上古以來，中華民族的文字記錄中，已有關于疾疫的記載。至明清時期，中國人對于流行疾疫的認知已經達到相當的高度。如明末清初人吳有性從醫治瘟疫的實踐中總結出疫病性質，“瘟疫自口鼻而入，伏于膜原，其邪在不表不裡之間，其傳變有九，或表或裡，各自為病。……其間有與傷寒相反十一事，又有變證、兼證，種種不同。”近年來，在醫療史、社會史的研究中，關于疾疫救治的具體研究不斷深入，清代醫療史的讨論中，具體對某時期某次瘟疫的具體研究，為數不少，但總體上觀察專制王朝對疾疫的應對，似嫌不足。有清一代，僅《清史稿》的記載，自順治元年（1644）到同治十一年（1872）的228年中，即發生較大的疫情300次，不可謂不多。其間，清王朝統治者對疫病的認知與應對，亦應為學人研讨與關注。本文僅就清王朝最高統治當局對疾疫的認知與應對，作一點初步讨論。
清政府與曆代專制王朝趨于一緻的認識是，疾疫的發生和蔓延，與國家政治是否清明密切相關，瘟疫的發生和蔓延往往是上天示警的表現。順治十七年上谕中說，“朕統禦寰區，焦心圖治。前此屢有引咎省躬诏谕，……今上天示儆，亢旱疠疫，菑眚疊見，寇盜未甯，民生困瘁，用是痛加刻責，實行省改。”顯然，在清廷最高統治者眼中，疫病頻發，是政治不清，上天示警所緻。這種認識并非孤立的表述，入關後諸帝曆來都有将疫病流行與政治挂鈎的表達。康熙帝谕曰：“陰陽不和，蓋由人事失當。思欲感通，必須處置得宜。”而雍正帝将此類對災疫的認知推演到極緻，雍正六年四月，針對山西部分地方水旱失調，“流行疫氣，戶多沾染”的情況，當地官員“虔肅修省，設壇祈禱”。雍正帝在官員的奏折中批示說，“大凡祈禱，先當省察吏治刑名，有無寬猛失宜，緻幹和氣，勤恤民隐，返身思過，此為最要。若徒飾儀文，以私心求籲，究無益也。敬之，敬之。”顯示出将災疫等與吏治刑名聯系的思路。同年九月，雍正帝從占書中得知河南陳州等地可能會發生災情，如果三日之内得雨則災情得解，即緻函田文鏡詢問具體情況，并說，“陳州系河南地方，田文鏡居官清正，其境内不應有災。……天人相感之理固應如是。”在批複河東總督田文鏡的奏折時，雍正帝指出，“從來善政可以消災，乃自然之理也，天道感應不爽，朕信之最确。”此類朱批，為清帝親筆，聲稱笃信不疑，是将天相示警與災疫聯系的明确表達。後世諸帝，亦多有此類思想。直到同治時期，京師瘟疫流行，仍然稱為上天警示，“且自上月以來，京師疫氣盛行，至今未已。朕雖年在沖齡，實深恐懼。茲奉兩宮皇太後懿旨，天人交儆，必政令有阙所緻。惟當上下同心兢惕，益自修省。”甚至在與太平軍交戰的前線，軍中發生重大疫情，也認為是天示警告，“意者朝廷政事，多有阙失，上幹天和，惟有齋心默禱，以祈上蒼眷佑。我君臣當痛自刻責，實力實心，勉圖禳救之方，為民請命，以冀天心轉移，事機就順。”
所謂上天示警，上幹天和之類說法，将疾疫流行歸為天意示警，當然是一種傳統思維，但也應看到，傳統社會政府專制之下，從來災疫均與人禍關聯，互為推進因素。清代統治者的這種認知，雖然不是從根本上和疾疫發生的原理上的認知，在當時政治環境下，也不無道理。
