臣光曰：古人有言：“疑则勿任，任则勿疑。”裕既委镇恶以关中，而复与田子有后言，是斗之使为乱也。惜乎！百年之寇，千里之士，得之艰难，失之造次，使丰、鄗之都复输寇手。荀子曰：“兼并易能也，坚凝之难。”信哉！
东晋太尉刘裕计划讨伐蜀地，选择元帅的时候，觉得很难找到合适的人选。他认为西阳太守朱龄石既有武勇，又熟悉胜任官吏的职责，打算任用他。大家却都认为朱龄石的资历名望还轻，难以承当重任。刘裕不听从。十二月，任命朱龄石为益州刺史，统帅宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟等人前去讨伐蜀地，并把自己大军的一半共二万人配给他指挥。臧熹是刘裕的内弟，职位也比朱龄石高，但也接受朱龄石的统领。
刘裕与朱龄石密谋进攻取胜的办法，说：“刘敬宣以前进军到黄虎，没建立什么功业便退回来了。所以，敌兵以为我们这次应当从外水出发，又防备我们出其不意仍然还从内水进兵。这样，他们一定会用重兵把守涪城，封锁内水。如果我们进军黄虎，正中他们的计策。现在，我们以大部队经过外水直取成都，另派一支迷惑敌人的军队进攻内水，这是克敌制胜的奇计。”他担心这种计划事先传扬出去，敌人摸清了自己的虚实动静，便另外写了一封信装在盒子里，交给朱龄石，在盒子边上写：“到白帝城再打开。”这几路大军虽然开始行动，但却不知道为什么要这样安排。
毛之坚决要求随大军出发，刘裕恐怕毛之到蜀地后大肆屠杀，而当地人因为与毛之有宿怨，也可能拼死坚守抵抗，所以，没有答应他的请求。
东晋把荆州的十个郡分出来，设立湘州。东晋朝廷加授太尉刘裕为太傅、扬州牧。
东晋太尉刘裕从江陵东下，返回建康，陆续把军用物资尽快地运送回去，在预定的日期以前，常常滞留，不按期进发。诸葛长民与公卿们连日在新亭恭候。乙丑（三十日）夜，刘裕乘船不声不响地回到东府。三月，丙寅朔（初一）凌晨，诸葛长民才得到消息，大吃一惊，急忙觐见。刘裕命武士丁埋伏在幔中，然后迎接诸葛长民入内，把别人屏退，单独谈话，把凡是一生以来谈不透的话全部谈到了。诸葛长民非常高兴，却不料丁从帷幔后跳出来，在座位上弄死他。刘裕命令用车子把他的尸体拉到延尉去判罪。又去抓他的弟弟诸葛黎民，诸葛黎民一向非常骁勇，拒捕格斗，被杀死。又杀了他的小弟弟大司马参军诸葛幼民、他的堂弟宁朔将军诸葛秀之。庚午（初五），后秦王姚兴派遣使节前往北魏建立友好关系。
先前山川湖泽都被豪强霸占，百姓砍柴捕鱼都要纳税，刘裕下令免征。当时百姓居无定所，刘裕上书说：“臣闻先王治国，天下井然有序，疆界划分，各安其所。在往昔盛世，人无职业变更，所以井田制，三代时兴盛。秦实行新政，汉袭秦制，豪强兼并土地，于是就发生了。恳请陛下，怜惜万民，把界定州郡区划的重任交付臣下，如我恳请的合理，请允准，并迅速实行。”于是重新划定州界，只有晋陵附近的徐州、兖州、青州不在重新界定之列。许多由北方流亡来的郡县，多被合并裁汰。
戊寅（十三日），东晋加任刘裕为豫州刺史。刘裕坚定辞让太傅、州牧等职。
东晋朱龄石等人带兵抵达白帝，打开盒中刘裕写的书信，上面说：“大部队全部从外水进攻成都，臧熹从水中进攻广汉，老弱残兵乘坐高大的战舰十几条，从内水向黄虎进发。”于是，几路大军火速向目标进发。谯纵果然命令谯道福带领主力部队镇守涪城，用来防备从内水进攻的敌人。朱龄石抵达平模，距离成都还有二百里。谯纵派遣秦州刺史侯晖、尚书仆射谯诜率领一万多部众屯扎在平模，在江水两岸筑起城墙，抗拒敌兵。朱龄石对刘钟说：“现在正赶上天气太热，但是敌兵又防守严密、地热险固，进攻他们也不一定能够攻克，只是白白地增加士兵的疲劳困顿。我想暂时停止进攻，养精蓄锐，等待机会，怎么样？”刘钟说：“不行。开始的时候我们扬言大部队从内水进攻，谯道福所以才不敢放弃涪城。现在大军到了这里，出乎敌人的意料之外，侯晖这帮家伙已经吓破了胆。贼兵之所以挡住去路、坚守险要，是因为他们害怕，不敢迎战。正应趁他们非常害怕，调动全部的精锐部队进攻他们，结果我们一定会胜利。攻克平模之后，自然可以擂动战鼓，勇往直前，成都也便一定不能坚守了。如果把进攻援解下来，相持不下，他们就会了解到我们的虚实。涪城的守军再忽然到来，把兵力合在一起，抵抗我们，他们的人心也已经安定，良将也集结过来。这样，我们希望对战又没有办法把敌人引出来，军中粮食又无法供应，那么，我们的二万多人就要全部被蜀中小子俘虏了。”朱龄石听从了他的劝告。
诸将领认为江北的城垣地势险要，守兵众多，所以打算先进攻江南的城池。朱龄石说：“现在，我们即使屠灭了南城，也没有办法攻克北城，如果集中精锐攻克北城，那么南城便不用挥旗进攻也会自动星散的。”秋季，七月，朱龄石率领几支部队向北城发动猛烈进攻，终于攻克。斩杀了侯晖、谯诜，又带兵回师进攻南城，南城自动溃败。朱龄石把船遗留在江中，上岸步行向成都进发。谯纵的大将谯抚之在牛脾屯聚兵力，谯小苟驻防打鼻。臧熹进攻谯抚之，把他杀了；谯小苟听说这个消息，也全军崩溃。于是谯纵手下的那些军营卫所，一听见东晋部队到来的消息，便都一个接一个地崩溃瓦解。
戊辰（初五），谯纵放弃成都出逃，尚书令马耽把府库封存起来，等待东晋军队。壬申（初九），朱龄石进入成都，诛杀了谯纵同祖父的亲属，其余的人都安居如常，让他们恢复正常的生产经营。谯纵逃出成都，先去辞别祖先陵墓，他女儿说：“逃跑也一定不能逃脱，只是取得更多的侮辱，同样是死，可以死在祖先的墓旁。”谯纵不听。谯道福听说平模失守，从涪城带兵赶来救援，谯纵前去投奔他。谯道福看见谯纵，大怒说：“大丈夫有这样伟大的功名事业，却把它丢弃了，你要回到哪里去！一个人谁能不死，怎么怕成这个样子！”于是把佩剑狠狠地向谯纵掷去，只砍中了他的马鞍。谯纵只好离去，自己上吊而死。巴西人王志把他的脑袋砍下来，送给朱龄石。谯道福对他的部众们说：“蜀国的生存和灭亡，其实是维系在我的身上，不在谯王的身上。现在我还活着，因此，还足以进行一次决战。”部下都表示同意。谯道福把金银财宝全部分发给手下的人，众人接过东西，却都逃走了。谯道福无奈，逃到獠人部落之中，巴地居民杜瑾把他抓住，送交东晋军，就在军营门前斩首。朱龄石把马耽放逐到越，马耽对他的部下说：“朱龄石不把我送往京师，是打算杀我灭口。我必定难逃一死。”于是，沐浴之后，躺在床上，自缢而死。不一会儿，朱龄石的使者便到了，砍下了他尸体上的人头。东晋下诏朱龄石升任监梁、秦州六郡诸军事，赐爵位为丰城县侯。
