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IBM Watson 進入癌症基因組分析市場

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作者|matthew herper

翻譯|winni &amp; keno hoo 校對|yawei xia

IBM Watson 進入癌症基因組分析市場

盧卡斯沃特曼 -癌症中心助理主任及研究員

lukas wartman博士是聖路易斯華盛頓大學的癌症基因組學的助理主任,雖然戰鬥在抗癌遺傳學的第一線,自己卻得了急性淋巴細胞白血病。

當所有的治療方案都嘗試過之後,他的同僚檢查了他的dna和rna(将dna轉化為蛋白質的中間産物)想試着為他找到其他的治療方法。研究這種治療方法需要幾個研究院專家幾個月辛苦努力的付出,最終他們成功了。

現在wartman正在參與一項如何将dna測序應用于更多癌症患者的研究。14個大名鼎鼎的癌症中心之一的華盛頓大學的基因研究院正在與ibm合作,用計算機巨人watson的人工智能系統将病人的基因資料和癌症基因資料庫進行比對,同時也将病人的基因資料與每個釋出的癌症基因方面的科研論文進行比對。以前需要花費一個專家組幾個小時甚至幾天才能完成的工作現在watson隻需要幾分鐘就可以完成了。

“我不知道目前還有其他的功能如此強大的平台,我也沒看到正在研發中的其他的這樣的平台.”wartman說。

14所大學的傾力相助是推動watson進入醫療健康行業的原因之一。一個月ibm在建立了一個全新的規模達2000人的業務單元的同時,宣布和美敦力、強生及蘋果公司合作,專門研究watson在醫藥業的運用。

上周,ibm宣布和蘋果公司以及日本保險公司日本郵政(japan post)的合作,目的是幫助提高老年人的生活。今天,ibm 宣布進入基因測序分析這個擁擠的市場,這個市場内還包括其他如fundation medicine,nant health,和flatiron health這些有名的公司。

nanthealth是由億萬富翁patricksoon-shiong(譯者注:黃馨祥,生于南非的華人醫生,經常被中文媒體誤稱為“陳頌雄”,因創辦abraxis bioscience制藥公司而成為億萬富翁,号稱全球最富的醫生)建立的,nanthealth 已經計劃建立一個能夠測定并分析病人的dna 和蛋白質并與病人的醫療記錄進行互動作用的産品。ibm 目前将更加專注于為已經有癌症病人基因測定技術的研究機構提供分析服務。哈維說:盡管這種交易模式依賴于何時跟研究機構簽約,但已經有很多這樣的機構正在支付訂閱費用。

如下這些研究機構已經購買了這種分析服務:安和羅伯特芝加哥兒童醫院,bc 癌症機構,希望之城,克利夫蘭診所,公爵癌症研究院,弗雷德帕米拉巴菲特癌症中心,内布拉斯加州,聖路易斯的華盛頓大學麥克唐納基因中心,紐約基因中心,桑福德健康,堪薩斯大學癌症中心,北加利福利亞利内貝格爾癌症中心,南加裡福利亞大學應用分子醫藥中心,華盛頓大學醫藥中心,耶魯癌症中心(譯者注:加注學術機構名稱原文對照 ann &amp; robert hlurie children’s hospital of chicago; bc cancer agency; city of hope; clevelandclinic; duke cancer institute; fred &amp; pamela buffett cancer center inomaha, nebraska; mcdonnell genome institute at washington university in st.louis; new york genome center; sanford health; university of kansas cancercenter; university of north carolina lineberger cancer center; university ofsouthern californiacenter for applied molecular medicine ; university ofwashington medical center; and yale cancer center)。

IBM Watson 進入癌症基因組分析市場

watson有希望徹底改變基于基因資訊決策治療方案的老方法:一群惡性良性腫瘤醫生團盯着變異的癌細胞面紅耳赤的争論着到底如何醫治。

北卡羅萊納州大學linberger癌症中心主任norman sharpless說,“惡性良性腫瘤團彙報結果的方法既難以量化也難稱完美。它不僅有可能出錯的,并且重複驗證也不可行。這個領域其實非常需要watson或者類似的項目介入。”

sharpless原本對watson的系統持懷疑論态度,他曾經對使用watson的同僚評論到:“watson的系統也就玩玩三國殺還行,想治愈癌症還差得遠呢。”現在為了給watson正名還需要更多的證據。他表示第一步,需要對被unc分析研究過的病人進行再次審視(那些一緻通過可參與臨床試驗的患者),看看惡性良性腫瘤團跟watson結果的比對率。當然,不能證明的是當兩者不同的時候究竟哪一方是正确的。watson的算法可以比人工做出更好的判斷,當然也可能更糟。

ibm的副總裁harvey談到很多團體對這項研究的需求非常之大。這裡面的資料将會被隐去姓名且得到多家機構的一緻通過。畢竟這些資料屬于産生資料的患者們。

然而多少dna測序能夠真正的幫助到患者始終是個問題。的确是有病人痊愈的感人故事,但畢竟為數不多,甚至流于傳說。并且watson的有效性仍然需要驗證。這裡最大的風險是:技術在被充分檢驗之前就投入了應用。ibm與衆多機構的合作的确令人矚目,wartman的觀點也有其依據,不過在醫療領域watson還是充滿了不确定的技術。

wartman本人就是個很好的例子,即便治療起了效果,但也不是完美的解決方案。wartman經曆過第二次的骨髓移植,并出現了排異反應。他的新骨髓與他的身體互相攻擊排斥,他說“大部分的問題都屬于可控範圍,我還能夠全職工作,雖然狀态不如從前。”

原文釋出時間為:2015-06-18

本文來自雲栖社群合作夥伴“大資料文摘”,了解相關資訊可以關注“bigdatadigest”微信公衆号

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