1928年3月15日，西北军阀冯玉祥部下石友三围攻少林寺，纵火焚烧法堂，次日，又令军士焚烧天王殿、大雄宝殿、钟楼、鼓楼、六祖堂、龙王殿、紧那罗殿、阎王殿、库房、禅堂，200多僧众几乎被杀尽，一大批珍贵文物及5480卷藏经化为灰烬。至此，千载少林寺之精华，尽遭火龙浩劫。
冯玉祥、石友三为何要火烧少林寺？这事还得从少林寺为何有武僧说起。
少林寺创建于北魏太和十九年（公元495年）。当时的孝文帝元宏为了安顿来朝的印度僧人跋陀，因此在嵩山少室山建寺。
北魏孝明帝孝昌三年（公元527年），禅宗尊为西天二十八祖的菩提达摩来到少林寺，他广集信徒，传授禅宗，寺院的规模也逐渐扩大，僧侣日益增多，少林寺逐渐成为禅宗祖庭。
隋末群雄蜂起，拥有庞大寺产的少林寺成为山贼盗财目标，少林寺僧侣组织力量与山贼作战。唐初，少林寺十三棍僧因助唐有功，受到唐太宗的封赏，赐田千顷，水碾一具，参战僧人也各有封赐，并称少林僧人为僧兵，从此，少林寺名扬天下，被誉为天下第一名刹。
不过，关于十三棍僧救唐王的故事史料并未有记载，其最早见于民国初年梁启超为《中华新武术棍术科》一书所作的序，文中说：
“隋大业末，天下乱。流贼万人，将近少林寺。寺僧将散走。有老头陀短棍冲贼锋，当之者皆辟易，不敢入寺。乃选少壮僧百人授棍法。唐太宗李世民征王世充，用僧众以棍破之。叙其首功者十三人。”
此后姜容樵在《少林棍法》中也持此说，韩慕侠为之作序，也持这一说法。然而根据现存《秦王李世民告柏谷坞少林寺上座书》、《唐太宗赐少林寺教》、《皇唐嵩岳寺碑》等碑文，只有提到昙宗等13人擒王仁则的记载，并没有少林僧人用棍和救李世民的记载。而史籍中更没有唐宋时期少林僧人用棍习武的记载。
昙宗，隋末唐初少林寺僧人。在公元620年，唐朝秦王李世民攻打洛阳时，洛阳郑国皇帝王世充的侄子王仁则驻守在辕州，昙宗率领少林寺13武僧生擒王仁则，李世民派上柱国李安远到少林寺奉上《告柏谷坞少林寺上座书》。李世民要封十三僧为官，但昙宗等不愿为官，所以李世民就赐给少林寺田地四十顷，水碾一具。
明朝初期，官方并不崇尚武学，少林武术不见经传。嘉靖时期，日本倭寇袭扰中国沿海，大将军俞大猷、戚继光等率兵征讨。在闽期间，戚继光召集了全中国之武术家与当地少林僧人研究出一套对抗倭寇海盗之拳法及棍法。因僧侣抗倭有功，政府大规模修整寺院，少林寺还享有官府所赐予的免除粮差等特权。其后，少林僧人至少有六次被明朝政府征调，参与战事，并屡建功勋，所以朝廷又多次为少林寺树碑立坊修殿，而少林功夫在全国武术界的权威地位也得以确立。
民初战乱，少林寺屡遭战火之灾。1912年登封县僧会司僧会云松恒林和尚被地方士绅推举为少林保卫团团总，他购置枪械，组织保卫团，训练战技以维持当地秩序。1920年秋，劫匪四起，民不聊生，恒林率民团与土匪十战，环寺数十村得以安居乐业，但也由此种下了祸根。
冯玉祥、石友三为什么要屠灭少林寺呢?原因因很简单，因为少林寺的主持妙兴为了保护少林寺，并且保护一方平安，投靠了直系的吴佩孚，做了第一旅第一团团长。妙兴投靠北洋军阀，出任团长，参与征战，不但违背了佛寺清规，且引来了少林寺的劫难。
1928年三月，妙兴的上级樊钟秀乘冯玉祥的国民军后方空虚，夺占了巩县及偃师县，但不久被冯部将领石友三夺回。樊钟秀南撤，转攻登封县城，其司令部即设在少林寺内。石友三部向南追击，至辗辕关(十八盘)，少林寺僧助樊狙击，终不敌而溃。200多僧众也几乎被杀尽。三月十五日，石友三追至少林寺，遂纵火焚法堂。
次日，驻防登封的国民军(冯玉祥部)旅长苏明启，命军士抬煤油到寺中，将天王殿、大雄殿、紧那罗殿、六祖殿、阎王殿、龙王殿、钟鼓楼、香积厨、库房、东西禅堂、御座房等处，尽付一炬，以泄其愤。
至此，千载少林寺的历史建筑尽毁。
此后的少林寺当家和尚淳朴、贞绪等人，只在维系山门而已。直至1982年以后，少林寺得以重建才焕发出新的光彩。
史上著名的“三武一宗灭佛”中的几位皇帝结局都十分凄凉：北魏太武帝拓跋焘灭佛，拆除寺庙，焚烧佛经，捣毁佛像，坑杀僧尼，七年后被宦官宗爱谋杀，其父子都不得善终；北周武帝宇文邕毁佛寺经籍，强迫僧尼还俗，不久便身患恶疾，全身糜烂，死时年仅三十六岁，不到三年，国家也灭亡了；唐武宗李炎毁天下寺庙、灭佛，当年就因服食丹药过量中毒而亡，死时年仅三十二岁，而后黄巢又起兵反唐；后周世宗柴荣在灭佛后四年暴死，后周也很快被赵匡胤所灭。
而火烧少林寺的两个主谋最终也没能得到善终。
冯玉祥军旅一生，擅长见风使舵，八次临阵倒戈，故民间有“倒戈将军”之称；又因笃信基督教而被称为“基督将军”，多次利用宗教力量控制军队，且在中国各地展开大规模毁佛行动，是三武灭佛之后，中国近代最大规模的毁佛行动。1927年，笃信基督教的冯玉祥在河南废寺逐僧，将大相国寺改成市场。并发动全省毁佛运动，所有比丘、比丘尼一律驱逐。所有寺产没收，寺院改为学校，或作救济院、图书馆，或成为娱乐场所。继河南之后，直、鲁、秦等各行省，也都纷纷跟从，华北佛教因此几乎衰绝。1948年9月1日冯玉祥搭苏联轮船“胜利”号返国途中，船上失火，被烟熏窒息致死，时年65岁。也有人认为他是死于谋杀。
石友三，这个民国军阀中的第一“变色龙”，曾三度投冯玉祥又三次背叛冯玉祥，投阎反阎，投蒋反蒋，投张(张学良)反张，联共反共，抗日投日，毫无军人应有的气节，可谓无耻之极。因喜欢采用活埋等残酷的刑罚，故人称“石阎王”。1940年12月1日，石友三部下的新8军军长高树勋，遵照蒋介石的秘令并经过军统陈恭澍的组织，在濮阳对石友三发动兵变，逮捕了石友三。当天即将石友三处决，活埋在黄河边，死时50岁。