国共双方终于在新四军改编问题上达成了共识。南方各地红军游击队也走出茂密山林，开始了与国民党地方当局的谈判，进一步按照中共中央的指示精神实现战略任务的转变。
国民党中确有深明大义者，诚心诚意与南方红军游击队进行谈判，支持国共合作、共赴国难。但部分国民党的军政官员却总是抱着另外一种企图与红军游击队进行谈判，妄图通过政治谈判达到军事"清剿"所未能达到的目的。这就使得红军游击队与国民党地方当局合作抗日的谈判步履维艰，斗争非常激烈。
这些国民党官员边谈边"剿"。有的乘红军游击队与外界信息不通，散布共产党、红军向国民党投降了的谣言，企图瓦解红军游击队；有的写信、登报或派出共产党的叛徒到游击区进行"招抚"、"劝降"活动，许以高官厚禄，对游击队进行分化瓦解；有的以谈判为掩护，进行武装包围、袭击，企图迫使红军游击队就范，或用欺骗手段，诱使红军游击队下山集中，然后收缴红军游击队的枪支。
南方各个游击区的国共合作、共同抗日的谈判过程，是一个曲折、复杂、尖锐的斗争过程。
1937年8月1日，鉴于这样的形势，中共中央发出了《中央关于南方各游击区域工作的指示》，其中关于与国民党谈判的内容包括：
在保存与巩固革命武装，保障党的绝对领导的原则下：(1）较大的红色部队可与国民党的附近驻军，或地方政权进行谈判，改变番号与编制以取得合法地位，但必须严防对方瓦解与消灭我们的阴谋诡计与包围袭击。(2）改变番号与编制后，部队中可成立队长或副队长、政治处主任及总支部书记的三人的党的秘密委员会，领导部队中一切工作。党的工作与政治工作均须改变以适合于新的情况。(3）脱离生产的小的地方性的游击队、游击小组，原则上一律变为民团，以取得合法地位，不可能时，仍可非法存在。(4）赤少队取消，有计划有组织地改变或混编在当地壮丁队、民团中去起作用。(5）未与国民党政府及当地驻军确实谈判好以前，则我们的一切武装部队，可以自动改变番号，用抗日义勇军、抗日游击队等名义根据党的新政策进行独立的活动，继续开展统一战线工作。以灵活的游击行动，去发动与组织人民，建立党的秘密组织，捉杀汉奸，扩大党的新政策的影响。但在取得与国民党驻军停战谈判机会后，即须用大力量，利用时机，进行整顿与训练，并掩护当地群众工作。用一切方法提高部队每个指战员的政治水平及坚定的意识，防止一切收买、利诱、分化的阴谋。(6）关于部队给养问题，在未与对方谈判好以前，我们可采取由富有者募捐的方式募集钱粮。只有确实是汉奸的财产，才采取没收的办法。
现在我们对于国民革命军工作的方针一般的不是瓦解它，而是采取争取其官兵共同抗日的方针。(1）站在抗日的民族统一战线的立场上，向官兵宣传、解释我党的主张，首先是以和平统一、团结御侮的主张，去争取停止内战互不侵犯，以至进行和平谈判，成立协定。(2）利用一切机会去接近下级的官佐士兵，提高官兵政治的民族的觉悟与抗日情绪，建立党的秘密组织，从部队的日常生活出发，逐渐地进行改善士兵生活，改良部队的纪律组织与教育。(3）但在他们继续向我们进攻时，我们仍应坚持自卫的游击战争。对于民团，一般的要同样采取以上的方针。但顽固的反动的民团与土匪的坚持与我们作对者，争取不可能时，可以以政治瓦解与军事进攻消灭之。在我们和当地驻军与政权谈判好时，可同他们共同解决之。【《中共中央文件选集》第11册（1936-1938年），中共中央党校出版社1991年版，第301页。】
这是指导南方各游击区工作转变的纲领性文件，对正在与国民党地方军政当局谈判的南方各游击区具有强烈的针对性和现实指导性。同时，中共中央还派出联络人员至南方各游击区，传达中央指示，协助游击区与国民党地方当局谈判。
