董卓进京
中平六年（189年）八月，正当袁氏叔侄在内宫诛杀宦官的时候，董卓率领军队抵达洛阳西郊，于北邙阪下与少帝和陈留王相遇。董卓无意中得到了一张王牌，他拥簇着少帝，带着军队浩浩荡荡地开进洛阳城。鲍信对袁绍说：“董卓拥有强兵，居心叵测，如果不能及早采取措施，就要陷入被动，如果乘他长途行军，士马劳顿，发起突然袭击，还能擒拿他。”袁绍见董卓兵强马壮，心里害怕，不敢轻举妄动。董卓商议想废掉皇帝重新立帝，对袁绍说统治天下的君主应当找贤明的人担任。灵帝令人愤恨，董侯还可以，应当立为皇帝。袁绍说当今皇上年轻，没有什么错处传扬于天下，假使不顾礼法，随心所欲，废掉嫡嗣而立庶子为皇帝，恐怕大家觉得不大妥当。
袁绍出主意招董卓进京
董卓手按佩剑怒斥袁绍，袁绍机智地回答说这是国家大事，请到外边同太傅（袁隗）一块商议。董卓又说刘氏的后嗣不足以留着。袁绍勃然大怒：“天下强横的，难道只有董公”。袁绍把朝廷所颁符节挂在东门上，逃亡冀州。董卓下令通缉袁绍，城门校尉伍琼劝董卓说：“废立大事，不是一般人能理解的。袁绍不识大体，因此害怕逃跑，并非有其它意思。如果通缉他太急，势必激起事变。袁氏四代广布恩德，门生、故吏遍布天下。如果袁绍招集豪杰，拉起队伍，群雄都会乘势而起，那时，关东恐怕就不是明公所能控制了，所以不如赦免他，给他一个郡守当当，那么，他庆幸免罪，也就不会招惹事端了。”于是，董卓任命袁绍为勃海太守，赐爵位为邟乡侯。
冀州勃海郡
中平六年（189年）九月，董卓废少帝为弘农王，立刘协为帝，是为汉献帝，他自署相国，又自称“贵无上”，性极残忍。董卓擅行废立和种种暴行，引起了官僚士大夫的愤恨，他所任命的关东牧守也都反对他。各地讨伐董卓的呼声日益高涨。而讨伐董卓，袁绍是最有号召力的人物，这不仅因为他的家世地位，还因为他有诛灭宦官之功和不与董卓合作的举动。本来，冀州牧韩馥担心袁绍起兵，派遣几个部郡从事驻勃海郡在袁绍门前看守他，让袁绍无法行动。
汉献帝刘协
这时，东郡太守桥瑁冒充三公写信给各州郡，历数董卓罪状，称“受董卓逼迫，无以自救，亟盼义兵，拯救国家危难”云云。韩馥接到信件，召集部属商议，他问大家应当助袁氏还是助董氏，治中从事刘子惠正色说：“兴兵是为国家，说什么袁氏、董氏。”韩馥语塞，脸有愧色。韩馥语塞，脸有愧色。迫于形势，韩馥不敢再阻拦袁绍，写信表示支持他起兵讨董。
十八路诸侯讨伐董卓
初平元年（190年）的年号是“初平”，而袁绍字“本初”，年与字相合，他认为自己一定可以平定祸乱。正月，关东州郡起兵讨董，董卓听闻关东骑兵，因为害怕而毒杀弘农王刘辩，二月迁都长安。当时，袁绍自号车骑将军，与河内太守王匡屯河内，韩馥留邺，供给军粮。豫州刺史孔伷屯颍川，兖州刺史刘岱、陈留太守张邈、广陵太守张超、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北相鲍信与曹操屯酸枣，后将军袁术屯鲁阳，各有军队数万。
讨董卓
初平元年（190年）三月，董卓得知袁绍袁术在山东起兵，就把他们的叔父袁隗以及在京师的袁氏宗族全部给杀了。此时，豪杰大多归附袁绍，而且因他一家遭难受感动，人人想着为他报仇，所以州郡蜂拥而起的部队，没有不打袁氏旗号的。韩馥见人心归附袁绍，忌恨袁绍得到众人拥护，害怕他对付自己，于是经常派人阻碍袁绍的一举一动。六月，董卓派大鸿胪韩融、少府阴循、执金吾胡母班、将作大匠吴循、越骑校尉王瓖，劝降袁绍等各路军队。袁绍指派王匡杀掉了胡母班、王瓖、吴循等人，袁术捕杀了阴循，只有韩融因为德高望重免于一死。讨伐董卓的各州郡长官各怀异心，迁延日月，保存实力。
荥阳之战，只是曹操一人出力
酸枣联军方面，诸将会盟时摇推远在河内的袁绍为关东联军首领，初平元年（190年）对阵董卓部将徐荣的荥阳之战袁绍也派人参与其中。荥阳战败后，酸枣联军的将领每日大摆酒宴，谁也不肯去和董卓的军队交锋。粮尽后，酸枣联军化作鸟兽散，一场讨伐不了了之。河内联军方面，袁绍将军队引到孟津，与冀州十郡郡守、在漳河歃血结盟，盟誓共同讨伐董卓，辅助王室，拥戴天子。在孟津战场，袁绍的部下河内太守王匡与董卓对战，被击败。驻军河内时，原驻扎酸枣的将领曹操、原何进部将张杨都率兵来到河内与袁绍汇合，后张杨跟随袁绍到漳河与匈奴单于于夫罗一起驻兵。南阳联军方面，豫州刺史孔伷去世，袁术麾下的长沙太守孙坚率领豫州兵将在梁东与董卓激战、袁绍任命的豫州从事李延落败被捕后被残忍杀害。