一、材质不同
医用棉签需要根据国家标准及医药行业标准要求制作，医用棉签一般采用医用脱脂棉和天然桦木制成，对产品质量要求较高，必须是灭菌级别，拆开即用。
普通棉签一般使用棉花或者海绵制作，一般是非灭菌产品。
医用棉签
二、用途不同
医用棉签必须经过消毒，接触人体无刺激，吸水性良好，主要用于消毒、伤口处理。
普通棉签用途广泛，要求较低、制作成本也低，但不能用于处理伤口。
三、储存条件不同
医用棉签必须保存在干燥、通风效果良好、无腐蚀性的室内，不能高温，相对湿度不能超过80%。
普通棉签基本没什么要求，只要是防尘防水即可，当然也尽量避免接触灰尘，密封保存。
四、使用时效
医用棉签保质期为两年，但是经过灭菌的医用棉签一旦打开，使用时间不应超过24小时，超过24小时即便是无菌棉签也会认定为“有菌棉签”。
普通棉签仅限用于非无菌操作，不能直接接触与伤口，只要保存良好通风干燥，能延长其使用时效。