1900年8月14日，在八国联军围攻下，北京失陷。甘军坚守北京城26天，在北京沦陷后才撤离。马福祥带着队伍退出来，看着洋人的军队进入京城，一时不知该去向何方。
这个时候，皇室逃匿，慈禧太后裹挟着光绪帝仓皇逃离皇宫，一路向西逃跑。而自家宗亲兄弟死伤众多，马福祥觉得也无颜再回河州老家。面对巨大的社会变革和政治变局，年轻的清朝低级军官马福祥茫然了。
清朝末期的马福祥
这时马福祥遇到了他生命中的贵人，一名从京城里逃难出来的落魄官员。因为同是天涯沦落人，都是落难的官员，又见其人谈吐不凡，马福祥就给他找了一辆马车。此人感动之余询问马福祥有什么打算，看他也是茫然，就劝马福祥：“皇室西去不远，你我应当追随慈禧太后，护送皇室前往西安躲避，寻机建功立业。”
一句话点醒梦中人。马福祥恍然大悟，立即和这个人一起，去追赶逃难的皇室。
此人名叫岑春煊，是个不简单的人物。他父亲曾任云贵总督，他本人先后担任过陕西巡抚、陕西巡抚、四川总督、两广总督等等，当的都是大官。他还倡导废除科举，上书立宪，是晚清政坛的风云人物。此后，马福祥和岑春煊建立了良好的关系，在他的点拨之下，马福祥的命运有了转变。
马福祥在怀来追上了慈禧太后。果然，虽然他还只是一个寂寂无名的低级军官，但也立即受到慈禧太后和光绪皇帝的召见。董福祥在旁边介绍：马福祥家族上百人战死正阳门，阵亡的马福禄正是他的哥哥。慈禧太后安慰一番后，命马福祥陪伴皇室，随行护驾。
一路上马福祥竭力侍奉，护驾十分精心。过霍州韩信关的时候，道路险绝，他亲自手扶着銮驾，徒步而行，虽然骄阳照射，他竟然丝毫不觉得劳累。
走到临潼，要过黄河风陵渡口，时值秋水新涨，浊浪如山，慈禧和光绪看了一眼，脸色就都变了。慈禧看着船小水急，惊恐不已，迟迟不敢上船，只好在风陵渡渡口驻扎下来。马福祥上前自告奋勇，部下多有在老家河州自幼驾驶羊皮筏子的水手，熟悉水性，可以保证老佛爷安全过河。得到首肯后，他便扎好十多张硕大的羊皮筏子，精选熟悉水性的精壮士卒一百多人，代替船夫操控“龙舟”，护卫“两宫”安全平稳地渡过黄河。慈禧很高兴，当时赏银二十两，银牌百面，马福祥因此深得慈禧的信任。
慈禧宠信宦官小德张（张祥斋）回忆说，马福祥“对老祖宗的护驾那真是尽心尽力”。马福祥看到小德张颇受慈禧宠信，便多方照顾，着意结交，到了西安以后甚至每天亲自张罗探查小德张睡觉的被子。后来他们二人与张勋、冯国璋四人一起结为金兰，为马家日后飞黄腾达打下了基础。
到西安后，慈禧将巡抚衙门作为行宫。马福祥受到垂青，因为在北京有战功，沿途护卫又能够勤谨服侍，被任命为参将加副将衔。他的部队经过补充，改编为“志胜军”。“志胜军”相当于御林军，以保卫皇室安全为主要职责。年轻的马福祥喜忧参半，在家族付出巨大牺牲后，终于来到最高统治者身边，平步青云的仕途梦想似乎触手可及。
马福祥率部日夜警卫，尽心尽力。一天夜里，寿司房失火，火光熊熊，光绪皇帝慌忙跑到慈禧太后宫中避难。马福祥率领卫兵全力扑救，及时扑灭了大火，得到慈禧太后的赞赏。自此以后，马福祥经常受到慈禧太后和光绪皇帝的赏赐，克食、袍褂料、银物福字、羊只，不以次计。
马福祥受到了当朝皇室的青睐和倚重。因为马福祥读书多，身为武将却儒雅温和，特别是受到慈禧太后的喜爱。他自己写诗说：“不时召见天颜喜，衣袖长沾御案香”，慈禧太后经常会召马福祥陪着练书法，画牡丹，还表扬马福祥：“你一个回民，把一笔虎写得这么漂亮，真是难得。”据说，这是慈禧太后在行宫中排遣苦闷心情的主要方式。大太监小德张也十分艳羡慈禧太后对马福祥的抬爱，感慨说“福祥贤弟，你和老佛爷的情谊若是放在了那太平日月，你的前途可真是无法限量啊。”
