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R语言马尔可夫MCMC中的Metropolis Hastings,MH算法抽样(采样)法可视化实例

介绍

Metropolis Hastings 算法是一种非常简单的算法,用于从难以采样的分布中生成样本。

假设我们要从分布 π 中进行采样,我们将其称为“目标”分布。为简单起见,我们假设 π是实线上的一维分布,尽管它很容易扩展到一维以上(见下文)。

MH 算法通过模拟​​马尔可夫​​链来工作,其平稳分布为 π。这意味着,从长远来看,来自马尔可夫链的样本看起来像来自 π的样本。正如我们将看到的,该算法非常简单和灵活。

MH算法

转移核

要实现 MH 算法,用户必须提供一个“转移核”QQ。转移核只是一种在 给定当前位置(例如 xx)的情况下随机移动到空间中新位置(例如 y)的方式。也就是说,Q 是给定 x 在 y 上的分布,我们将其写成 Q(y|x)。在许多应用中,Q将是一个连续分布,在这种情况下 Q(y|x) 将是 y 上的密度,因此∫Q(y|x)dy=1(对于所有 x)。

例如,从当前位置 x 生成新位置 y 的一种非常简单的方法是向 x添加一个 N(0,1) 随机数。即设置y=x+N(0,1),或者转移y|x∼N(x,1)。所以

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这种在当前位置x加上一些随机数得到y的核,在实际中经常使用,被称为“随机游走”核。

MH算法

使用转移核 Q 从目标分布 π 中采样的 MH 算法包括以下步骤:

  • 初始化,X1=x1 。
  • 对于 t=1,2,…
  • 从 Q(y|xt)中采样 y。将 y 视为 xt+1 的“建议”值。
  • 计算
  • AA通常被称为“接受概率”。
  • 以概率 A“接受”提议的值,并设置 xt+1=y。否则设置 xt+1=xt。

Metropolis 算法

请注意,上面给出的示例随机游走建议 Q 对于所有 x,y 满足 Q(y|x)=Q(x|y) 任何满足这一点的建议都称为“对称”。当 Q 是对称时,MH 算法中 A 的公式 简化为:

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该算法的这种特殊情况,具有 Q 对称,首先由 Metropolis 等人在 1953 年提出,因此它有时被称为“Metropolis 算法”。

示例

为了帮助理解 MH 算法,我们现在做一个简单的例子:我们实现算法以从指数分布中采样:

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当然,以其他方式从指数分布中采样会容易得多;我们只是用它来说明算法。

请记住,π 被称为“目标”分布,因此我们调用函数来计算 π  ​

​target​

​:

现在我们实现 MH 算法,使用上面提到的简单正态随机游走转移核 Q。

这是代码:

1.  x = rep(0,10000)
2.  x[1] = 3 #初始化;我任意地将其设置为3
3.  for(i in 2:10000){
4.   
5.  if(){
6.  x[i] = proposed_x # 以最小(1,A)的概率接受移动。
7.  } else {
8.  x[i] = current_x # 否则就 "拒绝 "移动,并留在原地。
9.  }
10.  }      

运行此代码后,我们可以绘制马尔可夫链 x 访问的位置(有时称为轨迹图)。

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请记住,我们设计此算法是为了从指数分布中采样。这意味着(只要我们运行算法足够长的时间!)x 的直方图应该看起来像一个指数分布。在这里我们检查一下:

1.  hist(x)
2.   
3.  lines      
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x 中的值的直方图确实提供了与指数分布的紧密拟合。

结束语

MH 算法的一个特别有用的特性是,即使 只知道π 是一个常数,它也可以实现:也就是说,对于一些已知的 f,π(x)=cf(x) , 但未知常数 c。这是因为该算法仅通过比率

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依赖于π 。