平西将军、荆州刺史司马休，很得江汉一带百姓的民心。他的儿子谯王司马文思留在建康，性情凶狠残暴，喜欢结交江湖侠士。太尉刘裕非常讨厌他。三月，有关部门报告司马文思擅自打死封国的官吏，朝廷下诏杀了他的手下差役，却独独赦免了司马文思。司马休之呈上疏奏请求处罚，承认罪过，并要求解除他现在的职务，朝廷不许。刘裕把司马文思抓住，送到司马休之处，令司马休之处理。司马休之上书请求废黜司马文思的爵位，并写信给刘裕表示谢罪。刘裕因此非常不高兴，任命江州刺史孟怀玉兼任督豫州六郡，用来戒备司马休之。
这一年，叛离东晋的司马国兄弟，聚集几百个部众，偷偷渡过淮河，趁夜混入广陵城。青州刺史檀祗兼任广陵相。司马国带兵直接冲向官署的大厅，檀祗惊觉之后走出来，正要抵抗，被乱箭射伤退回去，对左右的侍从说：“贼人趁天黑冲了进来，打算在我没防备的情况下袭击我们。只要敲击五鼓，他们害怕天亮，一定会逃跑。”侍从们听从他的吩咐去做了，司马国的兵果然逃走。
东晋太尉刘裕逮捕了司马休之的次子司马文宝、侄子司马文祖，并命令他们自杀。刘裕发动军队，西上进攻司马休之。安帝下诏把皇帝专门用来诛杀的黄钺加授给刘裕，并命令他兼任荆州刺史。庚午（十六日），实行大赦。
丁丑（二十三日），东晋朝廷任命吏部尚书谢裕为尚书左仆射。
辛巳（二十七日），东晋太尉刘裕统辖的军队，从京城建康出发。刘裕任命中军将军刘道怜监留府事，任命刘穆之兼右仆射。朝廷的事情，无论大小，都由刘穆之决定。他又任命高阳内史刘钟领石头戍事，屯扎在冶亭。司马休之府内的司马张裕、南平太守檀范之听说这事之后，都逃回到建康。张裕，是张邵的哥哥。雍州刺史鲁宗之怀疑自己终究不会被刘裕宽容，便与他的儿子竟陵太守鲁轨起兵响应司马休之。二月，司马休之呈上奏书给安帝，列举刘裕的罪状，同时也率领军队，准备抵抗刘裕。
司马休之府录事参军韩延之，跟随司马休之多年，颇有才干。刘裕到江陵前，暗地派人送信给他说：“司马文思事件的缘由，远近皆知。去年派康之将文思送到司马休之处，是很尊重他了。但他毫不愧疚，又不上书请罪。司马文思知错不改，为天地所不容。我奉命西伐，只是讨伐他们父子而已。江陵境内的居民，都是被逼迫的，一概不追究。往年郗僧施、谢郡、任集之等，结党多年，专门为刘毅出谋划策，所以被灭。你等诸位，是一时被迫，原本不想挑衅。期望会晤你的愿望，由来已久。现在正是诸位回归的好时候。若大军出发，双方交锋了，我就分不清好人坏人了。因此将我的意思先告诉你，并请你转告他人。”
韩延之回信说：“你亲率兵马远征江陵，江陵百姓莫不惊骇。为什么？因为不知你为什么出师。今承蒙赐信，才知是因为谯王事件，更感叹息。司马平西忠贞爱国，待人接物的风度可比古之贤人。因为你有匡复社稷之功，为国家所倚重，衷心推戴你，事事向你咨询。谯王往昔因为小事被弹劾，尚且上书请求降职，何况是大过失，他怎会置之不理呢？但康之先前没有说清楚，因而又派胡道去表白自己的想法。胡道还没来得及回来，你已上书废除康之王位。康之未能达到目的，真是命啊！寄托相互的思念，应当如此吗？有什么不妥的，就兴兵讨伐！自从义军掌权以来，各地官员，谁敢不先向你请示，而径直上书皇上呢？谯王被宰相指责，你又上书请废其王位，他到底有什么错，你上书究竟是为什么，真是‘欲加之罪，何患无辞！’刘裕君，四海之内，谁不知你的居心？你何必还想欺诈国人呢！天地所不容的，不是司马休之，而是你刘裕！来信说‘期望相见，由来以久’。今伐我主，夺我利益，真是‘期望相见，由来以久’啊！刘藩死于宫内，诸葛长民死在你的爪牙之手。好话说得使地方命官惊诧，却又派兵袭击他们。于是宫廷内没有坦诚之士，宫廷外没有诚信的诸侯。为了篡位，你这样做，真是可耻啊！你府内的将士官佐和朝廷贤德之士，提着身家性命度日，内心早已企望太平，我确实愚笨低下，但曾听有德君子说过‘一仆不侍二主’。以司马休之高尚的品德，难道不能胜任朝廷授予的官职吗？他没有自投虎口，比起郗僧施、任集之等人确实高明些。假若上天要使天下长期动乱、暴虐横行，我当与臧洪同归冥府。不必再多言了。”刘裕看信后，长声叹息，把信递给左右看说：“追随的人就当这样！”
东晋琅邪太守刘朗率领二千多家百姓投降了北魏。
东晋太尉刘裕派遣参军檀道济、朱超石带领步兵骑兵进攻襄阳。朱超石是朱龄石的弟弟。江夏太守刘虔之带领部队屯驻在三连，修筑桥梁，积聚粮草，等待他们的到来，但是檀道济的军队却过了许多天也没有到来。鲁轨袭击刘虔之，并把他杀了。刘裕派他的女婿、振威将军、东海人徐逵之统领参军蒯恩、王允之、沈渊子等为前锋，出击江夏口。徐逵之等人在破冢与鲁轨交战，大军失败，徐逵之、王允之、沈渊子等都被杀，只有蒯恩的部队压住了阵脚，没有败退下去。鲁轨乘胜对他发动了猛攻，却不能攻克他的防守，于是退了下去。沈渊子是沈林子的哥哥。
刘裕在马头集结军队，听说徐逵之战死，愤怒异常。三月，壬午（二十九日），率领各位将领渡过长江。鲁轨、司马文思统领着司马休之的军队四万人，依傍着陡峭的江岸排下战阵，刘裕的军队士卒，没有人能攀登上去。刘裕披挂起铠甲，打算亲自攀登，各位将领纷纷劝阻，他却坚决不听，越发怒不可遏。太尉主簿谢晦上前抱住刘裕，刘裕拔着佩剑指着谢晦说：“我杀了你！”谢晦说：“天下可以没有我谢晦，但是却不可以没有您！”建武将军胡藩率领游击部队，此时正在江津，刘裕派人去叫胡藩，让他登岸，胡藩有些疑虑。刘裕命令身边的侍从去把他抓来，打算杀了他。胡藩看着来人说：“我正打算去进攻贼兵，没时间前去受教！”于是，用刀尖在江岸上掘出小洞，仅能容下脚趾，他便踩着飞身跃上江岸，后边跟着他向上爬的人渐渐多了。登上江岸之后，便直奔上前，拚力死战。司马休之的军队无法抵挡，渐渐向后撤退。刘裕军队因此趁机猛攻，司马休之的部队完全溃败，刘裕于是攻克江陵。司马休之、鲁宗之一齐向北逃走，鲁轨留守在石城。刘裕命令阆中侯下邳人赵伦之、太尉参军沈林子进攻鲁轨；派遣武陵内史王镇恶带领水军船队追击司马休之等人。
