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batch & print pro_图卷积网络(GCN) Mini-Batch技巧

引言

图卷积网络GCN取得了非常好的效果。

对于小型图,可以全部加载到内存中,每层Layer的卷积操作都会遍历全图。

对于中大型图,全部加载到内存的做法,显然不能满足需求。我们会使用mini-batch而不是全图来进行计算。

下面将介绍三种目前常见的Batch技巧,分别来自GraphSage和ScalableGCN。

1. GraphSage Batch技巧

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如上图所示,h0是模型inputs数据。3层图卷积Layers,分别是h1, h2, h3。

第k层

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中的每个点对应的

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通过下面公式来更新

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先通过AGGREGATE算子将邻居节点的embedding聚集起来,再和节点自身的embedding信息combine,用输出结果来更新自身embedding。

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我们可以观察到,为了计算最后一层图卷积Layer h3的某个点的embedding,只需要h3->h2->h1->h0中涉及到的点(上图中蓝色的点)。相对于全部的点(灰色+蓝色的点),这个计算范围已经大大缩小了。考虑到有些点可能关联非常多的邻接点,如果使用全部邻接点来计算AGGREGATE,那么计算复杂度将会不可控。

为了解决这个问题,GrapheSage提出抽样邻接点的方法。模型限制每个节点抽样邻接点的数量m,m是一个可配置的超参数。如果m值越大,那么模型计算越准确,但是计算代价也越大。反之m值越小,模型计算越不准确,但是计算代价也越小。

具体采样的方式是:

  • 当邻接点数量小于m时,通过重复采样的方式补齐到m个
  • 当邻接点数量大于m时,从中随机抽取m个

GraphSage采取Uniform采样方式,是基于所有邻接点的重要性是一样的假设。这个假设在很多实际问题中是不成立的,之后的论文里通过使用Importance Sampling或者引入Attention机制来进行优化。

使用邻接点数为m的采样之后,对于L层的图卷积网络,一个mini-batch中就只会涉及到

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个节点,避免了对全图的遍历。

2. ScalableGCN Batch技巧

ScalableGCN是阿里妈妈提出的一种在大规模图上加速Mini-batch GCN训练速度方法。这个方法也包含在最近开源的大规模分布式图学习框架Euler里面。

ScalableGCN的官方介绍链接是

alibaba/euler​github.com

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这个wiki里面方法介绍的比较粗略,下面我会结合实现代码细节,具体介绍ScalableGCN算法。

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图3,取自https://github.com/alibaba/euler/wiki/ScalableGCN

在第一部分里面,我们介绍了GraphSage采用的batch方式,虽然相比于全图计算,已经将计算量大幅减少,但是可以看到它的复杂度还是和卷积层数L成指数级关系。

图1

中低阶的embedding(比如h0, h1, h2)会在计算不同点的高阶embedding(h3)时,被大量重复使用。如果我们把这部分低阶的embedding缓存起来,就可以减少除了自己节点计算以外,其他邻接点的计算。

具体地,对于

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层GCN模型,开辟存储空间:

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,将mini-batch SGD中顶点最新的前

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层的embedding存储起来。同时,我们修改GCN模型为:

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即在汇聚的时候使用缓存中的embedding值,这样一来我们只需计算mini-batch中的样本顶点的卷积结果,无需对扩散后的

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阶所有邻接顶点进行卷积计算。我们用中心顶点(图3中蓝色节点)的embedding

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更新

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self
           

源码中使用trainable=False的tf variable来存储前

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层的embedding。trainable设为False是因为这部分缓存的embedding不需要参与反向求导。

for 
           

当顶层node_embedding计算更新之后,我们用这个更新之后的embedding值来更新stores里面对应节点的缓存。

下面介绍模型的反向求导过程

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图4,取自https://github.com/alibaba/euler/wiki/ScalableGCN

我们开辟存储空间:

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来存储前

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层缓存embedding的导数。

self
           

类似的源码中使用trainable=False的tf variable来存储这部分导数。

因为前

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层缓存embedding是trainable为False的variable,所以我们需要手动通过tf.gradients来计算对应的导数,并存到graident_stores缓存里面。源码实现如下

for 
           

下面我们需要通过Back-Propagation来更新模型参数

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如果没有因为缓存数据结构,更新模型参数很简单,只需要执行optimizer.minimize(loss),tensorflow就会自动更新参数

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但是这里我们为了避免重复计算引入了缓存结构(trainable=False的variable),这些variable的导数是我们手动掉tf.gradient接口计算出来的。根据链式求导法则

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其中

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就是graident_stores缓存

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。为了更新

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,我们只需要将loss改为

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,再通过optimizer.minimize就可以更新参数

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了。具体实现如下

def