清朝統治當局也普遍認為疫病的流行，往往由季節與環境變化所緻，是以也是一種“時疫”。雍正帝曾明确說，疫病是一種傳染病，是一種“時氣”或“時疫”。雍正六年，江西發行疾疫，雍正帝寄信詢問，“聞得江西去年冬傳染時氣數月，為何不奏聞？”并于地方官回奏中朱批：“今通省時氣流行，系陰陽愆和所緻，所關匪細”。而江西巡撫布蘭泰的奏折中也報告，“伏查江省上年冬令多暖少寒，陽氣未斂，以緻冬春之交，民間疾病時作。”至于布蘭泰奏折中說，老百姓開春耕作之後，疾病即消失，聲稱民間疾病是由于老百姓“農隙之後，飽食貪眠所緻”，雍正帝則認為完全是“小兒噫語”罷了。顯然，雍正帝認為，冬春之際，季節變化，疾疫流行，與“時氣”相關。
時氣與時疫的認知，最多的說法是夏季。康熙三年五月，康熙帝谕曰：“天氣炎暑，穢氣薰蒸，轉成疫疠”。康熙十九年，直隸等地發生饑荒，災民向京師聚集，康熙帝下令增設赈廠，同時也擔心“天所漸向炎熱，老幼羸弱，聚之蒸為疾疫，轉益災沴，朕甚憂焉。”康熙五十三年，在塞外避暑的康熙帝下令整治京師監獄，其原因也是“當茲盛暑。恐緻疾疫。轸念及此。不勝恻然。”清代曆朝皇帝關于暑熱導緻時疫的說法，記載中時有所見。乾隆五十八年七月谕，“此間自入秋以來，天氣暑熱，較夏令更盛。而初八日得雨以後，旬餘未經續獲醲膏。想京師人煙湊集，自必更熱。小民等或因溽暑蘊蒸，間有疫病，亦未可定。”道光帝也曾多次提及暑熱與疫情的關系，“本年八月，天氣尚覺暑熱。京城内外，兼有時疫流行。”
清廷認識所及的其他一些造成疾疫流行的原因，如人群聚集、戰争、災荒等等，都會造成或促成疫病流行。康熙末，山、陝等地大饑，令朱轼等赴災區，“饑民流徙，令所在地方官安置，能出資以贍者得題薦；饑民群聚，易生疠疫，設廠醫治。”顯然是将人群聚集作為疫病的一種成因。乾隆十七年，京師與直隸等地久旱并發生蝗災，乾隆帝即下令查問災情，并關注是否出現疫情。據奏報，“其居民并無因暑生疫之處，再各屬飛蝗，撲捕已盡。雖有蝻子續生，亦随起随撲，不至為害。”疾疫與水旱蝗等災害往往并行，互為次生災害，這一點也為當局者所認知。戰争與疾疫并行，戰事往往也促成災疫，乾隆三十九年，清廷平定山東等地民變，乾隆帝聞聽居民歸還舊城，即下令盡快處置戰争屍骸，“前據舒赫德奏，舊城街巷賊屍填積塞路。昨楊景素奏，舊城居民歸還者已四千餘戶，自仍須聚處于此。若令屍骸積久，穢氣郁蒸，春融以後，恐易染成疾疫，不可不速為妥辦。”戰争會造成或促成傳染病流行，已是普遍的認識。天災往往與人禍并行，也是常見現象，道光初，山東發生瘟疫，蔓延漸廣，一時謠言四起，“德州等處有匪徒乘間倡言，七月初一二日有鬼打門，應者必死。遂緻居民互相傳惑，終夜倉皇。東昌一帶又傳有邪匪偷翦辮發，采割幼童幼女。及途遇菜挑面擔，乘間抛散藥包之事。又有居住濟甯州東關之光棍黃二，平素畫符治病，綽号黃半仙，于七月初十日前後，起意乘災詐财，捏造連毛僧、妖鬼名目，夥同惡匪，炫人聽聞。夤夜入人院宇，自稱妖鬼，肆意奸盜。”天災盛行，必有人禍，也成為清代統治者的基本認知。