有一群盗匪共几百人在夜色掩护下袭击治亭，京师震惊恐慌。刘钟带兵讨伐，把他们剿灭。
东晋赵伦之、沈林子在石城打败鲁轨，司马休之，鲁宗之准备营救，却没有来得及，于是，与鲁轨一起逃奔襄阳，鲁宗之的参军李应之紧闭城门，不让他们进去。甲午（十二日），司马休之、鲁宗之、鲁轨，以及谯王司马文思、新蔡王司马道赐、梁州刺史马敬、南阳太守鲁范等人全部逃奔后秦。鲁宗之平时很受百姓拥护，人们纷纷掩护、保卫他，把他送出国境。王镇恶等人前来追捕他们，到了国境没有追上，使回去了。
当初，司马休之等向后秦、北魏国请求救助，后秦征虏将军姚成王及司马国带兵抵达南阳，北魏长孙嵩抵达河东，听说司马休之等已经失败，便都带兵回去了。司马休之到了长安，后秦王姚兴任命他为扬州刺史，让他去侵袭骚扰襄阳。侍御史唐盛对姚兴说：“根据预言帝王受命吉凶的符命谶讳说，司马氏应当重新夺取河、洛一带。现在让他带兵在外，就像把鱼又放回湖海一样。我看不如封他高官，给他优厚的待遇，把他留在京师。”姚兴说：“过去，周文王最终在里得到赦免，汉高祖在鸿门没有被杀，这都是天命在左右，谁能违抗得了！如果真像符谶所说的那样，把他留下来却正好是促使灾害加重。”于是，派遣司马休之去了。
东晋下诏加封太尉刘裕为太傅、扬州牧，授其佩剑上殿，上殿时不必小步走、参拜皇上时不必通报姓名的特权。任命兖、青二州刺史刘道怜为都督荆、湘、益、秦、宁、梁、雍七州诸军事，骠骑将军，荆州刺史。刘道怜为人贪婪鄙俗，没有才能。刘裕任命中军长史、晋陵太守谢方明为骠骑长史、南郡相，刘道怜府中的所有事务都向谢方明请教后再决定。谢方明是谢冲的儿子。
东晋益州刺史朱龄石派遣使节前去拜见北凉河西王沮渠蒙逊，宣扬东晋朝廷的威势和德政。沮渠蒙逊派遣舍人黄迅前来拜见朱龄石，并且呈上奏表，说：“听说车骑将军刘裕打算清剿中原地区，我甘愿做他的右翼部队，帮助他驱逐戎族强盗。”
东晋加封太尉刘裕为兖州刺史，都督南秦州，至此，他共都督二十二州。任命他的世子刘义符为豫州刺史。
八月，丙午（初一），东晋实行大赦。
东晋宁州把一个琥珀做的枕头进献给太尉刘裕。刘裕因为琥珀可以治疗外伤，所以得到这个枕头非常高兴，命令把它捣碎，分别赐给即将要去北方征战的将士。
刘裕任命自己的世子刘义符为中军将军，监太尉留府事。任命刘穆之为左仆射，兼任监军、中军二府军司，并让他进入东府居住，总管朝廷内外的一切事务。任命太尉左司马东海人徐羡之为刘穆之的副手，命左将军朱龄石守卫宫廷及国家办事机构，命徐州刺史刘怀慎守卫京师，命扬州别驾从事史张裕任留州事。刘怀慎是刘怀敬的弟弟。
刘穆之在内总管朝廷政务，在外供应军旅的给养，遇事当机立断，快如流水，因此一切事情，没有堆积迟滞的。各方宾客从四面八方集中到这里，各种请求诉讼千头万绪，内内外外，谘询禀报，堆满台阶屋子。他竟然能够眼睛看辞作讼书，手写答复信件，耳朵同时听属下的汇报，嘴里也应酬自如，而且同时进行的这四种工作互相之间又不混淆错乱，全都处置得当。他又喜欢宾客来往，说笑谈天，从早到晚，毫无倦意。偶尔有闲暇时间，他便亲自抄书，参阅古籍，校订错误。他的性格奢放豪迈，吃饭一定要宽大的饭桌，一大早便经常要准备十个人左右的饭食，从来没有一个人单独进餐。他曾经告诉刘裕说：“我刘穆之的家庭出身本来贫穷微贱，维持生计都很艰难。自从得到您的信任忝任高位以来，虽然心中常常想着节俭，但从早到晚所需要的花销，仍然稍微显得过于丰厚了一点，除此而外，没有一点儿是对不起您的了。”中军谘议参军张邵对刘裕说：“人生危机脆弱，必须有一个长远的打算。刘穆之如果遇到什么不幸，谁可以代替他呢？而你所开创的功业已经到了这种程度，如果一旦发生不幸，你说该如何处理后事？”刘裕说：“这自然要完全交给刘穆之和你了。”
当初刘裕平定齐时，还有平定关、洛之意，因卢循袭击后方，未能如愿。荆、雍州平定后，又图谋向外拓展疆域，恰逢羌王姚兴死，其子姚泓继位，兄弟相互残杀，关中动乱。刘裕任征西将军、司州豫州刺史，乘机北伐。
丁巳（十二日），刘裕从建康出发。他派遣龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济带领步兵从淮河、淝水向许昌、洛阳进发；派遣新野太守朱超石、宁朔将军胡藩进军阳城；派遣振武将军沈田子、建威将军傅弘之进军武关；派遣建武将军沈林子、彭城内史刘遵考带领水师从石门出发，自汴水入黄河；派遣冀州刺史王仲德督领前锋的几支部队，开通钜野被淤塞的旧河道，进入黄河。刘遵考是刘裕的本家弟弟。刘穆之对王镇恶说：“刘公这次交给你讨伐秦国的重任，你可要努力呀！”王镇恶说：“我如果不攻克收复关中地区，发誓不再过长江！”
刘裕起兵出发之后，青州刺史檀祗便从广陵擅自率领军队到涂中掩杀讨伐逃亡的人。刘穆之担心檀祗趁机制造变乱，商议准备派军队防备。当时，檀韶任江州刺史，张邵说：“现在檀韶占据长江中游，檀道济为讨伐秦国军队的重要将领，如果露出一些怀疑他的迹象，那么，留在京都的太尉府乃至朝廷，便会马上陷入危险，不如派人迎上去慰劳他，顺便观察一下他的意图，一定没什么可担忧的。”刘穆之这才停止行动。
东晋太尉刘裕抵达彭城，朝廷加任他领徐州刺史。任命太原人王玄谟为从事史。
当初，王廞（王导之孙）失败的时候，僧人昙永把他的小儿子王华藏了起来，让他扮做童仆，提着自己的衣裳行李，跟在后面。码头巡逻检查的人对这孩子产生怀疑，昙永呵斥王华说：“你这小奴才，为什么不快走？！”用棍子打了他几十下，因此才免于被识破。后来，遇到大赦，他才到吴郡。他因为父亲下落不明，不知是死是活，所以只穿布衣，只吃蔬菜，拒绝与别人交游，不出来做官，这样过了十几年。刘裕听说王华贤明，打算征用他，于是便为王廞发丧，让王华穿了三年的丧服。三年之后，征召他为徐州主簿。