此时，一些红军游击队在反"清剿"的同时，直接或间接获知西安事变后国内形势变化和中共中央关于抗日民族统一战线政策的内容，在思想上、军事上、政策上也作了一些适应性的调整，并且有的游击区在与党中央取得联系之前，就开始了与国民党的谈判。但是由于没有直接得到党中央的指示，一些地区在与国民党当局谈判的时候，难免出现一些偏差。
1937年3月5日，闽粤边区特委收到设在香港的中央南方临时工作委员会（以下简称"南临委"）的指示信，信中提到中共中央已将"抗日反蒋"的口号改为"联蒋抗日"，并指示闽粤边区特委与当地国民党军进行谈判，达成共同抗日协议。4月，闽粤边区特委开始了与驻漳州的国民党粤军第157师的谈判。
谈判并不顺利。首先是第157师师长黄涛企图利用谈判机会对游击队进行"收编"，被中共的谈判代表识破。其次，第157师边打边谈，不但对游击队发动军事攻击，还逮捕和关押了谈判代表、红3团团长何鸣等人。在中共闽粤边区特委积极的营救下，国民党方面很快释放了何鸣等人。可是就是这次被捕而又轻易被释放，加上在此之后双方之间的冲突减少，给何鸣造成了错误印象，他渐渐放松了对国民党的警惕，为日后被缴械埋下了伏笔。
6月下旬，何鸣等与第157师签订合作协议，协议中第157师接受红军游击队关于合作抗日的主张，承认闽南共产党和红军游击队的合法地位，但提出红军游击队必须离开原来的根据地，到漳浦县城集中。闽粤边区特委就是否下山进驻漳浦城，展开了讨论。何鸣担心影响国共合作，坚持应去漳浦城集中。
7月初，"南临委"得悉红军游击队改编、准备离开根据地的消息，派人传达指示：番号可以改变，政治上要保持独立，部队必须提高警惕，要驻在根据地，不能开到平原去。但何鸣没有执行"南临委"关于游击队应驻扎根据地的指示，说："已经开出来了，再开回去不好意思。"
7月13日，何鸣将部队607人带到了漳浦城外孔庙。至于前途怎样，何鸣也拿不准。而同来的副团长卢胜更是表情严肃，他本就不同意下山，现在心里有一种不祥的预感挥之不去。战士们见到团长和副团长的脸色，也都是提心吊胆的。
国民党第157师的联络官过来问寒问暖，跟大家交代这、交代那的，真是一副合作的样子，这才使战士们的情绪渐渐平静下来。大家又开始想象着用新式装备上抗日前线痛痛快快打日本鬼子。
在你死我活的战争年代，麻痹大意、缺乏警惕就会带来严重后果。7月16日晨，粤军第157师以点名发饷和整训为名，包围并解除了红3团的武装，扣留了所有人员，制造了"漳浦事件"。
当国民党军乌黑的枪口对准红军游击队战士时，他们表现出了宁死不屈的气节。
短枪连的战士嗖的一声全拔出驳壳枪，机枪手也把机枪架起，一个个怒目而视，只听见一片"咔嚓咔嚓"的子弹上膛声和"拼了算"、"打"的愤怒的声音。
何鸣却慌忙出面阻止大家说："同志们，不要动，训练不一定要拿武器，大家要相信我，这是全国性的问题，不要冲突！"
四周埋伏的国民党部队也逐渐向前逼近了。符义山连长把驳壳枪的撞针、大簧卸下，把枪一摔说："枪壳子给他，心子不能给！"有的战士当场晕倒了，有的战士把国民党军发的衣服、帽子撕得粉碎，枪支、铜号丢得遍地皆是。部队回到孔庙，许多人失声痛哭……
这支艰苦奋斗，经过国民党军10年"围剿"未能"剿"灭的红军游击队，却由于他们领导人的思想错误，被兵不血刃地解除了武装。
当天晚上，卢胜带着少数战士，冒死穿越了国民党军的封锁线，重新潜回山中。并将陆续逃脱的红军游击队战士重新组织起来，重新打起红3团的旗帜。到1937年年底再次下山改编时，他们又发展到三百余人。