疾疫的應對方面，清前期最重視對“痘疹”的處置。清朝貴族及作為統治基礎的八旗人口，來自關外，對俗稱“出痘”的天花特别敏感，不能不高度重視。清初諸帝多有避痘之舉。順治八年谕，“近日痘疹甚多，朕避處淨地，凡滿漢蒙古官民有被冤控告者，内而赴各該衙門，外而赴各該地方官告理。” 康熙帝幼年時亦曾避痘于外，“世祖章皇帝因朕幼年時未經出痘，令保母護視于紫禁城外。父母膝下未得一日承歡，此朕六十年來抱歉之處。” 痘疾成為清代大事，不僅皇帝、皇族，旗籍人口特别重視，即使是外藩蒙古諸部頭領、西藏王公喇嘛、甚至東北索倫等部首領，如需進京，均須考慮是否曾經出痘一事。康熙以後，推行疫苗，行之有效，清廷對出痘一事的恐懼，似有減輕，但終清一世，出痘一事，仍不免多有顧忌。如乾隆時仍有皇子死于天花。
有清一代，對于傳染較廣，影響較大的疾疫的應對，雖無制度上的硬性規制，卻也有約定俗成的慣例，有一定規律可循。約略言之，有如下數端：
其一，原則上各地出現疫情，必須及時上報中央。
清代皇帝亟于北狩、南巡、承德行圍和出關祭祖，其間，了解各地方情況也是重要目的之一。很多時候，深居宮廷的皇帝，常常鼓勵臣下報告地方情況，秘密奏事的奏折制度就是在此種背景下發展起來的。而地方官員因公出差或赴外地上任，按慣例是要将沿途地方的天氣、農業收成、物價及當地官員的官聲等情況，及時奏報給皇帝的。在任的地方官員，當然也須将所在地方情況上報中央。在這一類報告中，各地疫情的報告，是重要内容之一。很多時候，這種報告制度，成為官員的基本職責，即康熙帝所說的，“督撫為地方大吏，凡水旱災傷及疾疫之處，即應據實陳奏，屢有明旨。”有時候，官員遇疫不報，朝廷也會下旨查問，如康熙四十八年九月，谕令查問江南與浙江兩地，“今年兩省疾疫盛行，人民傷斃甚衆。雖該省督撫未經奏聞，而朕訪知災病之狀，深用恻然。”乾隆元年，下旨查問陝西災疫，“又聞陝省亦不為大收之年，而且年疫盛行，汝等何無一言奏及耶。将此谕與查郎阿、劉于義并觀之。”
一般情況下，疫病奏報是一種慣例。清代官方文獻中此類奏封包件數量很大。雍正六年，朱綱出任福建巡撫，上奏将赴任沿途見聞一一報告，“臣一路見禾苗滋長，可蔔豐收。但聞民間疫氣尚未全消，皆由湖南、江西傳染。”雍正朱批奏折中，此類報告地方收成，災疫情況的奏折比比皆是。即使是剛剛改土歸流的土司地區，也要注意報告災疫情況，如湖南巡撫王國棟奏報，“桑植、永順地方，前偶有時疫，自八月以後，疫氣漸消，人民現已平複。”甘肅巡撫報告雍正六年五月西甯等地“因雨水稍覺愆期，疫疠流行，兵民皆有傳染。臣仰體皇上敬天勤民之至意，随行令布政使率同文武官弁，虔誠祈雨，一面配合太乙避瘟丹，廣行施濟。臣又配合祛疫丹茶，在甯分發。各營弁兵凡有傳染者，三五日即皆痊愈。”雍正帝在折中朱批道：“今歲時氣遍處傳染，為從來所罕聞，猶幸天心慈愛，所染皆輕而愈亦甚速，是以不至傷損人民也。”很多時候，不僅百姓疫情要上報，與生産密切相關的牛畜疫情也是報告的内容。如乾隆三年三月，“四川巡撫碩色奏，四川牛疫，請酌借倉谷，為買牛之需。得旨，知道了。牛疫之災，川省每有，當思何以消彌方好。”
