巡按御史由皇帝从中央的十三道监察御史中选派，官阶是从七品。监察御史的职能包括中央和地方两部分职能。在中央的主要职能是检查、审核南直隶与北直隶两京衙门的文案公文，以及监察各个衙门的工作情况；巡察各个军营，进行军事监察，审查军队的操练守备情况；监临乡试、会试和武举的考试现场，监察考试情况；到经济重地仓房、内库进行巡视，审计财政出纳情况；举行朝会时，纠劾官员失仪情况等等。
巡按御史的职能
监察御史在地方的职能又分为两大部分：一是综合性监察的巡按御史，二是进行专项监督检查的专差御史。如到陕西巡茶马；到两淮、两浙、河东地区进行巡盐；巡查漕运、巡关等等。这些领域或关口涉及重要经济领域，是贪污腐败的多发之地，对其进行专项对口巡察，可以有效杜绝贪污腐败案件的发生。
监察御史在地方的监察，最重要的是巡按御史的监察，是中央到地方进行监察的主干。巡按御史的监察事务范围非常之广。包括行政监察、司法监察、经济监察以及教化推行等等。巡按御史以七品之官监察地方二、三品大员，由此可见，巡按御史巡按地方权力之大，为保证巡按御史以小制大、以贱履贵的职能。
巡按御史的监察运作方式
明代对于巡按御史的派遣、出巡的规定和职能以及巡按事毕的回道考察制度都作了详细的规定，赋予巡按御史的权力很大，对其管理也更加严厉，保证了巡按御史监察运作过程的顺利进行。
巡按御史出巡的纪律规定
根据《大明会典》的记载，巡按御史到地方进行巡按，衣食住行方面要从简，不得铺张浪费；对于巡按过程中的产生的各项费用开销，不得由被监察机构报销，必须与被监察的地方机构严格分离，防止形成利益联系。相关费用，在巡按御史回道后，由都察院统一报销；除了因公务上的原因，不得询问当地特产，不得在办理公务之前邀请亲朋好友，以防被监察官员借机行贿作弊；当地被监察官员不得出本地界迎送；巡按御史如果与巡按地官员有仇嫌等利害关系的，必须回避；在出巡过程中，禁止携带家眷，禁止在出巡过程中借机顺路回家，防止巡按御史贻误公务，确保其专心处理相关政务。这一系列制度规定，相当细致，有些规定即使在现在看来，也极有借鉴意义。
巡按御史巡按地方的具体职权
巡按御史的监察范围很广，总结起来，主要包括以下几个方面：第一，行政监察。巡按御史在监察过程中，发现五品以上官员违法犯罪的，要向皇帝参纠，由皇帝亲自处置，六品以下官员，如果贪墨等犯罪事实清楚，即可拿问。这是巡按御史的主要职能。巡按御史制度对于澄清地方吏治发挥了重要作用。第二，照刷文卷。所谓“照刷文卷”，“照”意思是明察，“刷”意为刮扫寻究。即监察官员前往各个衙门，检查档案文书。主要是检查各个衙门的文书处理情况。是否有处理不当、积压过多、以及违法违纪徇私舞弊等情况的存在。
最后
元朝在宋代磨勘转官之法的基础上，正式形成了照刷文卷的检查制度。到了明代，照刷文卷制度更是在中央和地方都得到了较好的执行。为了更好地规范照刷文卷制度，明太祖朱元璋于洪武二十六年，专门颁布了一部《照刷文卷》的法律，对照刷文卷的范围、程序和相关的专门用语作了具体而详细的规定。通过照刷文卷制度，对各级官吏的各项工作进行追踪控制，防患于未燃。同时使得检查文书成为监察官员行使监察权的主要方式。