在孔有德等三顺王回师汉阳之际，明军开始发力试图夺回湖南沦陷区。
顺治五年（1648年）春夏之交，坚守在湘西的堵胤锡领兵东进，直扑常德。降清的明朝将领陈友龙见清军北回，遂反正回到明军序列。陈友龙在靖州起兵反正，带领部队恢复黎平府、武冈州、宝庆府。何腾蛟见状也想夺回湖南，遂领兵收复全州，清广西巡抚李懋祖回撤湖南永州。何腾蛟领兵进攻永州，但久攻不下。
但何腾蛟见其余明军进展顺利，自己进展缓慢。便心生嫉妒和愤恨，由于担心光复湖南的功劳会落入堵胤锡和陈友龙之手，何腾蛟竟不顾危如累卵的局面，执意引起内部争斗，破坏大好的抗清局势。
何腾蛟命南安侯郝永忠领兵偷袭靖州，何腾蛟的公开说法是陈友龙投降清廷指挥，攻破黎平府俘虏了自己的家人，自己受此奇耻大辱不可不报。这其实是何腾蛟擅权弄事，破坏永历朝廷内部政治稳定。被郝永忠偷袭全军溃败的陈友龙义愤填膺，亲赴广西向永历帝喊冤。由于何腾蛟突然搞事，导致南明军的进攻阵型混乱，刚刚收复的宝庆府很快又被清军占领，收复湖南的大好局面被何腾蛟搞砸。
但何腾蛟自己又作战不利，直到十一月才堪堪拿下永州，年底才重新夺回宝庆府。但此时金声桓已经败亡，清军已经反应过来。留守桂林的永历朝大学士瞿式耟对何腾蛟搞得歪门邪道很清楚，但是瞿式耟却选择帮助何腾蛟隐瞒事实。二人沆瀣一气，对反正而回的将领陈友龙搞政治阴谋。陈友龙揭发靖州火并的事件之后，给事中金堡反倒将罪责推给郝永忠，说其本是闯贼，贼心难改。总之就是：此事与文臣无关，和何督抚和瞿辅臣无关。
南明永历朝廷内部的文官，舞文弄墨、沆瀣一气。真真切把一个虚伪而可耻的南明小朝廷暴露给世人面前。国破家亡、中原板荡、南明流亡、异族入侵。都不能让这些久历晚明政治斗争的文官们清醒过来。如此腐朽的永历朝廷注定是无法承担起反清复明的重任的，所有希冀于永历朝廷可以恢复汉家衣冠的义士所流鲜血注定无用。
何腾蛟施展政治手段，最终为自己的丑恶行径付出了代价。
1648年夏，为进一步加强自身兵力。堵胤锡特地前往忠贞营驻地，邀请李过出兵协同明军一起收复湖南。李过允诺堵胤锡，率领精锐十数万自四川巴东出发，进逼湖北彝陵，随后攻克湖南常德府。李过麾下的十几万将士是顺军主力保留下的精锐，战斗力十分可观。自三顺王回撤湖北之后，湖南境内已无清军主力驻防，留守清军实力不强。李过所部，从鄂西北一路东进，横扫湘西北地区。顺治五年（1648年）十月，李过所部连续攻克湘潭、益阳、衡山、湘乡等地。
至十一月份，长沙府下辖十二个县城均被李过所部攻克。长沙城已被李过团团包围。清湖南巡按吴达在给摄政王的奏疏中，反复强调长沙城已危在旦夕，恳请摄政王发兵增援。多尔衮听闻急报之后，立即命宗室老将郑亲王济尔哈朗领满汉精锐，自北京出发前往南方镇压叛乱。但郑亲王才到山东，山东地界就爆发了农民起义。满汉主力被迫停留北方，镇压农民起义。
此时已经包围长沙的李过突然收到命令，南明永历朝廷命其解围长沙，向东增援南昌的金声桓。李过尽管并不愿意执行这个命令，但考虑到政治影响，被迫领军撤围长沙。事实上，这是南明督师何腾蛟发动内阁辅臣瞿式耟，怂恿永历朝廷下达这个命令。何腾蛟认为，李过乃流贼出身，收复长沙的功劳若被其拿下，恐怕不利于南明朝廷，特别是他这位督师大学士的地位。瞿式耟竟然很认可他的意见，伙同他一起搞内斗针对李过等人。
然而，真到了何腾蛟出兵攻打长沙，他才发现长沙城并非那么容易便可攻克的。特别是围城无法做到严密，致使长沙城内的清军得以出城劫掠，补充城内紧缺的粮草，而攻城战役愈发艰难。何腾蛟自己不给力，可清军不会放过他犯错的机会。年迈的济尔哈朗带领刚刚镇压山东流民的八旗精锐，即将抵达长沙。直到此时，何腾蛟才慌了神，忙不迭准备带领部队撤围长沙，应对危局。