應當提到的是，疫情上報在清代隻是慣例而不是或者不完全是一種制度，因而隐匿或忽視疫情不上報的官員，有人受到懲治。康熙四十八年九月，“安徽巡撫劉光美，于地方災傷，隐匿不報，應照溺職例革職。得旨，劉光美着降五級調用。” 而許多隐匿疫情的官員并未受到懲治。
其二，疫情多發時期或季節，清廷往往會檢查刑獄。
這種應對方式，與當時對瘟疫成因的認知是相聯系的。康熙七年，雲南道禦史黃敬玑奏稱雨水不濟，應當清理刑獄：“刑獄一節，上關天心。自今春徂夏，雨澤愆期，則清理刑獄，誠第一要務也。請敕内外問刑衙門，凡一應刑名，早為審結。除獄中重囚照舊監锢外，其餘一切情輕罪薄、及牽連等犯，即行保釋。務令獄無冤滞，則和氣可以緻祥。”并引順治時成例為依據，“又查，世祖章皇帝時，曾有熱審之例，原慮暑天獄囚易緻疫斃，故減等速結。今當此亢旸，尤宜舉行，以答天心。”所奏立即得到準許，康熙帝同時下令将此推廣全國各省，立即清理刑獄。這種作法為清代曆朝遵循，直到同治時期，清軍與太平軍已激戰十數年，天災人禍并行，嚴重的瘟疫導緻戰争影響地區人口銳減，下令順天府、步軍統領衙門和刑部等立即減等審結各案，理由仍是上天示警，“前因京師時疫未除，谕令在京問刑各衙門，趕緊清厘庶獄，迅速次第結案。現在星變頻仍，上蒼垂儆，彌災之法，尤重恤刑。允宜格外推恩，以承天戒。”
這種以天變為理由的整治刑獄，也成為清代的常态。很多時候是以“時疫”為由進行大掃除。如嘉慶二十三年，河南省監獄出現三名犯人先後死亡的事件，經調查并無虐待犯人的事件，于是下令，“該臬司應亟饬令管獄官，率領人役埽除穢惡，或散給藥餌，趕緊清理。人命至重，慎勿怠忽從事也。”同年，雲南建水等地發生監獄囚犯死亡五十一人事件，下令“該督撫務饬該州縣官，督率夫役埽除穢惡，散給藥餌。上緊清理，人命至重。不可稍有怠忽。至該管獄官，查明并無淩虐情弊，俱著免其開參。”
其三，關注軍隊疫情，有時也會由中央直接采取措施進行防治，并賞恤因疫而亡的将士。
軍隊是國家統治的柱石，而戰争環境殘酷，在舊時醫療條件下，戰争雙方極力征戰，也極易引發疾疫。康熙二十年，湖廣提督報告所部軍隊入川後“多患病疫”，康熙帝即下令，“徐治都标下官兵，進剿四川，效力日久。今哈占已經回川，将餘治都所屬官兵，著令速回湖廣。”有的時候，朝廷也會直接派出醫務人員赴軍中控制疫情。康熙二十年八月谕，“聞雲南官兵疾疫甚多，彼地苦無良醫，其令太醫院醫官胡養龍、王元佐馳驿前往調治。”有時軍方将領甚至也會直接向皇帝開口讨取藥物，以保證軍隊的戰鬥力。乾隆五年，大兵進剿湖南城步地區少數民族，帶兵将領向乾隆帝讨取藥物，要求循乾隆元年大兵進入貴州的先例，頒給藥丸，“再乾隆元年貴州古州之役，皇上賞賜官兵平安丸，治山岚時氣甚效。今适當暑月，恐有時疫。仰懇賞賜，以備不虞。”朝廷有時也允許前線将領直接将染病的官兵撤回，以儲存軍隊力量。如道光十三年楊芳率軍進入涼山彜族地區，官兵染病較多，直接撤回部分官兵，“又據奏，連日大雨，銅河異漲，雨盛暑熱，官兵染患時疫。楊芳現撤患病兵丁二百五十餘員名。”