王镇恶、檀道济进入了后秦的境界，所过之处，全部告捷。后秦将领王苟生献出漆丘，向王镇恶投降；后秦徐州刺史姚掌献出项城，投降了檀道济。其他的那些保卫地方的守军也都听见东晋军消息便前来归顺，只有新蔡太守董遵不肯屈服。檀道济攻克了他所坚守的城池，抓住了董遵，把他杀了。他们进军克复了许昌，抓获了后秦颖川太守姚垣，以及大将军杨业。沈林子从汴水进入黄河，襄邑人董神虎聚集了一千多部众赶来投降，太尉刘裕任命他为参军。沈林子与董神虎一起进攻仓垣，并把那里攻破，后秦兖州刺史韦华投降，董神虎擅自回到家乡襄邑，沈林子把他杀了。
东晋王仲德率领的水师进入黄河，即将迫近滑台。北魏兖州刺史尉建怯懦畏惧，统率部众放弃守城，向北渡过黄河。王仲德进入了滑台，并宣告说：“我们晋朝本来打算用七万匹布帛做代价向魏国借道，却想不到魏国的守将却突然放弃城池逃跑。”北魏国主拓跋嗣听说后，派遣叔孙建、公孙表从河内向枋头进军，又带兵渡过黄河，在滑台城下杀掉尉建，把他的尸体投入黄河，并向王仲德的部下诘问为什么入侵进犯，王仲德派司马竺和之上前回答说：“刘太尉派遣征虏将军王仲德从黄河进军洛阳，去清扫晋室的祖先陵墓，并不敢向魏国发动进攻。魏国守将自己放弃滑台逃走，王将军才借助这座空城安歇部队，我们马上就要向西进发，对晋、魏的和睦关系并不妨碍。你们有什么必要高扬战旗，紧擂战鼓显示威力呢？”拓跋嗣又派叔孙建质问东晋太尉刘裕，刘裕谦逊地道歉说：“洛阳是我们晋朝的旧都，但是，却被羌人占据了，我们晋朝打算修复晋室祖先陵墓已经有很长时间了。而桓氏的同属亲属，司马休之、司马国兄弟，鲁宗之父子等人，都是晋朝的蠹虫和叛逆，但是羌贼们却收留他们，给我们留下后患。现在我们晋朝准备讨伐他，打算向你们魏国借一条道，不敢对你们有什么不利的举动。”北魏镇守河内的大将于栗有勇武的名声，在黄河岸上构筑堡垒，防备东晋的侵扰。刘裕写一封信给他，上面的称呼是：“黑公麾下。”于栗喜欢使用黑做武器，因此这成了他的标志，所以，刘裕才这样称呼他。北魏于是拜授于栗为黑将军。
后秦阳城、荥阳两座城全部投降，东晋部队进发到成皋。后秦征南将军陈留公姚洸镇守洛阳，派遣信使向长安请求救援。后秦王姚泓派遣越骑校尉阎生率领三千骑兵赶来救助，派遣武卫将军姚益男带领一万步兵去协助镇守洛阳，又派并州牧姚懿向南去屯扎在陕津，作为他们的声援。宁朔将军赵玄对姚洸进言道：“现在晋寇越来越深入我们国土，人心震骇动摇。他们人多我们人少无法抵挡他们，如果出去迎战，反而不能取胜，那么我们的宏伟事业便会一去不复返了。所以，我们应该按几处镇守的大军不动，坚守金墉，以等待西部的军队前来救援。金墉不被攻克，晋军一定不敢越过我们向西进发，这样，我们便可以不去迎战，坐在这里等待他们出现漏洞。”司马姚禹暗地里与东晋的檀道济勾结、通谋，主簿阎恢、杨虔都是姚禹的党羽，他们都非常嫉妒、厌恶赵玄，所以便对姚洸进言道：“殿下因为有英明勇武的谋略和能力，接受独当一面的国家重任。现在只是环城坚守，向敌人显示自己的懦弱，怎么能不受到朝廷的责备呢？”姚洸也认为是这样，于是派遣赵玄带领部众一千多人，向南驻守柏谷坞，派广武将军石无讳向东戍卫巩城。赵玄流着泪对姚洸说：“我赵玄接受三代皇帝的重恩，所一直坚守的志向正是以死相报而已。但是您不采纳忠臣的良言，被奸臣耽误，以后一定后悔。”不久，成皋、虎牢都投降东晋，檀道济等人带领大部队长驱直入。石无讳抵达石关，逃了回来。东晋龙骧司马荥阳人毛德祖，在柏谷与赵玄展开战斗，赵玄的军队失败，他身受十几处伤，跌倒在地，大声呼喊。赵玄的司马蹇鉴，冒着被杀的危险，抱住赵玄而哭。赵玄说：“我的伤太重了，你应该快点逃走！”蹇鉴说：“将军不脱离危险，我蹇鉴到哪里去？”最后与他一起死了。姚禹跳出城来投奔檀道济。甲子（二十日），檀道济进军逼近洛阳，丙寅（二十二日），姚洸出城投降。檀道济俘获后秦国人四千多，有提建议的人打算把他们全部活埋，筑起一座土丘。檀道济说：“讨伐罪人，安抚平民，今天正是时候！”于是，把他们全部释放，遣送回家。从此，不管是夷族还是汉族，都非常感激高兴，前来归附的人非常多。阎生、姚益男还没有赶到，听说洛阳已经沦陷，没有敢继续前进。
乙丑，东晋安帝下诏派遣兼司空、高密王司马恢之修复拜谒五位皇帝的陵墓，并设置守卫部队。太尉刘裕任命冠军将军毛之为河南、河内二郡太守，代理司州的政事，戍守洛阳。
西秦王乞伏炽磐派遣秦州刺史王松寿镇守马头，用来对后秦的上造成压力。
太尉刘裕派遣左长史王弘返回建康，委婉地向安帝请求，加授自己九锡。这时刘穆之执掌留守的大权，但是这旨意却是刘裕自己在北方提出，又通过别人传来，刘穆之从此既惭愧又害怕，得了疾病。王弘是王珣的儿子。十二月，壬申（二十九日），安帝下诏任命刘裕为相国、总百揆、扬州牧，加封为食邑十郡的宋公，备办九锡的礼仪，尊位在各诸侯王之上，并仍像原来那样兼任征西将军，司、豫、北徐、雍四州刺史。刘裕推辞，不接受任命。
西秦王乞伏炽磐派遣使节前来拜见东晋太尉刘裕，请求进攻后秦，主动为刘裕效力。刘裕授乞伏炽磐为平西将军、河南公。
后秦国主姚泓，在王宫前殿接受文武百官的朝贺，因国家内患外忧交迫，君臣们相对哭泣。征北将军、齐公姚恢率领安定当地居民三万八千户人家，纵火焚烧了房屋，从北雍州直奔长安而来。姚恢自称大都督、建义大将军，向所过州县传布檄文，声称要铲除君主身边的恶人。扬威将军姜纪率领部众归附了姚恢，建节将军彭完都放弃了阴密城，逃回长安。姚恢大队人马抵达新支，姜纪对姚恢说：“朝廷重要将领和军队主力都在东方，京师空虚，您如果迅速率领轻装的军士袭击长安，定能攻克。”姚恢没有同意，却向南进攻城。镇西将军姚谌被姚恢击败，长安受到很大震动。姚泓派人飞马前去征召东平公姚绍，并派姚裕和辅国将军胡翼度屯驻澧西。扶风太守姚俊等人都投降了姚恢。东平公姚绍率各路人马紧急向西回军，与姚恢的军队在灵台相持。姚赞留下宁朔将军尹雅为弘农太守，镇守潼关，然后也率军回到长安。姚恢的部众看到各路兵马四面集中过来，都心惊胆战，大将齐黄等人前往官军大营投降。姚恢挥师进逼姚绍军，姚赞从后面进攻姚恢，姚恢的部众大败，四处逃散，官军斩杀了姚恢和他的三个弟弟。姚泓闻知姚恢的死讯失声恸哭，用公爵的礼仪把他们安葬。