"漳浦事件"中，红3团共被缴去重机枪2挺、轻机枪5挺、驳壳枪二百余支、步枪五百余支、子弹十几万发。这一事件暴露了国民党内反共顽固派乘谈判、改编之机，并吞南方红军游击队的阴谋。
事件发生后，引起了中共中央的极大关注，并与国民党当局进行严肃交涉，要求国民党妥善解决"漳浦事件"并将其作为南方红军游击队改编、集中的一个前提条件。
8月底，毛泽东致电张云逸，指示务须向余汉谋严重抗议，并要他们迅速将原人、原枪全部退回。9月14日，张闻天、毛泽东致电与国民党谈判的博古、叶剑英等，要求南京政府责令余汉谋退回何鸣部人枪，不得缺少一人一枪。【《新四军·文献》(1)，解放军出版社1988年版，第26页。】
10月1日，中共中央书记处致电张云逸等，再次强调："国民党首先把何鸣部人枪交还，经证实具报无误后，方能谈判各游击区问题。"【《新四军·文献》(1)，解放军出版社1988年版，第36页。】10月15日，张闻天、毛泽东致电潘汉年等人："候国民党交还何鸣部人枪并公开认错之后",【《新四军·文献》(1)，解放军出版社1988年版，第51页。】其他游击区再行商谈改编事宜。10月18日，毛泽东在电报中仍强调："首先要国民党交还何鸣部人枪。"【《新四军·文献》(1)，解放军出版社1988年版，第52页。】10月30日，张闻天、毛泽东致电博古、叶剑英等，指出："在何鸣部人枪没有如数交还以前，不能集中。"【《新四军·文献》(1)，解放军出版社1988年版，第56页。】11月12日，毛泽东在延安共产党活动分子会议的报告提纲中，强调要警惕"何鸣危险"。
经过中共中央严正交涉，并在社会舆论的强大压力下，国民党福建省当局不得不于1938年3月2日将红3团人枪交还。
1937年7月下旬，在赣粤边区密林中的项英有些迷惑："西安事变"以后的半年时间里，国民党军队比以往更加疯狂地"清剿"南方游击区，这是项英早已预料到的。可是这段时间，国民党军队却停止进攻了。
这是为什么呢？难道又出现了新情况？
项英一边思索着，一边随手翻着一批刚刚找来的书籍。忽然，一本叫《新学识》杂志上登载的文章吸引了项英的目光，这篇文章的标题为《中国共产党在抗日时期的任务》，它是毛泽东于1937年5月3日在延安召开的中国共产党全国代表会议上的报告摘要。
和党中央失去联系已经近三年了，突然得到了党的指示，尽管是间接的，但还是令项英如获至宝，无比欢欣。项英后来还常常提到："那种高兴的心情真是无法用言语去形容。因为有了它，我们再讲国共合作，就有根据了。"
项英赶紧派人下山去找来更多的报纸、杂志，这才知道了敌人不进攻的原因是发生了卢沟桥事变。
8月8日，项英、陈毅以中共赣粤边区特委和红军游击队的名义，发表《停止内战，联合抗日》宣言，呼吁国民党军立即停止进攻红军游击队。
是否应该同国民党地方当局谈判呢？项英心里也是踌躇不定，他与陈毅商量："事关重大，本该请示党中央批准，但是现在没办法直接请示。如果一直不采取行动，恐怕会丧失有利时机。南方红军游击队，这三年太苦了，也需要休整一下了。"因此，项英决定同国民党谈判停战。他还起草了同国民党当局谈判的条件，主要内容是：要求国民党承认共产党的合法地位和言论、行动的自由，释放政治犯；解散"铲共团"，重新组织抗日武装，将红军游击队组成独立的抗日部队；保证红军游击队的给养，保护游击区群众的利益。
项英在如此复杂而又敏感的关键时刻，能够敏锐地察觉到中共中央政策的变化，在没有中共中央直接指示的情况下及时进行战略转变，真是难能可贵的。
8月20日，项英又以中共赣粤边区特委的名义，写信给国民党江西省政府主席熊式辉、第四行政督察专员公署专员兼第四行政区保安司令马葆珩、国民党军第46师师长戴嗣夏，宣传中国共产党关于建立抗日民族统一战线的政治主张，敦促他们与共产党方面协商合作抗日事宜。