軍中疾疫對戰鬥力影響極大，最嚴重的如太平天國時期，交戰雙方因流行瘟疫減員嚴重，“茲據奏稱，近日秋氣已深，而疫病未息，各軍死亡相繼。猛将如黃慶、伍華翰等先後物故。鮑超與張運蘭、楊嶽斌等均各抱病。軍中甚至炊爨寥寥。”對于軍中疫情，一般指令帶兵将帥加緊醫治，“該将士等為國剿賊，馳驅況瘁。近因師行山谷，枕戈露宿。飽受煙瘴，以緻傳染疫氣，物故頗多。覽奏之餘，曷勝憫恻。著左宗棠宣布朝廷德意，多方拊循，妥籌醫治，給發饷需，俾得迅消沴疠，益資飽騰，以副轸恤戎行至意。”對于軍中因疫而亡的官兵，按照陣亡條件予以賞恤。乾隆元年，大軍征剿貴州苗區，對于從四川調來的染病身亡的土兵，帶兵将領張廣泗奏請按陣亡例之半給予賞恤，“此等土兵遠調到黔，奮勇宣力，因染疫病故多人，深為可憫。着照張廣泗所請賞恤。”嘉慶元年下令，調赴湘西作戰的兵丁，“其有因瘴身故者，均着奏聞，照陣亡例交部賞恤。”
其四，最重要的一點是，地方上發生疫情後，清廷一般會責成當地官員施藥救治并開展赈濟。
災疫通常并行，大災必有大疫，因而清廷對疾疫的關注與救治往往與救災并行。
在京師及京畿地區，由朝廷指派京師官員及相關機構救治，有時也會由清廷直接指派太醫院等機構配合治疫事宜。康熙十九年，京畿大饑，災民聚集京師地區，廷議“饑民内有疾疫者，令五城作何給以藥餌，醫治拯救。……其饑民内有患病者，應令太醫院及五城醫生診視、遣員管理。”在災情持續的情況下，“命五城粥廠再展三月，遣太醫官三十員分治饑民疾疫。”京畿地方發生疾疫，以京師為中心并由步軍統領衙門及順天府等機構處置相關事宜，也成為傳統。如道光元年，“京城内外時疫傳染，貧民不能自備藥劑，多有倉猝病斃者。”“著步軍統領衙門、順天府五城，慎選良方，修和藥餌，分局施散，廣為救治”。疾疫流行期間死亡者，由政府具棺收殓，“掩骼埋胔，王政所存，并著設局，散給棺槥，毋使暴露。俟疫氣全消之後，分别報帳。”有時候這筆救治款項會由内務府拿出，道光元年，“以時疫流行，發廣儲司銀二千五百兩，分給五城，為制備藥料棺槥之用。”這相當于從内廷或者說從皇帝的口袋裡開支治疫經費。京師重地，天子腳下，步軍統領衙門和順天府為首，加上京城本身較好的醫療條件，有時甚至有太醫院的支援，其應對疾疫的能力确實遠勝于地方。
在地方則由當地官員直接負責救治與赈濟。康熙十八年初，“河南巡撫董國興疏言，陳留等二十一州縣，災疫并行，請發州縣存貯米粟赈救。得旨，著先差往汝陽等處赈濟官員，會同該撫，速行設法赈濟。”救治疾疫，系地方官員基本職責，一旦地方上發生疫情，朝廷都會查問地方官員的救治措施與效果，乾隆四十九年，靜甯、隆德一帶發生疫情，朝廷立即下旨詢問地方督撫，“瘟疫既已盛行，則靜甯、隆德一帶良民亦必有沾染疾病者，該督曾否設法施藥療治，并如何量予拊循之處，朕心深為廑念。”與此同時，考慮到此地臨近陝西，下旨查問陝西地方官員，“又靜甯、隆德以東，毗連陝西，該省是否亦有沾染瘟疫之處，并著傳谕畢沅，查明據實具奏。”