东晋太尉刘裕从彭城率水军出发西上，留下他的儿子、彭城公刘义隆镇守彭城。晋安帝司马德宗下诏，任命刘义隆为监徐、兖、青、冀四州诸军事，兼徐州刺史。
东晋龙骧将军王镇恶，进军渑池，又派毛德祖袭击后秦弘农太守尹雅据守的蠡吾城，生擒尹雅。尹雅杀死了看守他的兵卒逃走。王镇恶一直向前进攻，抵达潼关。
檀道济、沈林子等从陕城北面渡过黄河，攻陷襄邑堡。后秦河北太守薛帛逃奔河东。东晋军继续前进，又攻击后秦并州刺史尹昭据守的蒲阪，没有攻克。东晋另一路将领进攻匈奴堡，被守将姚成都击败。
辛酉（十九日），东晋荥阳守将傅洪，献出虎牢城，投降北魏。
后秦国主姚泓任命东平公姚绍为太宰、大将军、都督中外诸军事，颁赐帝王专用的黄钺，改封鲁公。命他督率武卫将军姚鸾等，率步、骑兵共五万人镇守潼关，又遣另一大将姚驴，援救蒲阪。
东晋建武将军沈林子对檀道济说：“蒲阪城池坚固，守军又多，不可能一举攻克。强攻则白白使我军伤亡，不强攻又会拖延时间。现在，王镇恶在潼关，势单力弱，我们不如与王镇恶会师，合兵攻打潼关。如能攻克潼关，尹昭在蒲阪，就可以不攻自破了。”檀道济同意。
三月，檀道济、沈林子抵达潼关。后秦鲁公姚绍率兵出城迎战，檀道济、沈林子奋勇进攻，大破后秦军，斩杀和俘虏敌人数以千计。姚绍率领后秦军撤退，屯驻定城，凭依险要的地势固守城池。姚绍对他手下的将领们说：“檀道济他们的兵力不多，而且孤军深入，所以他只能加强营垒固守，等待后继援军。我现在分兵几路，切断他的粮饷供给之路，就可以稳坐这里生擒他。”于是，姚绍派姚鸾把守大路要道，断绝檀道济的送粮道路。
东晋太尉刘裕率领水军从淮河、泗水进入清河，准备再逆流西上，开进黄河，他先派使节向北魏借路。后秦国主姚泓也派人出使北魏，请求救援。北魏国主拓跋嗣命令文武百官共同商讨这件事，群臣们都说：“潼关是天险，刘裕用水军攻克恐怕难以达到。但是，如果从黄河北岸登陆向北方侵入，那就容易得多。刘裕声称讨伐秦，他的真实目的难以猜测；而且后秦是与我们有婚姻关系的国家，不可以不出兵相助。我们应派兵切断黄河上游，阻止晋军西上。”博士祭酒崔浩说：“刘裕吞并秦国的野心由来已久。如今，姚兴去世。他的儿子姚泓愚劣懦弱，国内灾难一再发生。刘裕乘他国内危机而兴兵讨伐，他的决心是一定要夺取。我们如果切断黄河上游，阻截晋军，刘裕一怒之下，必然登陆向我们进攻，这样一来，我们等于代替秦国挨打。如今柔然进攻我们边境，百姓又缺少粮食，如果再与刘裕为敌，发兵南下进攻晋，那么北边敌军柔然就会更加深入。那时，大军救援北方，南方的州县又将告急，这不是好计策。不如借给刘裕水道，听任刘裕西上，然后我们出兵驻防东部，阻塞他的退路。如果刘裕得胜告捷，一定会感激我们借路的恩德；如果失败，我们也会有援救秦国的美名，这是很多办法中比较好的一个。况且，南方与北方风俗不同，即使朝廷放弃恒山以南的领土，刘裕也决不会用来自吴、越的军队与我们争夺据守黄河以北的土地，怎么会成为我们的威胁呢？为国家制定方略的人，应该只为国家的利益考虑，怎么可以顾念一个嫁过来的女子呢！”大臣们还说：“刘裕向西进入潼关，便害怕我们切断他的退路，腹背同时遭到攻击；而刘裕如果北上进攻我们，那么秦国姚氏一定不会从潼关出兵救援，所以看刘裕的样子虽然是声称向西，但实际一定是北上。”拓跋嗣于是命令司徒长孙嵩为督山东诸军事。又派振威将军娥清、冀州刺史阿薄干，率领步、骑兵十万人屯军黄河北岸。
庚辰（初八），刘裕率领水军开进黄河，任命左将军向弥为北青州刺史，留下戍守。
当初，刘裕命令王镇恶等人：“如果攻克洛阳，一定要等主力大军到达后共同前进。”王镇恶等人却乘胜直接进攻潼关，被后秦兵牵制，不能前进，时间一长，军中粮饷接济不上，士卒中发生恐慌和疑虑，有人打算放弃笨重的军用品回去投奔大军。沈林子手按佩剑怒斥道：“相公大志是统一天下，而今许昌、洛阳均已平定，关右也将要收复，大事成功与否，就在前锋部队的行动。为什么要挫伤胜利后的士气，放弃就要得到的功业？况且现在主力大军距我们还远，敌人的力量正强盛，即使我们打算撤退，又怎么能够走脱，我接受了命令就不作回头的打算。今天的事，我自己率军完成任务，不知你们这些君子，将来有什么面目去见宋公的旗鼓！”王镇恶等人派人飞马报告刘裕，要求支援粮草和兵力。刘裕把王镇恶的使节叫到面前，打开战船的北窗，指着黄河岸边的北魏大军给他看，说：“我告诉他们不能单独前进，如今却轻率地深入敌境，岸上的形势如此严重，我怎么派得出军队！”王镇恶于是亲自回到弘农，向百姓说明情况，晓以大义，百姓争相捐献粮草，军队的粮饷重新得到补充。
北魏军队的几千名骑兵，一直沿着黄河随着刘裕的大军向西行进。东晋士卒在黄河南岸，用长绳牵引战船，风大浪急，有的牵绳突然折断，战船漂流到北岸，船上的晋军全都遭到北魏军队诛杀劫掠。刘裕派军还击北魏军队，东晋军一上岸，北魏军就逃走，等东晋军回到船上，北魏军又返回岸边。夏季，四月，刘裕派白直队主丁，统率武士七百人，战车一百辆，登上黄河北岸，在距河岸一百步的地方，构筑新月形战阵，以河岸作为月弦，两端抱住河道。每个战车上布置七个武士。新月阵布置完毕，在阵中竖一个白色羽旗。北魏军队不知道这是什么意思，都不敢轻举妄动。刘裕先派宁朔将军朱超石严加戒备，准备出战，等新月阵中的白旗一举起来，朱超石率领二千人飞奔而至，进入新月阵，携带大弩一百张，每个战车上增加到二十人，并在车辕上安置了防箭木板。北魏军看到战阵已经完成，开始进攻包围。长孙嵩又率三万骑兵作为后继援军，从四面八方向新月阵展开肉搏冲锋，东晋军的强弓不能阻止敌人的势头。当时，朱超石另外还携带了大铁锺和铁一千支，这时朱超石命人把铁折成三四尺长，用大锺锺打铁，一下去，能贯穿三四人。北魏士卒招架不住，一时间全都四处溃散，争相逃命，阵亡将士的尸体堆积成山。东晋军在战阵中斩杀了北魏冀州刺史阿薄干，北魏军败退，逃回畔城。朱超石率领宁朔将军胡藩、宁远将军刘荣祖乘胜追击，又一次大破北魏军，斩杀和俘虏敌人数以千计。北魏国主拓跋嗣听到报告，才后悔没有采用崔浩的建议。