8月27日，国民党江西省大余县县长彭育英给项英、陈毅发来"感秘代电"。他认为："非有中共参加抗日之力量，绝不能战胜日寇","现在是志士抗日救国之时，欢迎下山谈判，共商北上抗日事宜"。9月3日，陈毅函复彭育英，指出："日寇肆虐，非举国一致不能抵抗，举国一致，非各派首先联合无由实现","国、共两党为中国两大政党，两党重新合作则抗日统一战线告成"。之后，陈毅下山赴大余、赣州，与国民党当局进行谈判。
看着欢送自己的游击队员回转大山的身影，陈毅感到自己肩上责任重大。第一次国共合作的教训还历历在目，于是他百感交集，有感而发，做《生查子．国共二次合作出山口占》一词："十年争战后，国共合作又。回念旧时人，潸然泪沾袖。抗日是中心，民主能自救。坚定勉吾侪，莫做陈独秀。"
彭育英在国民党中算是深明民族大义的人。有他的协助，谈判过程比陈毅想象得要顺利一些。陈毅与国民党地方当局达成初步协议之后，项英于9月下旬即赴赣州，与国民党谈判有关国民党军从游击区域撤退、释放政治犯、红军游击队改编为抗日义勇军等问题，准备达成最后协议。
直到此时，项英和陈毅依然没有和党中央直接联系上。由于不了解党中央关于南方红军游击队与国民党谈判改编的方针、原则及具体办法，项英在谈判中也出现了一些偏差。如他在给中共闽浙临时省委书记刘英的信中所附的《收编实施办法》中要求："各收编部队自改编以后必须绝对服从政府一切命令"；在与国民党江西省当局达成的《收编12条》协议中，同意红军游击队调离游击区，并在9月29日发表的《告南方游击队公开信》中，要求各地游击队"接信后立即集中听候点编，统一于国民政府之下，效命杀敌"。在当时的特定情况下，其中许多判断失误，是谁也无法避免的。
9月底，项英听说博古等人在南京工作，立刻发去一封电报。
三年之中，中共中央一直也在尽力寻找着留在南方的各路红军游击队。当从报纸上获悉项英和陈毅并没有牺牲，而且还在与国民党当局进行谈判，中央领导都感到非常高兴和欣慰。
但中共中央发现项英在谈判中同意红军游击队集中改编，感到非常不安。
10月1日，中共中央书记处致电张云逸等，指出："项英同志似还不明白统一战线中保持独立性原则，似还更不明白，不应无条件集中、而应保持南方战略支点的原则，他在南昌的做法带着危险性，望速通知他来延安讨论。"【《中共中央文件选集》第11册（1936-1938年），中共中央党校出版社1991年版，第363页。】10月2日，张闻天、毛泽东在致博古、叶剑英的电报中再次提到："速电项英到南京，告以政策，到宁后并令其来中央讨论。南方游击队万不宜集中，项在江西的做法上了国民党的当。"【《新四军．文献》(1)，解放军出版社1988年版，第41页。】同时，中共中央连续急电西安、南京、武汉和香港等地的中共代表，要他们迅速设法向项英转达中共的正确政策。
根据中共中央的要求，博古、叶剑英对项英与国民党的谈判过程作了了解，给中共中央回信："因情况不明，项、陈在谈判中有些不妥处，但总的方向是对的。"【《新四军．文献》(1)，解放军出版社1988年版，第55页。】1937年10月中旬，博古又派顾玉良携带信件，从南京来到了赣粤边游击区。
顾玉良的到来给项英和陈毅带来了莫大的欣喜，三年的时间里，他们日日夜夜都在盼望能和党中央取得联系，现在党中央派来的人就在眼前啊！
他们的手紧紧握在了一起。
顾玉良向项英、陈毅传达了中共中央有关指示精神。之后，项英就匆匆与顾玉良一同去了南京。但项英没有想到，这竟是他与赣粤边游击区的最后离别。