康熙皇帝雄才大略，勤勉为政，国力日益壮大。但是到了晚年，他开始变得保守，放宽了对贪官污吏的处罚力度。由于康熙晚年的放纵，吏治逐渐变坏，百姓也出现了反抗的情绪。非但如此，就是在朝廷内部的斗争也日趋白热化，最为突出的是“立储”一事。康熙皇帝拥有众多的嫔妃，自然子女也非常多，单皇子就有35位，本是皇族兴旺的标志，但在康熙那里却成了难题，并为此心力交瘁。
康熙十四年（1675年），21岁的康熙采取嫡长子为皇位继承人的制度，将皇后赫舍里氏所生的仅1岁的儿子胤礽立为太子，并在当年十二月举行了隆重的立储大典。在胤礽的成长过程中，康熙派专人教他学文习武，年龄稍大后，康熙又让他协助处理政务，他的心愿就是将太子培养成为理想的君主。胤礽不负所望，勤奋好学，能文能武，唯一的缺点就是养成了骄纵的性格。
康熙四十二年（1703年），依附于胤礽的元老重臣索额图因“结党”被幽禁。康熙不满胤礽的所作所为，在去木兰围场秋猎的途中，宣布废掉太子胤礽，但康熙却为此事连续六个昼夜无法安睡。当时，各个皇子都已成年，各自结交权贵，壮大自己的势力，觊觎皇位。其中，皇八子胤禩的实力最强，胤禩密授拥护自己人推荐自己为太子，康熙知道后，严厉训斥举荐人。胤禩怕康熙再立胤礽为太子，便想方设法谋害胤礽。康熙知道后，想亲手杀了胤禩，由于皇五子胤祺苦苦哀求，父子相残的悲剧才没有发生。但胤禩却因此丢掉贝勒的封号。后来，皇长子胤禔用巫术诅咒胤礽，事情败露后，被康熙一怒之下革去王爵，终身监禁。参与这场斗争中的其他皇子也都受到了相应的惩处。康熙在这种复杂的局面下，难以决断。
康熙四十九年（1710年）三月，康熙对自己仓促废掉太子一事有些后悔，同时认为胤礽有悔过的表现。也想断绝诸子争立的念头，于是对胤礽提出忠告后，又将胤礽复立为太子。他本来是想平息争储的争端，但事与愿违，形势反而更加严峻。胤礽为保住储君位置，再次网罗党羽，扩充实力。康熙看在眼里，经深思熟虑，于康熙五十一年（1712年），再次废黜胤礽。
此时，年近花甲的康熙由于多年的操劳，体质越来越差，但他却不允许朝臣议论立储之事。而是准备在临终前传位遗诏，暗立传人。他暗中观察诸位皇子，以备候选人。
康熙六十一年（1722年）十一月初八，康熙身染重病，还发了高烧。经过太医的诊治，有所好转，于是到畅春园静养。十一月十三丑时，康熙病情突然恶化，他急命皇四子胤禛速来畅春园。寅时又召皇三子胤祉、皇七子胤祐、皇八子胤禩、皇九子胤禟、皇十子胤䄉、皇十二子胤祹、皇十三子胤祥和理藩院尚书、步军统领隆科多至榻前，宣布：“皇四子胤禛，人品贵重，深肖朕躬，必能克承大统，著继朕登极，即皇帝位。”戌时，康熙皇帝停止了呼吸，享年69岁，在位61年，是中国历史上在位时间最长的皇帝。
康熙皇帝驾崩后，葬于景陵，庙号圣祖。他8岁登基，在位六十一年来，为政勤勉、外御侵略、内平叛乱，重农桑，整吏制，兴文化。他和他的儿子雍正皇帝、孙子乾隆皇帝，三位皇帝在位期间，文治武功均为极盛，史称“康乾盛世”，是中国古代最后的辉煌！