后秦鲁公姚绍派长史姚洽、宁朔将军安鸾、护军姚墨蠡、河东太守唐小方，率领二千人驻军黄河北岸的九原，依据黄河天险，打算切断檀道济军队的粮草供应。东晋建武将军沈林子阻击后秦军，大败敌人，斩杀了姚洽、姚墨蠡和唐小方，这支后秦部队被杀被俘几乎全军覆灭。于是，沈林子奏报太尉刘裕说：“姚绍的威名，遍扬关中，但如今在外，他的大军遭到多次失败；在内，他的国家又危机四伏，恐怕他的寿命提前结束，等不到让我们用利斧来斩杀他了。”姚绍听说姚洽等人战败身死，又伤心又愤怒，得了重病，吐血不止，把兵权交给东平公姚赞，便死去了。姚代替姚绍之后，后秦的兵势仍很强盛，姚赞领兵袭击沈林子，沈林子又一次打败后秦军。
东晋太尉刘裕抵达洛阳，巡视东晋军队的城堡工事，嘉奖毛之整理修护的功劳，赐给毛之许多衣服珍宝，价值高达二千万。
五月，乙未（二十四日），东晋齐郡太守王懿投降了北魏，他上书北魏朝廷说：“刘裕现在洛阳，应该迅速发兵切断他的归路，可以不战而胜。”北魏国主拓跋嗣表示赞许。
东晋太尉刘裕抵达乡。沈田子等将领准备进攻柳。后秦国主姚泓打算亲自统兵出征，抵御刘裕的大军，又害怕沈田子等人突袭他的后方，就想先消灭沈田子等人，然后出动全国的兵力向东攻打刘裕。于是，姚泓率领步、骑兵数万人，突然抵达青泥。沈田子这支部队，本来就是为迷惑敌人布置的疑兵，一共才一千多人。沈田子听说姚泓亲征，打算迎战，建威将军傅弘之认为敌众我寡无法抵敌，从而劝止他。沈田子说：“用兵贵在出奇制胜，不一定在人数多。况且如今敌我寡众悬殊，看形势不能并存。如果等到敌人集结的阵势稳固，我们就会无处可逃。不如乘他们刚刚到达，营地和战阵都没有建立，我们主动挑战，定能成功。”于是，沈田子率领他的部众首先出动，傅弘之作为后继援军紧跟。后秦兵把这支东晋军重重包围。沈田子安抚激励士卒们说：“各位不畏艰险、远道而来，就是为了像今天这样的会战，生死对决，封侯升官的大业就在这里了！”士卒们大声疾呼，跃跃欲试，手执短兵器奋勇杀敌。后秦军大败，被斩杀共一万多人，缴获姚泓的御车御衣，以及王家专用的器物。姚泓逃回灞上。
当初，刘裕认为沈田子兵员太少，就派沈林子率兵从秦岭赶赴救助。等他们到达青泥，后秦军已经失败，于是沈林子与沈田子合兵追击敌人，关中郡县很多向沈田子暗中投降。
辛丑（初二），东晋太尉刘裕抵达潼关，他任命朱超石为河东太守，命他与振武将军徐猗之在河北与薛帛会师，共同进攻蒲阪。后秦平原公姚璞与姚和都迎击东晋军，徐猗之战败身亡，朱超石逃回潼关。后秦东平公姚，派司马国率领北魏军队尾随刘裕大军之后。
东晋龙骧将军王镇恶，请求率水军从黄河开进渭水，然后直趋长安，刘裕应允。后秦恢武将军姚难，从香城率军向西退却，王镇恶挥师追击。后秦国主姚泓从灞上率军返回，屯驻石桥 ，准备援救姚难。后秦镇北将军姚强与姚难会师，屯兵泾水岸边，抵抗王镇恶的追击。王镇恶命毛德祖进攻，大破后秦军，姚强战死，姚难逃回长安。
后秦东平公姚退守郑城，东晋太尉刘裕进逼城下。姚泓命姚丕守住渭桥，胡翼度屯驻石积，东平公姚驻守灞东。姚泓自己则驻守逍遥园。
王镇恶率水军在渭水中逆流而上，乘坐蒙冲小舰，划桨的士卒都在船内。后秦人看到战舰行进却没有划船的人，都惊奇地以为神仙下凡。壬戌（二十三日）凌晨，王镇恶军抵达渭桥，命令战士们吃饱喝足以后，全部手持兵器登岸，最后登陆的人斩首。士卒们登陆完毕，渭水流急，东晋的战舰随波东下，倏忽之间，不见踪影。当时姚泓统率的军队还有几万人。王镇恶向士卒们宣告说：“我们的亲人和家园都在江南，这里是长安北门，离故乡有万里之遥。现在，战船、衣服、粮食都随波飘走，今天我们进攻，战胜可以建功立名；失败，我们的尸骨都回不了家，没有第三条路可走。你们大家共勉吧！”于是，王镇恶身先士卒，冲在最前面，士卒们士气高涨，踊跃奋击，在渭桥大败后秦姚丕的军队。姚泓率兵救援，却被姚丕的败兵冲击践踏，不战自溃。姚谌等人全都战死，姚泓单人匹马逃回皇宫。王镇恶从长安的平朔门进城，姚泓和姚裕等率几百名骑兵逃奔石桥。东平公姚绍听说姚泓战败，急忙率军赴难救援，可是，后秦军心大乱，士卒们四处逃散。胡翼度向东晋太尉刘裕投降。
姚泓打算出城投降，他的儿子姚佛念，年仅十一岁，对姚泓说：“晋人势必要在我们身上满足欲望，即使投降也难免一死，不如自杀。”姚泓心里痛楚，没有回答。姚佛念自己登上宫墙，投下摔死。癸亥（二十四日），姚泓携妻子儿女、文武百官，前往王镇恶的大营投降，王镇恶把他们交给下属官吏关押。长安城中的汉族人和夷族人共有六万多户，王镇恶宣扬东晋的恩德，加以安抚，号令严明，百姓安居乐业。
九月，太尉刘裕抵达长安，王镇恶在灞上迎接。刘裕慰劳他说：“是你帮助我完成了霸业！”王镇恶再拜谦让说：“全仰赖您的英明指挥和威望，各位将领的努力，我有什么功劳！”刘裕笑着说：“你难道要学习冯异吗？”其实，王镇恶一向贪财好利，后秦府库仓储十分丰富，王镇恶私自盗取的财物，不计其数，刘裕因为他的功劳很大，所以不予过问。有人向刘裕诬陷王镇恶说：“王镇恶私藏姚泓的御用辇车，可能会叛变。”刘裕派人侦察。原来，王镇恶剔取了辇车上的金银珠饰，然后把辇车抛弃到城墙外面。刘裕这才安心。
刘裕下令没收后秦的宗室祭祀用具彝器、浑天仪、测日仪器土圭、计程用的记里鼓、指南车等，送往建康。其余金银玉石、绫罗绸缎、稀世珍宝都赏赐给将士。后秦平原公姚璞、并州刺史尹昭，献出了蒲阪城投降；东平公姚绍率领皇室一百多人，前往刘裕的大营投降，刘裕把他们全部杀死。然后把姚泓送到建康，绑到市井刑场斩首。
