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前言
有时候我们进行了靶向捕获测序，会有一系列区域比较关注，想看下对应区域的探针覆盖和捕获情况。将bam文件和探针bed文件一起导入IGV中，可非常直观地看到这些信息。
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具体操作
以xGen™ Exome Hyb Panel v1 demo数据及探针的查看为例：
图文教程：
01
选择基因组版本，并导入BAM文件
具体方式及注意事项请查看上一期内容。
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02
导入探针bed文件
bed文件格式如下图：
各列的含义如下：
探针bed文件前三列是探针在基因组上的位置，是必须的，后续的几列都不是必须的。
注：如果是自己用EXCEL等工具从其他表格中创建bed文件，最后保存的文件中必须删除title行，并且文件的后缀必须更改为.bed，否则导入IGV时可能会导致错误。
确定bed文件无误后，可以在菜单栏中选择"File"→"Load from File…"，选择需要导入的bed文件进行导入。
导入探针bed后，在默认的 "RefSeq Genes" track下方会添加探针位置的注释文件，如下图所示。
03
导入需要查看的区域
在菜单栏中选择"Regions"→"Import Regions"，导入需要查看的区域。
04
查看导入的区域
在菜单栏选择"Regions"→"Region Navigator"，在弹出窗口中点击需要查看的区域后，再点击View，可以跳转到相应的位置。
点击View之后的界面如下图，已经跳转到了选择的位置，BAM track上方的红色标记表示关注的位置区间。
05
查看覆盖深度信息
1个BAM文件默认会有2个对应的track，一个展示coverage（即每个碱基的reads数量）峰图，一个展示具体的reads。
在coverage track左上角会显示一个数值区间，如下图中的[0-202]。如果在coverage track右键选项中，勾选"Autoscale"，那么[0-202]表示在展示的窗口中，coverage最低的位置reads数为0，coverage最高的位置reads数为202。
在Reads track中每一条""或""都是一个read。尖头向右表示read比对到正链上，尖头向左表示比对到负链上。
06
查看探针信息
探针track默认是以Collapsed形式展示的，在探针track中右键可以切换展示的形式（Collapsed/ Expanded/ Squished， 即完全折叠、扩展和压扁状态）。例如，如果关注的某个区域reads数较少或为0，可以在collapsed状态查看对应区域的探针，确认是否是探针遗漏导致的问题。
各种展示方式各有优势，具体如下表：
| 重叠方式 | IGV样式 | 优势 |
| Collapsed | | 可以将相邻或重叠的探针都连起来，可以更直观的看到探针覆盖的位置。 |
| Squished | | 每个探针分别展示，可以直观看到每个区域的探针数量及覆盖乘数。 |
| Expanded | | 在Squished的基础上进一步展示了探针名，便于查找特定探针。 |
07
查看多比对reads
有时在IGV中会看到灰框白底的reads，表示这条reads的MAP Q为0，即比对打分为0，如下图。
比对打分低的原因有很多，例如mismatch较多、比对次数较多等等。如果是比对次数较多导致的MAPQ为0，可以通过对这条read进行BLAT，查看这条read比对到的其他位点。在想要查看的read上右键选择"BLAT read sequence"。
BLAT的结果会出现在新的窗口中，点击窗口中的任意条目都可以跳转到对应的位置。
例如，下图中同时展示了reads比对到的两个位置，一个在chr6上，一个在chr6_apd_hap1上，探针Track下方BLAT Feature Track中标注了准确的比对位置。
另外，在探针 track也可以对特定探针右键选择BLAT分析，从而查看探针本身可能捕获的区域。
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