这时，甘军首领董福祥却被罢官免职。
当时形势发生了变化。1901年10月，辛丑和议告成，奕劻、李鸿章与八国联军签订了屈辱的《辛丑条约》，其中第一款就是惩办得罪帝国主义的官员，董福祥是洋人指名要处决的要犯之一。奕劻、李鸿章给慈禧的电报中说：“伊等谓庄王、董福祥穷凶恶极，非杀不可。”慈禧不敢违逆，遵从洋大人的命令，结果庄亲王载勋、山东巡抚毓贤、刑部尚书赵舒翘等一批高级官吏都送了命，还有一些人被监禁和流放。
而董福祥只是得到“格外从宽，着即革职”的处分，只是被罢官免职，董福祥还是幸运的。
同时朝廷又密谕董福祥：“尔忠勇性成，英姿天挺，削平大难，功在西陲。近以国步艰难，事多掣肘，朝廷不得已之苦衷，谅尔自能曲体”。一番甜言蜜语，肯定了董福祥的功绩，让他体谅朝廷的苦衷，打发他回到宁夏灵州，“治塞上名田”，做了一个称霸一方的富家翁。
董福祥为什么能保住性命？慈禧的一道密谕中道明了其中奥秘：“董福祥一人不足虑，而两省愚民悍卒罔顾大局，深恐一时哄动，骤成巨祸。”慈禧还是害怕西北百姓造反，所以留下了董福祥，以待后用。而且董福祥余部尚众，大都是造反出身，骤然惩处董福祥，慈禧担心会激起事变。
马福祥等人没有受到洋人指名惩办，又得到慈禧的赏识，自然平安无事。董福祥解职后，甘军裁减为八营，其中五营归陕甘总督统领，驻扎甘肃。从此，马福祥脱离董福祥的甘军，走上独立发展的道路。
马福祥部队的骑兵在练习劈杀
1901年10月，清政府和洋人和议告成，“两宫”返京，马福祥率部护行。走到直隶丘县，因西方列强不许甘军旧部进京，慈禧太后和光绪皇帝在正定行宫召见了马福祥等人，令他们返防。
马福祥率部返回甘肃。在以后的日子里他会不断地得到提升。光绪二十八年升任甘肃靖远协台、陕甘督标中协副将。光绪三十一年，任西宁镇总兵，兼统西宁续备马步各旗，进入清军高级将领行列。之后他又兼任了阿尔泰护军使。宣统元年又兼代巴里坤镇总兵。
1909年，陕甘总督允升实行新军编制，将甘肃军队编为马步四标，步兵第二标由西宁镇、河州镇和固原提督所属部队改编而成，马福祥为标统，统领步兵第二标。到冬天，长庚接任陕甘总督，又将甘肃马步四标改为巡防队，马福祥任西路巡防统领。
就在马福祥稳步发展仕途看好的时候，推倒大清王朝的辛亥革命爆发，武昌起义得到全国响应。
1911年10月22日，陕西张凤翙在西安起义，杀死清朝将军和副都统，成立军政府，影响波及甘肃、宁夏、青海、新疆。陕甘总督长庚与陕西巡抚升允急忙整顿、扩充甘肃军队，准备东征镇压革命起义的军队。马福祥也受命招募十营兵力，所部改为昭武军，参加东征。
陕甘总督长庚打算让马福祥担任攻陕先锋。
马福祥却以他父亲马千龄于去年八月刚去世要服丧为理由，托辞“服制未除，呈请终丧”，不肯前往。马福祥主动放弃这样一个良好的发展机遇，是因为他不同于其他将领，读了不少书。他看到全国各地响应武昌起义，感觉清王朝气数已尽，“度专制必不久，共和必告成”，因此一面借机扩充实力，一面保持观望态度。
长庚和允升只好令他守卫兰州，改任马安良为前锋。
在清军攻打宁夏围攻陕西的过程中，马福祥忽然收到了秦州（今天水）清军统领黄钺的一封信，信中说秦州已经和川陕革命军政府联络，决定起义，劝马福祥在此鼎新革旧之际，不要模棱两可保持观望，应该率部南下与即将成立的秦州军政府联成一体。
