普罗米修斯3。
等到他再次苏醒却发现自己正躺在手术台上。随后他从大卫口中得知不孕不育的自己竟然怀孕了，并且这个孩子已经有3个月大。可是他是昨天晚上才和查理发生的关系。众人也知道这个孩子肯定有问题，他们立即就要将肖博士放入休眠舱冷冻，然后带回地球再进行研究。
没想到就在这个时候肖博士却突然暴起打倒了所有人。他强忍剧痛一路逃到了医疗舱。现在他要使用这里的自动设备直接将肚子里的胎儿给取出来。随着手术的进行他肚子里的胎儿也终于浮出水面。只是没想到他竟然是一个长着触手的畸形怪物。
看着怪物正在不停的挣扎，肖博士立即就逃出了医疗舱，然后更是直接启动了清除程序。他要彻底杀死眼前这个怪物。与此同时之前已经被杀死的查理竟然重新复活，他直接就在飞船上疯狂杀戮。并且普通武器根本就不能对他造成伤害，一时不被队友们很快也伤亡惨重。最后还是舰长及时赶到。这次他们直接将查理烧成了灰烬。
另一边肖博士在逃出医疗室后慌不择路的他来到了一个隐秘的房间。在这里他竟然看见了本应死去的幕后老板。随后他也知道了事情真相。原来老板的确已经时日不多，所以他一直都在飞船上休眠。直到不久前大卫发现了还活着的巨人。于是他要去寻找这个人类的造物主。
既然巨人可以创造人类，那么他们也一定有办法挽救人类。老板实在是太想活下去了。为了完成男友一直以来的梦想肖博士也决定跟着他们一起前往。就在肖博士准备出发时，这时舰长却突然找到了他。原来舰长推测这颗星球只是巨人的一个军事基地，因为没人会在自己的家门口进行危险实验。
他分析巨人是在制造铁罐石，最终却让里面的怪物逃了出来，于是双方最后都同归于尽。他们现在必须要尽快离开这里。肖博士无奈也只好告诉了舰长真相：只要他们能找到那个还活着的巨人就可以知道所有事情的前因后果。到时候众人自然就可以圆满离开。随后肖博士跟着老板一起进入了遗迹。他们很快就找到了原型飞船。接下来大卫将要唤醒最后一个还活着的巨人，这就是人类真正的造物主。他有着酷似人类的外形。巨人在醒来后做的第一件事情竟然是和人类一样开始呕吐。随后老板立即让大卫询问要怎样他才可以继续活下去，而肖博士却更想知道明明是他们创造了人类，最后却为什么又要毁灭他们。
可是巨人并没有回答这些问题，他轻轻伸手抚摸着大卫的脑袋，然而就在下一秒巨人竟然直接杀死了大卫。随后老板也难逃一死，剩下的队员还想要反击，可是手中的武器却不能对巨人造成丝毫伤害，最终所有人都被轻松杀死。
只有肖博士却突然逃了出去，巨人见状也没有追赶。随后他直接激活了飞船的驾驶舱。在巨人的操作下一幅宇宙星图立即就开始浮现原来巨人这是要启动飞船，然后带着铁罐前往地球继续完成当年毁灭人类的任务。
这时候肖博士已经逃到了外面，他立即就将巨人的目的告诉了舰长，现在他们必须要阻止这艘飞船，不然等待地球的就是彻底灭亡。而身在船上的艾娃见势不妙，他马上就命令舰长立即撤离。没想到舰长在一阵思考后，他却做出了另一个决定，再将艾娃的逃生舱弹射出去后，他立即命令手下启动了离子推进器。现在他要将整艘飞船都变为一颗子弹。
眼看巨人的飞船已经起飞，普罗米修斯号也立即丢掉了负重。随后在他们的视死如归下两艘飞船彻底的撞在了一起普罗米修四号当场爆炸，而巨人的飞船也立即开始坠毁。最后在逃跑的时候，运气不好的艾娃直接被飞船当场压死，只有肖博士侥幸逃过一劫，现在他也成了整艘飞船唯一的幸存者。
随后肖博士来到了艾娃的逃生舱，他要利用这里的医疗设备治疗伤势。可是没想到当初的怪物竟然没有被杀死，并且他的身体已经长得无比巨大，这时又从耳麦中传来了大卫的声音。原来作为一个生化人，即使只有头颅他也照样可以存活。大卫叫肖博士赶紧离开，因为那个巨人来找他了。
然而一切都来不及了，现在巨人已经冲了过来。危机之下肖博士直接打开了舱门，里面的怪物也瞬间冲了出来。作为专门用来杀戮的生物武器，巨人明显不是怪物的对手，最终他也被扑倒在地。
等到肖博士安全后，这时他从大卫口中得知这颗星球上还有很多这样的飞船，他可以带着肖博士一起回家。然而肖博士却否定了这个提议，他现在已经不想回到地球，他要反向去寻找巨人的母星，然后解开所有事情的真相。
在影片最后，肖博士和大卫驾驶着飞船离去。然而他们还不知道，从巨人体内竟然又钻出了一只怪物，伴随着他的一声嘶吼，电影也正式结束。
