高杰为兴平伯驻守徐州、泗州地区。南明弘光元年（公元1645年），高杰被河南总兵许定国设宴袭杀之后，史可法赴高杰军中料理后事，以李成栋为徐州总兵，驻守徐州。此后不久，清廷豫亲王多铎率部南下征讨弘光政权，李成栋被清将准塔击败后，与李本深、杨承祖、胡茂桢等高杰部下将领先后降清，清廷即授予李成栋吴淞总兵之职。
高杰长期隶属于明三边总督孙传庭麾下
同年六月，清廷颁布剃发令，嘉定百姓不愿意放弃汉人衣冠，在明朝进士侯峒曾、黄淳耀率领下于六月十七日树“嘉定恢剿义师”大旗起兵反清复明。李成栋闻讯后即领兵赴嘉定镇压，并于七月初四日攻陷城池，侯峒曾、黄淳耀都战死城中。李成栋破城后，为了震慑江南地区的抗清活动竟然下令屠城。史书记载李成栋部:“兵丁遂得肆其杀戮，家至户到，小街僻巷，无不穷搜；乱苇丛棘，必用槍乱搅，知无人然后已”。
此后两月内，嘉定剩余百姓在义士朱瑛和明朝旧将吴之番的率兵下，又相继进行两次抗清运动，但是都为李成栋率兵镇压，并在破城之后又进行了两次大规模屠杀。这三次屠杀便是南明历史上臭名远扬的“嘉定三屠”。
清灭隆武政权路线
隆武二年（公元1646年），清廷任命博洛为征南大将军率部南征浙江、福建，李成栋率所部士卒随军行动。当时，南明隆武帝为了摆脱郑氏的控制，已于隆武元年（公元1645年）十二月十六日离开福州（天兴府）向西转移，想要进入江西开拓一番新局面。隆武二年（公元1646年）八月，清军在没有经过任何抵抗后越过仙霞岭长驱直入福建，隆武帝闻讯后想从延平进入赣州。途经汀州时被李成栋、阿济格尼堪、杜尔德等部清军追上，他们假冒明军军队，趁守门军士不察进入汀州城中发起突袭。混战中隆武帝为清军所杀（一说被俘后绝食而死），隆武皇后曾氏、阳曲王朱盛渡、西河王朱盛佺、松滋王朱演汉、西城王朱通简等许多明朝宗室也同时遇害。清廷平定福建后，清南征大军主帅、贝勒博洛又命令李成栋、佟养甲等人统兵南下广东。
此时的两广之地忠于明朝的大臣在隆武帝牺牲后，又拥立了桂王朱由榔广东肇庆监国，但是朱由榔监国仅七日后，就因为赣州失守仓惶逃往广西梧州，朱由榔此举使得他在广东人心尽失。于是隆武朝大学士苏观生趁机援引“兄终弟及”之例，拥立隆武帝朱聿键之弟唐王朱聿鐭于隆武二年（公元1646年）十一月初五在广州为帝，是为绍武帝。广西方面，朱由榔闻听朱聿鐭称帝的消息后，为了收拾人心急忙迁回肇庆，并于同年十一月十八日继位称帝，年号永历。
隆武帝画像
朱聿鐭、朱由榔同时称帝，使得南明控区出现了两个朝廷，让南明本就岌岌可危的局势再次加重。不久双方又因为谁为正统之事协商不成，爆发了武装冲突，虽然绍武政权大将林察指挥广东明军于三山大败永历军队，使得绍武政权的西面局势转危为安。但是此时李成栋统率清军已经趁南明永历、绍武两个政权内战，对东面清军疏于防备之时，从潮州、惠州直趋广州。李成栋率部一路轻骑简行，又将所经各处明军用来传递军情的塘兵尽皆杀死，同时用缴获明朝地方官吏的官印向广州报告东线无事的消息，使得绍武朝廷对李成栋所部前锋迫近广州的事一无所知。