黄钺曾留学日本，加入了同盟会，与黄兴关系密切。他回国后积极宣传革命，看到西北地区封建势力顽固，更需要开展革命活动，因长庚与其父有旧交，便奔赴甘肃。他先劝长庚审时度势，不要举兵攻陕。长庚不为所动，黄钺只好请兵驻守秦州，名为阻挡陕军进犯甘肃，实则为了牵制马安良等人进攻陕西。面对当时的形势，他认为只有率秦州驻军起义，才能扭转局势，实现共和。但他军力单薄，便四处寻求支援。看到马福祥不肯前往绞杀西安革命，便给马福祥写了一封信，进行联络。
马福祥没有答复，保持沉默。
第二天，黄钺领导秦州起义，宣布独立，成立甘肃临时军政府。甘肃全省为之震动，陕甘总督长庚惊慌失措，立即调兵前往攻打，所调部队中，有马福祥所部马忠孝营。
第三天，也就是1912年3月12日，南北议和协议达成，清帝溥仪正式下诏退位。在甘肃，长庚和升允却不肯将诏书公布于众。
马福祥看出清廷大势已去，难以挽回，便去找长庚商量，探查他对今后局势的态度。长庚萎靡不振地躺在寝室里，哀叹清王朝已灭亡，自己已经无法左右甘肃政局。在马福祥等人的揭发和劝导下，长庚最终不得不将溥仪的退位诏书公布出来，并表示今后“地方的事，大家觉得怎样好，就怎么办好了，尽可由地方人自作主张。”将甘肃的事情交给甘肃人来处理。
当天长庚就将陕甘关防和王命旗十二面，交给代理布政使赵惟熙为首的一些地方封建官僚，不久后离开甘肃，取道宁夏去了北京。
退位诏书一公布，甘肃省上层人士立即酝酿拥戴共和之举。马福祥放弃观望，主动介入各派势力的调解，为共和而奔走呼号。甘肃布政使赵惟熙、省咨议局议长张林焱、昭武军统领马福祥和士绅王之佐、慕寿祺署名，向袁世凯北洋政府发出电报，公开表示拥护共和。
袁世凯政府随即任命赵惟熙为甘肃临时都督。马福祥和王之佐等人联络省内外甘籍人士，倡导组建甘肃省临时议会，推举李镜清为议长，包括自己在内的三十几个人为议员，主张承认共和。
紧接着便发生了赵惟熙与天水的黄钺起义日期之争。争论起义日期之先后，实质上是争夺甘肃全省统治权的斗争。双方纷纷向省内外发出电报，为自己辩护，甚至发展到拉开部队，形成武装对峙的局面，大战一触即发。
马福祥认为甘肃近来战乱不已，加之自然灾害严重，如今必须选择保境安民，消除遍地烽火之势。他主张和解，并愿意主动作为甘肃省方代表，到天水与黄钺的代表周昆谈判。临危受命，马福祥独自前往秦州，进行谈判。经过一番劝导，黄钺决定以大局为重，交出兵权，双方达成和平解决条款，随后秦州军政府宣布取消，黄钺也离开了甘肃。
袁世凯政府数次向马福祥发出任命。 先任命马福祥为阿尔泰护军使，但他不愿离开甘肃，没有到任。 后任命马福祥为西宁镇总兵，马福祥仍然没有就任。袁世凯政府再次任命马福祥为西宁镇总兵，兼署西宁办事大臣，却受到甘肃提督马安良的极力反对。
马安良掌握军权，左右甘肃政局。赵惟熙畏其势大，只好改任马福祥为宁夏总兵，并亲自上门宽慰马福祥:“你是清白、正直之士，国家贤能有用之才，不必与彼等相争，为避免事端，最好请你去宁夏， 因宁夏总兵张子克辞职， 而内蒙古发生独立运动， 请你到宁夏就近剿抚。 ”
便得到委派后，马福祥感觉甘肃也无法立足，便立刻前往银川赴任。
当时的宁夏道隶属甘肃省，为甘肃最富庶的地区，黄河穿流而过，形成黄河灌溉地区，素有“塞上江南”的美誉，古称“天下黄河富宁夏”，是一块美丽肥沃的地方。宁夏北出绥蒙，东接陕北，具有重要的战略地位，马福祥有了这块地方，为他立足和发展提供了重要条件。