顺治六年正月，济尔哈朗带领的数万满汉步骑自湖北安陆渡过长江，进入湖南。听闻消息的南明军队方寸大乱，他们可不管何腾蛟大学士的身份了。畏清如虎的南明军头们纷纷拉起部队就跑，何腾蛟身边就剩下一个马进忠愿意跟随。二人退守湘潭，再做他计。然而，济尔哈朗岂会给何腾蛟再做筹划的机会呢？
顺治六年正月二十日，清军主力快速推进至湘潭，次日凌晨就杀抵湘潭城下。见清军兵强马壮、大势已去，马进忠抛弃何腾蛟夺路而逃。还没来得及反应的何腾蛟就被清军俘虏，随后不愿投降的何腾蛟被清军杀害于湘潭流水桥旁的小坡下。
《明史》评价何腾蛟是：崎岖为难之中，介然以艰贞自守。然而纵观何腾蛟的一生，崇祯朝入朝为官，成为南阳知县，与当时的唐王朱聿键结下了善缘。弘光朝就任湖北巡抚，却饱受左良玉的欺凌。好不容易死里逃生，被隆武朝重用之后，何腾蛟便开始忘乎所以，争权夺利。脑子里想的永远都是自己的利益，而南明朝廷的利益却未能放在最为重要的地方。尽管不同于当时其他南明臣僚那般，被俘之后变节，但何腾蛟其对于南明抗清的危害是极为严重的。
进入湘潭城之后，济尔哈朗下令屠城，将湘潭全城老幼全部屠戮一空。时人记载：近前则足软，欲退又不能。魂飞魄散，心胆惧寒矣。时血迹尚鲜，腥臭逼人，立身无地，有食亦不能下咽。但见尸骨纵横，惨不可言。市上人民不止二三十，城中不满百人，受伤未死者数十人。
何腾蛟死后，南明军自然更加大乱，湖南地区的明军彻底失去了主心骨。济尔哈朗抓住时机，扩大战果。命令固山额真佟图赖、阿哈尼堪等继续向南进攻。王进才、马进忠等部望风而逃。就连李过的忠贞营也在混战中被清军接连击败，溃不成军。
当时堵胤锡协同李过驻防湖南郴州，济尔哈朗很重视这支明军，亲自领军进攻。堵胤锡、李过不敌，继续南撤。阿哈尼堪则撵着明军一路南下，直接攻入广西全州地界。南明左都督焦琏急忙领数万精锐北上试图夺回全州，但多罗顺承郡王勒克德浑受郑亲王委派，领兵支援。勒克德浑在全州城下击败焦琏，明军不得已退回桂林。
此外，清军又接连击垮明军在湘西地区的驻军，还在内讧的郝永忠继续撵着陈友龙进攻，最后陈友林是被歼灭了，可是清军也来了。被清军打的狼狈逃窜的郝永忠被迫逃进了夔东山区，继续斗争。
济尔哈朗入湘
顺治六年二月至六月间，明军是一败涂地。湖南几乎全部失守，部队被打的如惊弓之鸟一般，已经没有任何还手之力了。可就在此时，一场源于北方的叛乱，给南明永历朝廷回了一口血。
自顺治五年，为提防汉将可能引发的叛乱，多尔衮派遣诸多满族将领分兵把守各个要地，以监视投降清廷的汉将。而刚刚被罚俸降级的阿济格则被派遣领军驻守大同，以防范在此拥兵坐镇的大同总兵官姜瓖。当然，多尔衮用的名义是防止蒙古部落进入长城作乱，但阿济格显然是一个非常急躁的人。来到大同以后，本就内心极度不痛快的他来到大同之后，更加肆无忌惮。
姜瓖自从顺治元年降清以来，拼命向满清主子表示忠心，但由于清廷歧视汉将的政策，使得姜瓖被清廷始终猜忌和怀疑。顺治二年，姜瓖赴北京述职，大学士刚林受多尔衮委派，质讯姜瓖是否有不臣之心，把姜瓖吓得魂飞魄散之后，遣送回大同。姜瓖本以为自己为清廷稳住山西的局面，跟随英亲王披肝沥胆，为大清立下了赫赫战功。但清廷对自己不仅没有封赏犒劳，反而无端猜忌。顺治四年，姜瓖被勒令将长子姜之升送到北京入朝侍卫，面对这种人质政策，姜瓖表面恭顺服从，实际上内心极度愤懑，对于清廷的政治主张，姜瓖非常失望以至于逐渐心态失衡。