同年（公元1646年）十二月十五日，李成栋前锋部队故技重施，以帕包头假扮明军趁广州守军不备突入广州。十二月十五日正是绍武君臣摆驾武学的日子，当有人向绍武朝首辅大学士苏观生报告清军入城的消息，苏观生还以为来人是妖言惑众，竟然下令将报告的人处死。等到清军登上城楼，向城内乱箭齐射。苏观生这才反应过来，连忙派遣军队御敌，可是广州精兵全在西线战场同永历朝廷作战，此时城中守军根本抵抗不了清军，广州城就这样被清军占领。广州失陷后，绍武帝同苏观生都自缢而死、绍武朝大学士顾元镜、曾道唯等人投降清廷，在广州的明宗室亲王、郡王共计十六人也同时被清军处死。
李成栋绰号“李诃子”
广州失守以后，李成栋率部继续向肇庆进发，永历朝廷在李成栋大军抵达之前，就已经逃离肇庆，奔往广西。李成栋则一路尾随永历朝廷相继攻陷梧州、平乐，直至在桂林被明将焦琏所击退。此后李成栋因为广东各地各地此起彼伏的反清复明运动而回师广东，替清廷相继讨平了陈邦彦、张家玉、陈子壮等人领导的广东起义，稳定了广东局势。值得说明是，虽然陈邦彦、张家玉、陈子壮等人反清起义最终失败，但是他们前赴后继、毁家纡难的精神深深震撼了李成栋，李成栋此时也终于明白明朝人心未失，这也是他在次年反正归明的一个重要因素。
李成栋攻陷广州，擒杀绍武帝之后，原本以为会被清廷授予两广总督，不料清廷却将总督一职授予佟养甲，仅授予李成栋两广提督一职。这样李成栋不仅没有权利过问两广地区民政事务，连军事上面都要收到佟养甲节制。佟养甲出身辽阳世家，努尔哈赤起兵攻陷抚顺时，佟养甲族人佟养正叛降努尔哈赤，佟养甲为避免受到牵连，流落关内。隐姓埋名投身于左良玉军中，直到弘光元年（公元1645年）才随左良玉之子左梦庚在江西投降清廷。佟养甲降清后，虽然没有立过很大战功，但因为属于“自己人”，所以颇受信任。因此在李成栋攻陷广东后，被任命为两广总督兼广东巡抚，位居李成栋之上。
清廷这种不公平待遇，使得李成栋恼怒异常，南明永历二年（公元1648年）正月，金声桓据南昌反正的消息传来。李成栋也立即响应，在四月十五日于广州发动兵变，用永历年号，宣布反正归明。两广总督佟养甲闻听此事之后大惊失色，无奈之下也选择剪辫，跟随李成栋反正（佟养甲随李成栋反正归明之后，暗中遣人告知清廷两广之事被李成栋侦知，于是李成栋遣养子李元胤诱杀佟养甲，并将其亲信全部斩杀）。由于此时广东全省都在李成栋部将控制之下，因此李成栋反正之后，广东全省也都宣布反正归明。同时清廷广西巡抚耿献忠也在梧州同梧州总兵杨有光、苍梧道陈轼等人率部反正，已经降清的原南明广西巡抚曹烨、高雷巡抚洪天擢也相继回归永历朝廷，一时之间永历朝廷所失广东、广西之地又光复回来。
李成栋反正的原因，除了上文说过的被陈邦彦、张家玉、陈子壮毁家纡难的精神所震撼以及清廷的不公正待遇外。还有两个原因分别是:南明隆武朝大学士何吾驺和降清原明吏科都给事中袁彭年等一批明朝士绅的暗中策反以及李成栋妾室赵氏以死相激（李成栋反清后，命人作《赵夫人歌》记载此事）。
南明永历帝
永历朝廷听闻李成栋反正归明之后，下诏封李成栋为广昌侯，佟养甲为襄平伯，升耿献忠为兵部尚书。此后不久，又晋封李成栋为惠国公，并将行在从广西南宁迁往广东肇庆。待永历朝廷行在迁回肇庆后，李成栋立即赴肇庆觐见永历帝，并献上白银一万两，供永历朝廷封赏之用。此后永历又追续李成栋部下反正之功，陆续等李成栋部将杜永和为江宁伯、阎可义为武陟伯、张月为博兴伯、董方策为宣平伯、罗承耀为宝丰伯、郝尚久为新泰伯、黄应杰为奉化伯、杨大甫为乐安伯、张道瀛为镇安伯，范承恩、杨有光、叶承恩、马宝为都督同知。