刘裕任命薛辩为平阳太守，令他镇守和保卫东晋北部边防。
刘裕提议迁都洛阳。谘议参军王仲德说：“不寻常的事，本来不是寻常人所能接受，一旦迁都，必然引起举国惊骇骚动。如今军队在外作战已久，人心思归，迁都的计划，不能提出讨论。”刘裕才作罢。
当初，夏王赫连勃勃听说刘裕讨伐后秦，对文武百官说：“姚泓不是刘裕的对手。而且他的兄弟们纷纷背叛，怎么还能抗拒别人？刘裕定能夺取关中。可是，刘裕自己也不会长久留在关中，最后还得回到江南，留下子弟和一些战将守卫在那里。那时，我再去夺取关中，就像拾一根草叶一样容易。”于是，他秣马厉兵，让士卒充分休息，加以训练。然后，赫连勃勃兵进攻占据了安定。后秦岭北各郡县、军事重镇、戍所纷纷投降了夏国。刘裕派人出使夏国，致信给赫连勃勃，相约结为兄弟之国。赫连勃勃命中书侍郎皇甫徽代写一封回信，暗地里背诵下来，然后当着刘裕使臣的面，口授舍人命他照写。刘裕看到后，叹息说：“我比不上他！”
东晋广州刺史谢欣去世。东海人徐道期召集部众，攻克州城番禺，进攻始兴，始兴相、彭城人刘谦之讨伐徐道期，徐道期被杀。东晋朝廷下诏任命刘谦之为广州刺史。
癸酉（初四），先后从东晋流亡后秦的司马休之、司马文思、司马国、司马道赐、鲁轨、韩延之、刁雍、王慧龙，以及桓温的孙子桓道度、桓道子、族人桓谧、桓、陈郡人袁式等，全都投降了北魏司徒长孙嵩。后秦匈奴堡守将姚成都与他的弟弟姚和都，举献城池，投降了北魏。北魏国主拓跋嗣下诏，声称民间百姓凡是救出姚氏子弟送到平城的人，重重有赏。冬季，十月，己酉（十一日），拓跋嗣征召长孙嵩等班师回朝。不久，司马休之死在北魏。北魏朝廷赐封司马国为淮南公、司马道赐为池阳子、鲁轨为襄阳公。刁雍上书请求到南部边疆，报效北魏，拓跋嗣任命刁雍为建义将军。刁雍在黄河、济水之间集结部队，骚扰东晋所属的徐州、兖州；太尉刘裕出兵讨伐，不能攻克。刁雍进驻固山，手下兵员达二万人。
东晋安帝司马德宗下诏封宋公刘裕为宋王，采邑增加十个郡，刘裕辞让，没有接受。
辛未（初三），东晋左仆射、军司刘穆之去世。太尉刘裕听说后，一连几天震惊悲痛，不胜哀惋。当初，刘裕打算留在长安，继续征服西北，但是，东晋的各位将领都因长期征战，思念故土，大多数都不愿再留。正巧，刘穆之去世，刘裕鉴于朝中没有可以托付的人，才决定东返。
刘穆之去世之后，东晋朝廷不胜惶恐，打算颁下诏书，任命太尉左司马徐羡之代替刘穆之的职位。中军谘议参军张邵说：“现在情势确实危急，看来最终还要委任徐羡之。然而，世子刘义符还没有决定一方的权力，应该询问刘裕。”刘裕又想让王弘代替刘穆之，从事中郎谢晦说：“王弘轻率简单，不如徐羡之。”于是刘裕才决定任命徐羡之为吏部尚书、建威将军、丹杨尹，代管留任的事务。从此，过去朝廷中由刘穆之决定的大事，现在都送到北方，由刘裕亲自决定。
关中人一向看重王猛的威名，刘裕攻克长安，王镇恶的功劳最大，所以南方的将领都忌恨王镇恶。沈田子自以为柳大捷，功绩不凡，与王镇恶争功，心里十分不平。刘裕将回建康，沈田子和傅弘之多次对刘裕说：“王镇恶的老家在关中，不能完全信任他。”刘裕说：“现在，我留你们这些文武官员、将领和精锐士卒一万人，王镇恶如果图谋不轨，只能是自取灭亡。你们别再多说了。”刘裕私下对沈田子说：“钟会之所以没有作乱，是因为卫瓘的缘故。俗话说：‘猛兽不如群狐’，你们十多人，难道还惧怕王镇恶不成？”
臣司马光曰：古人有言道：“疑人不用，用人不疑。”刘裕既然委任王镇恶镇守关中，而又与沈田子说了后面那些话，是挑拨他们相斗为乱。太可惜了，百年之久的敌人，千里之广的疆土，取得不易，却因一时不慎而丢掉，使丰邑、京这些古都，又重新落入敌手。荀况说过：“兼并容易，凝结为一体就难了。”这话太对了！
三秦地区的父老，听说刘裕就要返回江南，都痛哭流涕地来到大营门前诉说：“我们这些残余的汉人，没有接受朝廷的教化，至今已有一百年之久，直到今天才看到汉民族衣冠装束，人人都互相庆贺。长安十陵是你们刘家的坟墓，咸阳宫殿是你们刘家的住宅，你放弃它们想要去哪里！”刘裕也很伤感，安慰他们说：“我接受朝廷的命令，不敢擅自停留。感谢诸位怀念故国的诚意，现在留下我的次子与文武贤才共同镇守这里，希望你们和好共处。”十二月，庚子（初三），刘裕从长安出发，自洛水进入黄河，开掘汴渠东返。
夏王赫连勃勃，听说东晋太尉刘裕返回江南，大喜，向王买德询问说：“我打算夺取关中，你说说你的方法策略。”王买德说：“关中的地理位置十分重要，而刘裕却叫他的幼子镇守，自己则狼狈而回，正打算快点办完篡夺帝位的事，没时间再把中原这块地盘放在心上。这是上天把关中赏赐给我们，不能错过这个机会。青泥、上洛，是南北的险要重镇，应该先派出游击部队，切断他们的补给和退路，然后在东部阻住潼关，切断他们与本国的水陆通道。然后向三辅地区发布檄文，恩威并施。这样，刘义真就等于掉进了网篓之中，不用费劲就可以生擒。”于是，赫连勃勃任命他的儿子、抚军大将军赫连为都督前锋诸军事，率领骑兵二万人直奔长安。命前将军赫连昌屯驻潼关；任命王买德为抚军右长史，屯驻青泥；赫连勃勃本人则亲自统率大军尾随在后。
夏国抚军大将军赫连率军开到渭阳，关中前来投降的百姓，在道上前后相连。东晋龙骧将军沈田子，率军迎战，害怕夏军人多势众，退守刘回堡。然后派人立即回去向王镇恶报告。王镇恶对王修说：“刘公把十岁小儿托付给我们，我们应该同心协力。沈田子拥兵众多，却迟迟不进攻，敌人怎么会击退！”使节回去，把这些话报告给沈田子。沈田子与王镇恶平时就有互不相容心思，现在更是又愤又惧。不久，沈田子和王镇恶同时出军北地，抵抗夏兵的进攻。东晋军中传言：“王镇恶打算全部杀掉南方人，然后派几十人把刘义真送回江南，自己占据关中，背叛朝廷。”辛亥（十五日），沈田子请王镇恶来到傅弘之的大营商讨战事。沈田子请求屏退左右侍从密谈，然后命他的族人沈敬仁，在虎帐下将王镇恶斩杀，声称是奉太尉刘裕的旨意行事。傅弘之急忙跑去报告刘义真，刘义真和王修全副武装登上横门，观察局势的变化。不久，沈田子率领几十人赶来，声称王镇恶谋反。王修逮捕沈田子，历数他擅自杀戮的罪行，将他斩首。然后命令冠军将军毛之代替王镇恶为安西司马。傅弘之在池阳大破赫连，在寡妇渡再一次大败夏军，斩杀和俘虏夏军士卒很多，夏军撤退。
