辨证是诊断，论治是治疗。辨证论治以脏腑学说为基础，加上经络的辨证，灵活运用其他的辨证。证与症状不同，是一种病态功能态，就是机体在病因的作用下，整体反应的特征，整体与周围环境之间、脏腑经络之间，细胞之间，细胞与体液之间相互关系混乱的表现；怎样将病态功能态转化为正常功能态，这就要通过辨证论治。辨证是复杂的，但是是有规律可行的。如病因辨证包括六淫、七情、不内外因，病机辨证包括阴阳、表里、寒热、虚实、气血等方面。
辨证举例：《伤寒论》六条足经的运用，太阳、阳明、少阳用于外感杂病；温病是手部六经的运用，具体为三焦辨证、卫气营血辨证，补充了《伤寒论》的不足，特别是病毒感染，需要运用温病理论辨证；杂病很多是气化病，属于功能性的疾病，有通治法，以八纲为法；实质性的病变，就是器质性，辨病位、病性、病名，对病的特殊治法，如须有对病对症的辨病与辨证相结合，有专病专方的出现。
针灸方面：《千金方》中含有大量的针灸处方；《脉经》是切脉的应用；《脾胃论》的运用，在疑难、慢性病中很重用，纳差就应先调整脾胃以先实其后天。张元素在《珍珠囊》中第一次把脏腑标本寒热虚实用药用表格表示出来，体现了经络的运用。刘元素强调火与热邪，运用辛凉泻药、寒凉药物，是寒凉派祖先，但是火热不是通治，也有运用温热；张子和为攻下派的代表；朱丹溪、张景岳等各有所长。朱丹溪强调主滋阴，如鼻咽癌放疗后应滋阴。王清任的血瘀派，其代表作《医林改错》，其中的血府逐瘀汤临床疗效显著。