永历二年（公元1648年）八月，永历朝廷和李成栋在处理好永历朝廷迁徙肇庆之事和反正有功人员封赏之后，即由李成栋率大军出广东直趋江西南雄，呼应金声桓所部在江西的起事。但此时金声桓所部早就因为清军谭泰所部进逼省会南昌，而从赣州撤回南昌固守。当时情形下，对李成栋最好的选择是北上江西，与困守南昌的金声桓所部内外夹击南昌城下围城清军，但是李成栋却选择率部攻取赣州。同时为了不战而下赣州，李成栋还遣人致信给城中的巡抚刘武元、总兵胡有升等人，希望他们反正归明。而刘武元等人为了拖延时间来加固城防、搜刮粮食也回信来麻痹李成栋。于是李成栋在得到刘武元等人回信之后，放弃疾速行军，驻军南雄一带，等待赣州降书。监军侍郎张调鼎和钱秉镫识破赣州清军阴谋，建议李成栋留一军监视赣州，然后率全军直趋南昌与江西各处明军，以及南昌城内金声桓、王得仁之军合击南昌城外清军。面对这一方略，李成栋却认为是书生之言，不予采纳。
清军围攻南昌
永历二年（公元1648年）十月初一日，李成栋部终于越过梅岭，兵分两路分别经信丰、南康到达赣州城下。“连营数十余座，炮火连天，环攻彻夜”。而清军方面见李成栋部明军军势庞大，决定趁李成栋所部刚抵达赣州城下立足未稳之际速战击溃他们。因此清军在李成栋抵达的次日，就由小东门、南门、西门同时出城，突袭李成栋部大营。李成栋部此时刚抵达赣州城下，营垒尚未加固、濠沟也没有挖掘好。一经清军突袭，被清军打的大败，阵势大乱，兵员器械损失惨重，李成栋被迫将大军安置在南安驻守，自己则返回广州。
次年（南明永历三年、公元1649年）二月下旬，李成栋在所部经过休整之后，再次挥师越过梅岭，进入江西。此次进军李成栋吸取上次兵败的教训，先派部将扫荡赣州外围州县，他自己则率主力驻于信丰。
满洲八旗军
赣州清军则趁李成栋所部第一次被击退之后的短暂时间里修筑城墙、广纳兵员，并且遣人“激切启请征南大将军（谭泰）发兵急救”。谭泰在攻破南昌之后，也立马派遣梅勒章京胶商等人统率满洲正红旗与正白旗前往赣州支援。清廷南赣巡抚刘武元、总兵胡有升同梅勒章京胶商商议过后，决定趁清军连续击败明军李成栋部、金声桓部士气大振之际，再次主动突击李成栋部。
南明永历三年（公元1649年）二月十六日，清廷在赣州的满汉军主力向李成栋部驻地信丰进发，并派军前往雩都协防。二十九日，清军在渠岭连破驻守于此的李成栋部将武陟伯阎可义部五座木城之后，趁势直趋信丰。李成栋闻讯之后，则率部出城与清军交战，但是不想却被清军击败，于是李成栋率军退回信丰城中，清军则率军进至信丰城下，并开始攻城。由于李成栋所部接连战败、军心不稳，在清军围城的当晚，便弃信丰城逃窜。而清军在占领信丰则立马组织兵马追击，李成栋立时大乱，士卒纷纷四散。此时命运之神也给李成栋开了一个黑色幽默，他本人竟然在渡河时坠马淹死。而李成栋所部一直在撤至大庾岭清点兵马时才发现主帅消失，后来经过多方侦察才知道李成栋落水淹死，由此可想而知李成栋所部当时的混乱。永历朝廷闻听李成栋身死之后，追赠其为宁夏王，谥号忠武，赐祭九坛，葬礼极为隆重。
总体来说，永历三年（公元1649年）对于永历朝廷来说是乐极生悲的一年。上一年刚刚因为金声桓、王得仁、李成栋相继反正，一幅恍若明朝中兴在即的景象。结果到了第二年形式便急转直下，不仅金声桓、王得仁、李成栋相继败亡，就连永历朝廷一直视为中流砥柱的大学士何腾蛟也在湘潭被俘牺牲，不得不说一句时也命也。