抗日战争爆发后，孙立人接到命令，率军参战，在一次战斗中，由于孙立人一直在前线指挥，一发炮弹落在附近，自己不幸被火炮炸伤，晕厥了三天。宋子文赶快把他送去了香港岛接受医治。负伤后的第二年，孙立人被提升到少将，出任税警总队大队长，带领军队前去贵州省驻扎。两年后，孙立人的军队重组为新第38师，变成我国军队中最卓越部队的之一，此后他率部队入缅作战，是抗战中消灭小鬼子最多的军级将领，为抗日作出了巨大的贡献。
1955年8月20日是一个极其普通的日子，但是对于知名抗日军人孙立人而言，却是一生中最阴暗的时刻。蒋介石开始了对孙立人的软禁，原因是“放任属下武装叛变，窝藏共产党人，合谋违法犯罪”，软禁持续了33年，直至蒋经国过世。
孙立人案发生后，台湾省政府删除了孙立人的全部个人事迹。更糟糕的是，孙立人被软禁后，整个家庭就没有了收入，而自己的家庭还要开销。孙立人没有办法，只能想方设法筹措资金。孙立人之子孙天平的回忆说，“我爸爸被软禁后没有领到薪水，家中的物件迅速就被出售了。除了在院子里养花，爸爸之后还购买了一个种植园，种水果补助家庭用。但每一次出来种田，后边都是有车跟踪。”
许多人叫孙立人为“第二个张学良”，他确实很憋屈。1950年3月17日，蒋介石破格提拔孙立人为陆海军总司令。这个时候，孙立人已经变成谁都想巴结的人。
殊不知，孙立人的好日子迅速就结束了。伴随着抗美援朝战争的爆发，美国第七舰队进入台湾省海峡，虽然在一定程度上确保了台湾省的安全，但是却无意间削弱了孙立人的实权，最后孙立人又被冠上“莫须有”的罪名。
1955年5月25日，蒋介石指示毛人凤拘捕孙立人的老属下，而跟随孙立人多年的铁杆郭廷亮首当其冲。雪上加霜的是，在一周以后，台南地区又爆发了一起事件，孙立人手底下300人被抓。在这些人当中，郭廷亮是最难应对的人，经过十几天的摧残，他也不说自己是叛变。
见到严刑拷问达不上目地，毛人凤利只好用他和孙立人的匪浅关系，欺骗郭廷亮说，自己其实知道孙立人是被诬陷的，自己也很遗憾，但是如果他承认自已是“叛徒”，自己就能帮助洗清孙立人的罪行，听到这里，为了老领导，郭廷亮也就屈服了，而蒋介石也如愿获得了“笔录”，因此谣传遍及了台湾省。
8月3日，蒋介石带上“口供”赶到孙立人府邸，逼迫孙立人写出离职报告。8月21日，孙立人被蒋介石免除“参军”职位，还成立以陈诚为代表的“九人调查委员会”，说白了调查“兵谏”案。
就是这样，孙立人被“处理”了，他被软禁在台湾台中的寓所里。其实大家都知道，孙立人被“软禁”是由于他阻拦了一个人控制台湾省的部队，而那个人便是蒋经国。那时候，孙立人身兼数要职，军事权力和政治权力都非常大。孙立人的身上还有一个非常大的标识“亲美大将”，蒋介石对于此事十分避讳，担忧拥兵自重，在自己死后，孙立人的权力会影响自己儿子的实力，索性直接软禁孙立人，为儿子铺好路，这样自己也就不用担忧美国在台湾岛的势力影响自己。
孙立人是一个清官，廉洁自律，一生没有留有存款。1990年11月19日，孙立人患病在台湾过世，寿终90岁。孙立人的遗嘱说自己死后不入土，期望未来能被葬回自已的故乡。