1864年中俄签署《中俄勘分西北界约记》，巴尔喀什湖以东大约44万平方公里的土地被割让给俄罗斯。并且根据该条约“民随地走”的规定，被割让地区的民众就变成了沙俄臣民。
（沙俄割占西北大片领土）
沙俄的到来改变了清廷的羁縻制度，强力收缴当地部落首领的权力，哈萨克大玉兹阿勒班部落首领塔札别克不愿投降沙俄，于是逃往清廷新疆境内。
此时的新疆兵乱不断，再加之西北民乱，切断了清廷和新疆的联系，新疆几成孤悬之地，当时伊利地区也处于割据状态，由艾拉汗控制，而塔札别克便被艾拉汗所收留。
1867年来自中亚的浩罕汗国将领阿古柏割据新疆，建立洪福汗国，清廷丧失了对新疆的控制。到1871年，沙俄看到清廷迟迟没有出兵平叛，于是沙俄借口艾拉汗收留塔札别克，悍然出兵并占领伊利。
不过沙俄没有彻底吞并伊利，毕竟清帝国好歹也是一个帝国，沙俄也不敢浪战，而且新疆西南不就是英属印度，如果沙俄公然吞并伊利，必然会招来英国干涉。
所以沙俄在占领伊利后向清廷表示自己仅仅是代管：“俟关内肃清，乌鲁木齐、玛纳斯各城克复之后，即当交还。”
当然，沙俄的外交辞令都是胡扯，俄军只是找个借口留在伊利，沙俄认为清廷刚刚镇压了太平天国运动和西北民乱，根本无心顾及新疆，伊利早晚都是自己的。
（1871年新疆局势）
但是沙俄万万没想到，清廷却在湘军大将左宗棠的极力主张下，毅然决然的出兵收复了新疆大部地区。
顺便说一句，今天不少文章将左宗棠认定为塞防派，将他收复新疆的举动认定为塞防派的巨大胜利。
但这个说法完全是无稽之谈，左宗棠绝不是只顾塞防，左宗棠在主张塞防的同时也承认海防的重要性。
左宗棠在给慈禧的《复陈海防塞防及关外剿抚粮运情形折》中写道：
窃维时事之宜筹、谟谋之宜定者，东则海防，西则塞防，二者并重。
今之论海防者，以目前不遑专顾西域，且宜严守边界，不必急图进取，请以停撤之饷匀济海防。
论塞防者，以俄人狡焉思逞，宜以全力注重西征，西北无虞，东南自固。此皆人臣谋国之忠，不以一己之私见自封者也。
左宗棠在奏折中强调，塞防和海防是并重的，都很重要，凡是只强调某一方面的言论都是有一己私心的。
从1876年4月至1878年1月，左宗棠花费将近两年的时间灭掉了洪福汗国，收复新疆大部，并且陈兵与伊利周边与俄军对峙。
（图中蓝色区域为俄军占领地区）
在对峙期间清军和俄军爆发了许多摩擦，左宗棠已经做好了与沙俄开战的准备。
不过清廷自知实力远不及沙俄，鉴于国力的差距，清廷肯定是想通过谈判解决问题。而沙俄此时还没有建设西伯利亚大铁路，向远东地区增兵很困难，也不希望看到兵戎相见。
其实当时英国是支持清廷的，英国希望清廷能够顶住沙俄在中亚的扩张，如果清廷跟沙俄开战，英国必然是偏袒清廷。
然而清廷最终还是没有顶住沙俄的压力，将左宗棠调回北京，并派曾纪泽赴圣彼得堡谈判，最终两国签订《中俄伊利条约》，中国回了伊犁九城及特克斯河流域附近的领土，但仍割让了塔城东北和伊犁、喀什噶尔以西约7万多平方公里的领土。
要强调一点的是，中方谈判代表曾纪泽在该条约中尽最大努力为中方挽回了损失，尽到一个外交官的职责，就连左宗棠都盛赞了曾纪泽的功劳。