据美国媒体近日报道，根据对美国奶牛基因组数据的初步分析，一种高致病性禽流感病毒已在美国牛群中已经悄悄传播了数月之久。这场疫情很可能是由受到感染的鸟类把病毒传播给奶牛，暴发时间可能在去年12月底或今年1月初。这意味着禽流感病毒的传播已经有很长时间了，而且此前一直没有被发现，也说明美国甚至邻近国家感染禽流感的牛群数量可能比目前报告的要多。
《自然》杂志4月27日说，美国农业部（USDA）近日将基因组数据转存到一个公共数据库中，研究人员在此基础上迅速进行了汇总分析，得出了上述结论。但令科学家们失望的是，美国农业部公开发布的数据缺少能够揭示疫情起源和演变的关键信息。而且这些基因组数据在禽流感疫情公开近4个星期之后才公布，研究人员对此表示担忧。
美国联邦政府官员3月25日宣布，在奶牛中发现了一种高致病性禽流感病毒株。此后，美国农业部证实，美国9个州的34个奶牛群感染了这种被命名为H5N1的病毒。3月底和4月初，美国农业部在广泛使用的 GISAID 数据库上公布了少量来在克萨斯州奶牛中采样的病毒序列和一个人类病例的序列。
在疫情暴发地区的牛奶中检测到禽流感病毒基因片段
4月21日，美国农业部在由NCBI维护的序列读取档案库（SRA）上发布了更多测序数据。负责处理原始数据的拉霍亚斯克里普斯研究所计算生物学家卡斯克·冈加瓦拉普（Karthik Gangavarapu）说，最新上传的数据包括来自239种动物（包括牛、鸡和猫）的约10KM千兆字节的测序信息。
《科学新闻》杂志报道说，4月23日，美国食品和药物管理局宣布，在市场上的牛奶中发现了禽流感的基因片段。该机构4月25日宣布，初步结果显示，大约每5个样本中就有1个含有病毒的RNA片段。从发现受感染奶牛的地区采集的样本比未发现受感染牛群的样本更有可能检测出禽流感病毒。
对基因组的分析表明，这一波牛禽流感疫情可能始于2023年12月或今年1月初由野鸟的一次传入。“到目前为止，我们只发现了一次宿主跳跃，这是好消息。”图森亚利桑那大学的进化生物学家迈克尔-沃罗贝（Michael Worobey）分析了基因组。
费城宾夕法尼亚大学的进化病毒学家路易丝·蒙克拉研究了基因组数据，她说：“这种病毒显然以某种方式在奶牛之间传播。”
H5N1禽流感病毒已经在美国牛群中悄悄传播了数月
正在分析这些数据的尼尔森说，最让她感到惊讶的是感染牛的病毒已经出现多种基因变异，这表明该病毒已经进化了几个月。她说，在这些突变中，有一个病毒蛋白质部分发生了变化，科学家认为这可能与其适应在哺乳动物中传播有关。
“数据还显示，这种病毒偶尔会从受感染的奶牛身上跳回到鸟类和猫身上，”尼尔森说，“这是一次多宿主暴发。”
阿拉斯加大学安克雷奇分校的病毒学家埃里克·博尔茨（Eric Bortz）说，根据现有数据，几个月前的一次宿主跳跃是“最可靠的结论”。他说，目前还不清楚这些样本代表了多大比例的受感染奶牛。
H5N1禽流感病毒已经在美国牛群中悄悄传播了数月
南非斯泰伦博斯大学的生物信息学家图利奥·德·奥利维拉（Tulio de Oliveira）说，对于有可能引发大流行的呼吸道病原体来说，检测和控制速度尤其重要。预计这次牛禽流感疫情不会把病毒传播给人，然而研究人员依然在保持警惕。
明尼苏达大学传染病研究与政策中心主任迈克尔·奥斯特霍尔姆说：“乍一看，这似乎应该是人类健康面临的一大威胁。不过，巴氏杀菌工艺实际上能非常有效地杀死这些病毒，因此，我们不必担心是否摄入了感染性物质。”
不过美国食品和药物管理局在4月23日的一份声明中说，由于H5N1病毒最近才在牛身上发现，因此还没有直接测试牛奶巴氏杀菌法杀死禽流感病毒的能力。有研究表明，鸡蛋巴氏杀菌法比牛奶巴氏杀菌法温度更低，能使病毒失活。
而美国马里兰州贝塞斯达国家生物技术信息中心（NCBI）的基因组流行病学家玛莎·尼尔森敦促尽快采取有效行动，他说：“在应对疫情时，获得数据越快，就能越早采取行动。”他补充说，每过一个星期，控制疫情的窗口就会缩小。扬子晚报/紫牛新闻记者 宋世锋
校对 徐珩