世界上最大的珊瑚礁，澳大利亚东北海岸的大堡礁，由2900多个珊瑚礁，600个大陆岛屿，300个珊瑚礁和数千种动物组成。以下是居住在世界上最复杂的生态系统之一的本土生物的概要，包括鱼类、珊瑚、软体动物、棘皮动物、水母、海蛇、海龟、海绵、鲸鱼、海豚、海鸟和滨鸟。
硬珊瑚
大堡礁是大约360种硬珊瑚的家园，包括瓶刷珊瑚，泡泡珊瑚，脑珊瑚，蘑菇珊瑚，鹿角珊瑚，桌面珊瑚和针珊瑚。硬珊瑚也被称为石珊瑚，聚集在热带浅水区，帮助建造珊瑚礁，生长在各种聚集体中，包括土丘、板块和树枝。随着珊瑚群落的死亡，新的珊瑚群落在其前辈的石灰岩骨架上生长，创造了珊瑚礁的三维结构。
海绵
虽然它们不像其他动物那样明显，但大堡礁沿岸的5000种左右的海绵发挥着基本的生态功能，为新一代铺平了道路，维持了珊瑚礁的整体健康。一般来说，海绵接近食物链的底部，为更复杂的动物提供营养。同时，有一些海绵物种可以帮助从垂死的珊瑚中回收碳酸钙。反过来，释放的碳酸钙最终被掺入软体动物和硅藻的体内。
海星和海参
大堡礁的600多种棘皮动物 - 包括海星，海星和海参 - 大多是好公民，构成了食物链中的重要一环，有助于维持珊瑚礁的整体生态。唯一的例外是荆棘冠海星，它以珊瑚的软组织为食，如果不加以控制，可能会导致珊瑚种群急剧下降。唯一可靠的补救措施是维持荆棘冠天敌的数量，包括巨型海卫一蜗牛和星河豚。
软体动物
软体动物是一种广泛不同的动物，包括蛤蜊、牡蛎和墨鱼。海洋生物学家认为，大堡礁栖息着至少5，000种甚至可能多达10，000种软体动物，最明显的是巨型蛤蜊，重达500磅。这个生态系统还以锯齿形牡蛎、章鱼、鱿鱼、贝壳（其贝壳曾经被澳大利亚土著部落用作货币）、双壳类和海蛞蝓而闻名。
鱼
栖息在大堡礁的 1，500 多种鱼类包括微小虾虎鱼和较大的硬骨鱼（如象牙鱼和马铃薯鳕鱼）到大型软骨鱼类（如蝠鲼、虎鲨和鲸鲨）。雀鲷、濑鱼和象牙鱼是珊瑚礁上最丰富的鱼类之一。还有鲈鱼、蝴蝶鱼、扳机鱼、牛鱼、河豚、神仙鱼、海葵鱼、珊瑚鳟鱼、海马、海鲈、鲈鱼、蝎子鱼、鹰鱼和刺尾鱼。
海龟
七种海龟经常出现在大堡礁：绿海龟、红海龟、玳瑁龟、平背龟、太平洋雷德利龟和棱皮龟。绿龟、红海龟和玳瑁龟在珊瑚礁上筑巢，而平背龟更喜欢大陆岛屿，绿龟和棱皮龟居住在澳大利亚大陆，只是偶尔觅食远至大堡礁。所有这些海龟 - 像珊瑚礁中的许多动物一样 - 目前被归类为脆弱或濒危物种。
海蛇
大约3000万年前，一群陆生澳大利亚蛇冒险走向大海。今天，大约有15种海蛇是大堡礁特有的，包括大型橄榄海蛇和带状海蛇。像所有爬行动物一样，海蛇配备了肺，但它们可以从水中吸收少量氧气，并具有排泄多余盐分的特殊腺体。所有海蛇物种都是有毒的，但对人类的威胁远小于眼镜蛇、东方珊瑚或铜头蛇等陆生物种。
鸟类
哪里有鱼和软体动物，哪里就会有中上层鸟类，它们在附近的岛屿或澳大利亚海岸线上筑巢，并冒险前往大堡礁经常用餐。仅在苍鹭岛上，您就可以找到各种各样的鸟类，如斑肩斑鸠、黑脸杜鹃、摩羯银眼、黄带铁轨、神圣翠鸟、银鸥、东礁白鹭和白腹海雕，所有这些都依靠附近的珊瑚礁来获取营养。
海豚和鲸鱼
大堡礁相对温暖的水域使其成为约30种海豚和鲸鱼的首选目的地。其中一些海洋哺乳动物几乎全年都在水域中穿梭，另一些则游到该地区分娩和抚养幼崽，而另一些则只是在每年的迁徙中经过。大堡礁最壮观和最有趣的鲸类是座头鲸。幸运的游客可以瞥见五吨重的侏儒小须鲸和宽吻海豚，它们喜欢成群结队地旅行。
儒艮
这些大型、看起来很滑稽的哺乳动物严格来说是草食性的，以大堡礁的众多水生植物为食。有时被认为是美人鱼神话的源头，儒艮通常被认为与海豚和鲸鱼密切相关。虽然它们与现代大象有着“最后的共同祖先”，但儒艮是海牛的表亲。
它们的天敌是鲨鱼和咸水鳄鱼，它们只是偶尔冒险进入该地区 - 但往往会带来血腥的后果。今天，据信有超过50，000只儒艮在澳大利亚附近，对于这种仍然濒临灭绝的海妖来说，这是一个令人鼓舞的数量上升。
水母
在恐龙之前，水母是地球上最古老的生物之一。当然，水母根本不是鱼，而是无脊椎动物浮游动物（刺胞动物）的一种凝胶状形式，其身体由多达98%的水组成。海龟偏爱以大堡礁的几种本土水母为食，而一些较小的鱼类则利用它们作为保护，与它们一起游泳，躲在触手的缠结中以抵御捕食者。
大堡礁附近有100多种记录的水母，包括臭名昭著的刺蓝瓶和箱形水母。但这些并不是唯一需要警惕的物种。伊鲁康吉水母的尺寸仅为立方厘米（与绿豌豆、铅笔橡皮擦尖端或巧克力片大小大致相同），是世界上最小、最毒的水母物种之一。
虽然水母没有大脑或心脏，但包括箱形水母在内的一些水母可以看到。箱形水母有24只“眼睛”（视觉传感器），其中两只能够解释和区分颜色。海洋生物学家认为，这种生物复杂的感官阵列使其成为地球上为数不多的能够360°全方位观察周围世界的物种之一。