地方官員捐資救治不足，動用官帑或由朝廷準許其動用之款項由政府承擔，成為一種常态。道光元年秋，西安一帶“瘟疫盛行”，地方官員朱勳等捐資施治，适逢科舉考試，“應試士子，因病身故者，共有若幹名？其民間傳染者想複不少。朱勳等現在捐備藥餌散給，如有不敷，即于該省存公項内酌量動支，交該府縣等而下之制備棺藥，妥為散放，以全民命而示矜恤。”動用公帑也是慣例，如道光七年，“浙江疫疠，制備丸藥，兩年内約用銀五千餘兩，刊刷救急方五萬餘部，約用銀四千餘兩。”
與治疫同時進行的，通常是賦稅的蠲免。清代自康熙中起，有各地輪蠲和普蠲錢糧及因災蠲免等措施，如果不考慮此後整個清代的賦外之賦和陋規之類的雜項，至少在表面上，政府的減負措施還是非常可觀的。而疾疫流行往往與水旱災荒并行，因疫而蠲免也成為清代應對疫情的重要内容。康熙七年，“以甘肅甯州、安化等五州縣及慶陽衛，康熙六年分，民遭疾疫，将丁銀豁除，并免地畝賦額一年。”乾隆六年谕，福建閩縣侯官等地，“乾隆三年、五年，該地方又值歉收疫氣，民力輸納維艱，是以懸欠至今未楚，朕心轸念。著将此項銀谷全行豁免。俾闾閻無追呼之憂，得以肆力于春耕。”
地方上參與治疫的士紳人等，也往往受到朝廷表彰。雍正十一年，江南沿海地方水災并有時疫，“紳衿等複捐施方藥，資助米糧。似此拯災扶困之心，不愧古人任恤之誼。風俗淳厚，甚屬可嘉。著該督撫宣旨褒獎。将捐助多者，照例具題議叙；少者給與匾額，登記檔冊，免其差徭，并造冊報部。” 實心治疫的地方官員也往往赢得好官聲，漢軍旗人張綏遠曾任廣西思恩知府，“歲荒捐俸赈濟地方，疾疫施藥調治，全活甚衆。仕至陝西西甯道按察副使，崇祀廣西名宦祠。”曆史上此類官職不高而有清官名聲者，多與救治疾疫相關。而以醫術聞名者亦複不少，福建長樂人陳念祖，乾隆末舉人，多有醫書著述，“嘉慶中，官直隸威縣知縣，有賢聲。值水災，大疫，親施方藥，活人無算。晚歸田，以醫學教授，門弟子甚衆，著書凡十餘種，并行世。”是即所謂青史留名者，與清廷依賴地方政府治疫的政策亦相輔相成。
同治、光緒以後，西式檢疫與防治疾疫方法開始傳播，但其與傳統中醫的沖突與生俱來。光緒中，上海的西式檢疫被稱為“以西法治中人，慘酷異常，多至殒命。”西醫真正參與乃至主導的治疫工作，主要還是1910年東北三省的鼠疫事件。然而，當疫情得到防控，傳播終于被阻斷時，大清王朝也已走到了他自身的終點，民國的曙光已經升起在東方的地平線上。
總體上看，清政府對于流行疾疫的認知程度，很大程度上局限于古代天人感應的範圍。對季節與環境變化引起疾疫的原因，也有一定認知。在長期的統治中，也形成了一些應對措施與慣例。這類應對舉措，有時是有效的、及時的，也有很多時候，是浮于表面和做樣子的，許多時候地方官員在疾疫過後才向朝廷報告，甚至是事後被中央發現并查問時才報告疫情，而這類官員多未受到相應的懲治與處理。專制時代的統治階級所謂關心民瘼，不過如此。至于近代以後，西式防治方法的傳入和推廣，也是在與傳統救治方式的沖突與沖突中逐漸發展的。