公元316年，北方侨姓世族和南方士族拥立琅琊王司马睿为王，即晋元帝，建都建康，史称东晋。东晋与之前的孙吴以及其后的宋、齐、梁、陈，合称为六朝。当时北方多个游牧民族建立的政权连年征战，史称五胡十六国时期。
司马睿得以称帝，离不开琅琊家族的王导和王敦。他任王导为丞相，王敦为镇东大将军，二者拥戴有功，元帝以殊礼待王导，形成士族高门和东晋皇室共天下的局面。故时人称“王与马，共天下”。
由于大权旁落，晋元帝十分不满，他引用刘隗、刁协、戴渊等人为心腹，试图压制王氏权势。此举使得拥有兵权的王敦心生怨恨。公元322年，素有野心的王敦以“清君侧”为由起兵，王导暗中帮助，兄弟二人里应外合攻入了建康城，刁协、戴渊等人被杀，刘隗投奔了后赵石勒。王敦随即自封为丞相，自此朝政大权尽落入王敦之手，晋元帝被彻底架空。公元323年，晋元帝司马睿驾崩，终年47岁，在位6年，其子司马绍继位，即晋明帝。公元324年，王敦再度派兵进攻建康，企图篡夺帝位，但晋明帝早有准备，很快平定了王敦叛乱，并下令不再问罪于王敦一众官属。公元325年，晋明帝司马绍驾崩，终年26岁，在位2年，其子司马衍继位，即晋成帝。由于晋成帝继位时年仅4岁，故由太后庾文君临朝听政，司徒王导与中书令庾亮辅政。公元327年，由于庾亮辅政期间疑忌大臣，引起统治集团内部冲突。苏峻就是被庾亮解除兵权的将领之一，因此心生不满，遂以讨伐庾亮为名，联合祖约起兵反叛，攻入建康，庾亮逃奔寻阳。之后苏峻开始专擅朝政。公元328年，温峤、陶侃起兵讨伐苏峻，苏峻战败被杀，朝政大权重回王导之手。公元342年，晋成帝司马衍驾崩，终年21岁，在位17年。因晋成帝的两个儿子过于年幼，便传位给了弟弟司马岳，即晋康帝。公元344年，晋康帝司马岳驾崩，终年22岁，在位2年，其子司马聃继位，即晋穆帝。由于晋穆帝继位时年仅1岁，便由太后褚蒜子摄政，何充辅政。公元361年，晋穆帝司马聃驾崩，终年18岁，在位17年。
由于无子，褚太后便立了司马聃的堂兄、晋成帝司马衍长子司马丕为帝，即晋哀帝。晋哀帝在位期间东晋内部军阀斗争激烈，大将军桓温几次北伐又虚耗国力，东晋国势走向衰弱。公元364年，晋哀帝沉迷长生不老之术，误服丹药而导致身体中毒，朝臣只好再次请出褚太后临朝摄政。公元365年，晋哀帝司马丕驾崩，终年24岁，在位4年，因没有子嗣，其弟司马奕继位，即晋废帝，由桓温掌握朝政。桓温有意废掉司马奕自立为皇帝，但司马奕本身并无过失可言，桓温找不到机会。公元371年，桓温诬称司马奕因阳痿不能生育，所生的三子都是男宠与后宫美人私通所生，以此逼迫褚太后下诏废司马奕为东海王。之后桓温改立晋元帝司马睿幼子司马昱为帝，即晋简文帝。晋简文帝在位期间多受桓温牵制，忧愤成疾。公元372年，晋简文帝司马昱驾崩，终年52岁，在位1年，其子司马曜继位，即晋孝武帝。公元373年，桓温去世，褚太后再次临朝摄政。同年前秦讨伐东晋，攻陷了益州和凉州。公元376年，褚太后归政于14岁的晋孝武帝，但军政大权由太傅谢安把持。谢安招募流民军队组成了“北府兵”。公元383年，统一北方的前秦发兵百万讨伐东晋，意图一统天下。谢安以八万北府兵迎敌，双方于豫州淮南郡淝水爆发大战，史称淝水之战。此战东晋军队趁前秦百万大军未集结时主动出击，最终以少胜多，大败前秦。淝水之战后，谢安威望、权力进一步增大。引起孝武帝猜疑，谢安被迫将中央权力交给孝武帝的弟弟司马道子。公元396年，晋孝武帝因与宠姬张贵人酒后戏言，导致张贵人心生怨恨，最终派心腹趁晋孝武帝熟睡之际用被子将其捂死。晋孝武帝终年34岁，在位24年，其子司马德宗继位，即晋安帝。司马道子继续主持朝政，公元397年，兖青二州刺史、皇舅王恭联合荆州刺史殷仲堪起兵反对司马道子。次年，广州刺史桓玄、雍州刺史杨佺期起兵响应。不久王恭死后，桓玄吞并了殷仲堪和杨佺期的地区，控制了长江中上游地区。公元402年，桓玄率军攻入建康，消灭了司马道子的势力，开始把持朝政大权。公元403年，桓玄逼迫晋安帝司马德宗禅位，建立桓楚政权。公元404年，宋王刘裕率领北府兵讨伐桓玄，桓玄兵败后挟晋安帝逃往江陵。不久后恒玄被益州督护冯迁杀死，晋安帝复位。然而好景不长，桓玄旧部桓振又攻陷了江陵，晋安帝再次被俘。公元405年，北府兵将领刘毅率军收复了江陵，驱逐了桓氏势力，晋安帝得以再次复位。同年晋安帝下诏褒奖刘裕在平定桓氏之乱中的功绩，擢升他为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，自此朝政大权落入刘裕之手。公元419年，刘裕将在位23年的晋安帝勒死，改立晋安帝的弟弟司马德文为帝，即晋恭帝。公元420年，刘裕逼迫晋恭帝禅位，代晋称帝，建立刘宋政权，立国103年的东晋宣告灭亡。东晋虽非中国史上政权强盛的时期，却为文学、艺术极兴盛的时代。陶渊明、王羲之、顾恺之等都在东晋大放异彩。