在python中使用SimpleITKeras 进行 mha医学图像加载显示

安装SimpleITK ：  https://itk.org/Wiki/SimpleITK/GettingStarted#Downloading_the_binaries

打开cmd， 输入pip install SimpleITK

使用SimpleITK

该库显示图片的时候需要第三方图片显示器。这里配置的是ImageJ。

ImageJ 安装(需要安装Java JDK8)：

1.    https://imagej.nih.gov/ij/download.html下载

bundled with64-bit Java 1.8.0_112

 版本

2.    解压放到合适的文件夹下，这里我放到C盘下了。

ImageJ配置：

1.      在https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html 上下载nifti_io.jar

2.      找到ImageJ的解压目录，把下载的nifti_io.jar替换掉同名文件。 我的是在C:ij150-win-java8\ImageJ\plugins\Input-Output

3.      重新打开ImageJ，检查File -> Import -> NIfTI-Analyze是否存在。存在的话就说明插件安装成功了。

SimpleITK配置

1.      找到ImageJ.exe存放的目录，拷贝路径，打开cmd

2.      输入 setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe"

3.      成功的话能看到cmd中输出 SUCCESS: Specified value was saved

4.      在用户环境变量中也能看到ImageJ的运行程序已被加入用户环境变量中

测试配置结果 （mha文件链接：https://bitbucket.org/somada141/pyscience/raw/master/20141016_MultiModalSegmentation/Material/patient_109.zip

测试代码原文链接： https://pyscience.wordpress.com/2014/11/02/multi-modal-image-segmentation-with-python-simpleitk/）

import os
import numpy
import SimpleITK
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy
import SimpleITK
import matplotlib.pyplot as plt

def sitk_show(img, title=None, margin=0.0, dpi=40):
    nda = SimpleITK.GetArrayFromImage(img)
    # spacing = img.GetSpacing()
    figsize = (1 + margin) * nda.shape[0] / dpi, (1 + margin) * nda.shape[1] / dpi
    # extent = (0, nda.shape[1]*spacing[1], nda.shape[0]*spacing[0], 0)
    extent = (0, nda.shape[1], nda.shape[0], 0)
    fig = plt.figure(figsize=figsize, dpi=dpi)
    ax = fig.add_axes([margin, margin, 1 - 2 * margin, 1 - 2 * margin])

    plt.set_cmap("gray")
    ax.imshow(nda, extent=extent, interpolation=None)

    if title:
        plt.title(title)

    plt.show()

# Paths to the .mhd files
filenameT1 = "../patient_109/patient_109/mr_T1/patient_109_mr_T1.mhd"
filenameT2 = "../patient_109/patient_109/mr_T2/patient_109_mr_T2.mhd"

# Slice index to visualize with 'sitk_show'
idxSlice = 26

# int label to assign to the segmented gray matter
labelGrayMatter = 1

imgT1Original = SimpleITK.ReadImage(filenameT1)
imgT2Original = SimpleITK.ReadImage(filenameT2)

sitk_show(SimpleITK.Tile(imgT1Original[:, :, idxSlice],
                         imgT2Original[:, :, idxSlice],
                             (2, 1, 0)))