嗨，小伙伴们大家好啊！新的一周继续给大家介绍肠道微生物相关数据库。前面的学习带大家了解肠道微生物与疾病、药物、宿主免疫和遗传相关性信息，这周介绍的是gutMGene数据库，提供肠道菌群及其代谢产物与宿主基因相关性信息，期望能够帮助到相关研究领域感兴趣的小伙伴，一起来看看吧~！
▌期刊信息
▌数据库概览
gutMGene数据库（http://bio-annotation.cn/gutmgene/home.dhtml）由哈尔滨医科大学团队于2022年1月发布在Nucleic Acids Res杂志，当前版本gutMGene数据库收录两个物种的肠道微生物及其代谢产物和宿主基因相关性信息，其中包括基于文献报道的人类332种肠道微生物、207种微生物代谢物和223 种基因之间1331个相关关系，以及小鼠209种肠道微生物、149种微生物代谢物和544种基因之间2349种相关关系。
gutMGene数据库界面较友好，提供肠道微生物及其代谢产物和宿主基因相关性信息检索和浏览，为基于代谢组角度探讨肠道微生物调节宿主病理生理过程及机制相关研究提供极大便利。
▌数据库核心功能及操作演示
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Browse模块
Browse模块提供人类和小鼠肠道微生物、微生物代谢产物和宿主基因及其相关性信息，Introduction部分展示该模块使用方法。
以人类为例进行展示，点击左侧栏Human目录下GutMicrobiota，选择感兴趣的肠道微生物，比如Bacteroides，右侧表格提供Bacteroides代谢底物、代谢产物、代谢产物靶基因及调节关系、实验方法、PMID、网络关系和细节信息。
以来自文献（21889493）的信息为例，Bacteroides代谢熊果苷（Arbutin）的产物为对苯二酚（Hydroquinone），后者的靶基因为BCL2、BAX和CASP3，抑制BCL2而上调BAX和CASP3表达。点击Network展示“肠道微生物-代谢产物-靶基因”相关性网络，左上角可下载TXT格式文件，导入Cytoscape进行可视化。点击details查看细节信息。
点击左侧栏Human目录下Metabolite，选择感兴趣的代谢产物，比如Butyrate，以来自文献（23300800）的信息为例，Firmicutes代谢产生Butyrate，其靶基因为MAPK1、MAPK3和JUN等，上调其表达。点击Network展示“肠道微生物-代谢产物-靶基因”相关性网络，图片视觉效果较差，可左上角下载TXT文件，导入Cytoscape进行可视化。还可点击details查看细节信息。
点击左侧栏Human目录下Gene，选择感兴趣的基因，比如BCL2基因，表格内容基本与前述类似，不再赘述。
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Search模块
Search模块支持以感兴趣的微生物名称、代谢底物及产物和基因来检索人类和小鼠肠道微生物、微生物代谢产物和宿主基因相关性信息，右侧Introduction部分展示该模块使用方法。
以下分别以Bacteroides、Propionate和MAPK1为例，检索结果如下，表格内容基本与前述类似。
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数据下载与上传
Resource部分，用户可以下载人类、小鼠肠道微生物及其代谢产物和靶基因相关性信息和网络关系数据。Submit部分，用户还可以上传实验验证的个人数据。
总结
gutMGene数据库界面友好，提供人类和小鼠的肠道微生物及其代谢产物与宿主基因相关性信息检索和浏览，为基于代谢组角度探讨肠道微生物调节宿主病理生理过程及机制相关研究提供极大便利。
以上就是gutMGene数据库全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！
Cheng L, Qi C, Yang H, Lu M, Cai Y, Fu T, Ren J, Jin Q, Zhang X. gutMGene: a comprehensive database for target genes of gut microbes and microbial metabolites. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D795-D800. doi: 10.1093/nar/gkab786. PMID: 34500458; PMCID: PMC8728193.