壬戌（二十六日），东晋太尉刘裕抵达彭城，解除戒严。琅邪王司马德文提前返回建康。
刘裕听到王镇恶的死讯，上疏东晋安帝司马德宗说：“沈田子忽然发狂，杀害忠良功臣。”东晋朝廷追赠王镇恶为左将军、青州刺史。
东晋朝廷任命彭城内史刘遵考为并州刺史、兼任河东太守，镇守蒲阪；征召荆州刺史刘道怜为徐州、兖州二州刺史。
刘裕打算派世子刘义符镇守荆州，以徐州刺史刘义隆为司州刺史，镇守洛阳。中军谘议张邵劝阻说：“世子是储君，维系四海人心，不能派到外地驻守。”于是，刘裕改派刘义隆为都督荆州、益州、宁州、雍州、梁州、秦州六州诸军事，兼任西中郎将、荆州刺史。又任命南郡太守到彦之为南蛮校尉；张邵为司马，兼任南郡相；冠军功曹王昙首为长史；北徐州从事王华为西中郎主簿；沈林子为西中郎参军。刘义隆年纪尚小，府中大小事务都由张邵决定。王昙首，是王弘的弟弟。刘裕对刘义隆说：“王昙首沉着坚毅，有器度，是宰相之才，你每件事都要征求他的意见。”
东晋朝廷任命南郡公刘义庆为豫州刺史。刘义庆是刘道怜的儿子。
东晋朝廷解除刘裕司州刺史职务，任命他兼徐、冀二州刺史。
东晋雍州、东秦州二州刺史刘义真，年纪还小，随意赏赐左右侍从，没有节制。长史王修常常限制他。于是，刘义真左右侍从都怨恨王修，在刘义真面前陷害王修，说：“王镇恶打算叛变，所以沈田子杀了他。王修杀死沈田子，这样也是打算造反呀。”刘义真信以为真，派亲信刘乞等杀死了王修。
王修一死，人心惧怕离散，各自为政，无法统一。刘义真把驻防在外地的军队全部调入长安，关闭城门自守。关中的各个郡县全都投降了夏国。赫连在夜间突袭长安，不能攻克。夏王赫连勃勃进兵占据了咸阳，长安的砍柴的路被切断。
东晋宋公刘裕听说这种情况后，派辅国将军蒯恩前往长安，征召刘义真回到江南；任命相国右司马朱龄石为都督关中诸军事、右将军、雍州刺史，代替刘义真镇守长安。刘裕对朱龄石说：“你到了那里，可以命令刘义真轻装疾速前进。等出了潼关，才可以放慢脚步。如果关右确实难以驻守，你可以与刘义真一道回来。”随后，刘裕又命中书侍郎朱超石慰劳黄河、洛水一带的军民，安定人心。
十一月，朱龄石抵达长安。刘义真手下的将士贪婪放纵，在长安周围大肆掠夺以后才准备返回江南。刘义真的车辆上，都装满了金银财宝、子女，然后两车并进，缓慢向东撤退。东晋雍州别驾韦华逃奔夏国。夏国大将赫连率领三万人追击刘义真。东晋建威将军傅弘之对刘义真说：“宋公让你疾速前进，而现在你带这么多辎重，一日走不出十里，敌人的骑兵马上就要追到，你该怎么办？应该放弃车辆，轻装前进，才有可能幸免。”刘义真没有听从。不久，夏国的大军追到，傅弘之、蒯恩在后面掩护，奋力拚战，连续几天不能休息。在青泥，东晋军大败，傅弘之、蒯恩都被王买德生擒。司马毛之与刘义真走散，也被夏军擒获。刘义真在最前面奔逃，正巧夜色降临，夏兵没有继续追赶，所以才幸免于难。刘义真的左右亲兵都被夏兵冲散，他一个人藏在草丛中。东晋中兵参军段宏，单枪匹马追踪找寻，一道呼叫刘义真。刘义真听出是他的声音，才跑出来，说：“你是不是段中兵？我在这儿呢，咱们走吧！你保护我上路一定不能两全，如果情势危急，可以割下我的头，带回南方，叫我的父亲不再想念我。”段宏哭着说：“我们要生死与共，下官不忍心那样做。”于是，段宏把刘义真绑在自己的背上，两人乘一匹马逃回。刘义真对段宏说：“今天发生的事情，实在由于少谋失算，然而大丈夫不经这次大难，怎么知道事情的艰难。”
东晋龙骧将军王敬先驻守在曹公垒，朱龄石前往投奔。朱超石抵达蒲阪，得知朱龄石在曹公堡，也投奔到那里。夏国前将军赫连昌进攻王敬先的堡垒，切断堡中的水源，东晋士卒干渴乏力不能战斗，城池将被攻克时，朱龄石对朱超石说：“我们兄弟俩都死在异城他乡，父母亲会何等伤心！你快从小路逃走，我死在这里，也就没有遗恨了。”朱超石握着哥哥的手说：“谁能不死，我怎么忍心在这个时候与你辞别而去！”于是，兄弟二人与王敬先，以及右军参军刘钦之都被俘虏，押送到长安。赫连勃勃杀害了他们。刘钦之的弟弟刘秀之不胜悲哀，十年间不曾欢歌宴饮。刘钦之，是刘穆之的堂侄。
东晋宋公刘裕听说晋军在青泥大败的消息，不知刘义真生死存亡，大怒，约定日期，准备北伐。侍中谢晦劝阻刘裕，认为“如今干卒疲劳不堪，难以作战，请等来年再说。”刘裕没有采纳。郑鲜之上疏，认为“敌人如果听说殿下亲自出征，一定会齐心合力固守潼关。如果直接进攻潼关，恐怕也不易攻克。如果殿下在洛阳停留，那样就更没有必要亲征了。现在敌人虽然志得意满，士气正旺，但还不敢乘胜打过陕城，这是因为他们还畏服您的威名，为将来留一条退路。我们如果推进到洛阳后就班师回朝，敌人看破我们的实力，一定产生测度之心，可能会加深边疆危机。何况大军远征，后患甚多。当年西征，刘钟十分狼狈；去年北伐，广州一度陷落。以往的经验，是将来的借鉴。如今境内各州县发生水灾，饥馑频频发生，三吴地区盗匪遍地，攻克各县，都是因为苦于出征服役的缘故。江南的士大夫和老百姓，都伸长脖子盼望您的归来。忽然听说您又要北伐，都不了解其中的真实情况和大军班师的日期，臣担忧心腹之地发生异变成为后顾之忧。殿下如果担心西边的夏虏不断侵扰河洛地区，最好是与北方的魏国结盟。我们与魏国关系友好，黄河之南自然安定，黄河之南安定，济水、泗水流域也会平静了。”正巧，刘裕刚接到段宏的报告，得知刘义真已经幸免，刘裕才放弃西征的计划。只不过登上城楼向西眺望，都禁不住感慨流涕。于是，下令把刘义真贬降为建威将军、司州刺史；任命段宏为宋台黄门郎，兼领太子右卫率。刘裕还任命天水太守毛德祖为河东太守，代替刘遵考镇守蒲阪。