自顺治元年到顺治五年，清廷为镇压南方叛乱和征讨，南明对北方控制区内横征暴敛。山西百姓赋税极为苛刻，官民负担甚是沉重。这一年阿济格携端重郡王博洛、承泽郡王硕塞开赴大同之后，姜瓖认为这极有可能是针对自己而来；特别是此时金声桓、李成栋已经在南方起兵，一旦大同被阿济格控制，姜瓖认为自己会凶多吉少。当年十二月，姜瓖密谋反清。他趁死忠于清廷宣大总督耿焞出城验看物资的时机，宣布关闭城门，易帜叛乱。十二月初三，姜瓖起兵，十二月初四闻讯而来的阿济格随即领兵包围大同。
然而，事情出乎阿济格的预料。本打算一鼓作气平息叛乱的阿济格突然发现，姜瓖的号召力是惊人的。早已对清廷统治极为不满的山西各地立即响应姜瓖的号召，扯旗叛乱，宣布重新回到大明的怀抱。晋西北地区十一座城池相继叛乱，随后蔓延至太原周边，这表明山西地区官民对于清廷统治是非常痛恶的。
姜瓖的反正使得全晋汉族地主官绅找到了一个主心骨，瞬间使得隐藏在水面下的不愿和怨怼彻底爆发，短短一个月之内，除太原之外，山西各府几乎全部爆发叛乱。朔州、潞州、泽州等地反正部队甚至试图攻打太原。
多尔衮见姜瓖突然造反，刚刚被顺治帝晋升为皇父摄政王的他面子上实在挂不住。由于南方叛乱此起彼伏，多尔衮目前的处境是焦头烂额，他最开始试图想让姜瓖回心转意，并解释自己派遣阿济格是为了防御蒙古，并非针对他姜瓖。还承诺可以调回阿济格，并表示维持原状即可。
但姜瓖怎么可能听信多尔衮的忽悠，且不说阿济格入驻大同只是导火索，真正导致姜瓖起兵的原因是清廷极为严重的排汉政治主张。单论清廷统治者睚眦必报、狠辣无情的性格，姜瓖就不可能有什么好下场。见姜瓖根本不信忽悠，多尔衮只能咬牙决心出兵平叛。
山西地区距离京畿非常近，多尔衮必须要尽快处置山西地区的叛乱。因为山西的叛乱已经使得陕西地区出现了动荡的迹象，陕西总督孟乔芳向多尔衮发出预警，陕北地区原明降将已经出现不稳的局面，他们与山西叛军之间相互勾结的可能逐步变大。
劳心费力的多尔衮在正月初四命谨郡王尼堪出兵赶赴山西，二月又亲自挂帅，出兵山西。在攻克浑源州之后，多尔衮又招降了几个城池，清军随后抵达大同城下。但大同城高池深，绝非朝夕之间可以拿下的。然而雪上加霜的是多尔衮挚爱的弟弟——和硕豫亲王多铎在北京感染天花，医治无效而亡！
多铎与多尔衮是同父同母的兄弟，他不仅仅是多尔衮血缘上的弟弟，更是多尔衮政治上最为重要的倚仗。多铎的病亡令多尔衮无心在大同城下恋战，他急需立即回京主持大局。他亲自来到大同城下，向姜瓖保证：他以大清摄政王的身份起誓，绝不会食言，只要姜瓖投降，过往之事一笔勾销，绝不计较。
但姜瓖不为所动。无可奈何的多尔衮只好扔下尼堪和阿济格，自己领兵回师北京再为计较。多尔衮回师北京之后，山西局势日渐糜烂。山西巡抚祝世昌三天一个求救加急；没办法，山西的局势已经失控。祝巡抚除了太原城还能控制，其余地方他都不敢去。他恳请摄政王解围大同，即刻命英亲王和谨郡王增援太原。因为距离太原的几个州府全是反清义军，他们不断试探太原的城防，可是祝巡抚手上根本就没有像样的兵马。
当时汾州府、潞安府、忻州府到处都是反清义军，其中忻州义军多达十万有余，虽然大部分都是裹挟而来，但声势浩大、不可小觑。到了四月份，晋西南地区的反清义军也席卷起来，沁州、绛州、泽州等地全部大乱，甚至河南巡抚报告称，山西乱军攻入河南，在怀庆府盘踞。陕西总督孟乔芳汇报称乱军有从陕西攻入陕西的可能，希望奢望予以增兵。
由于各地都在向多尔衮要兵，可多尔衮从哪里变出这么多兵马。无奈之下，他急命济尔哈朗立即回师北还，不要管南明永历朝廷的死活，即刻北回增援山西。