提起爬行動物，很多人想到的是冷血、行動遲緩和低智商。在常人眼裡，爬行動物幾乎是低等的代名詞，它與我們哺乳動物的差别就如教科書中的定義一樣明晰。然而，大衆對爬行綱的誤解和鄙視其實是沒有科學道理的，而且越來越多的專家意識到，爬行綱是個不科學的分類機關，主張予以廢除。
加拉帕戈斯象龜
生物分類法為博物學家林奈首創，他根據生物的不同特征予以歸類和分組，本意是為了友善鑒别。後來分類專家們創設了不同層級的分類機關，基本分類機關共有八個，從大到小依次是域—界—門—綱—目—科—屬—種。在基本機關之前冠以“高”“總”“大”“上”，或者“亞”“下”“小”，用以表示更大或更小的機關。
現在，學術界的一緻觀點是，分類應反映出物種間的演化關系，展現出達爾文的共同祖先原則，這就是系統分類法。換言之，應該被劃到同一分類單元是有共同祖先的生物，而不是外表相似的生物，隻不過共同祖先較近的生物長相通常也相似。
根據系統分類法，每一個分類單元都在系統發生樹上代表一個演化支。對某一給定單元，如果包含且僅包含某一共同祖先及其所有後代，就是單系群；如果包含某一共同祖先和它的部分後代，未包含其全部後代，就是并系群；但如果不包含最近的共同祖先，就是複系群。
圖示單系群、并系群和複系群
很多學者認為一個自然的分類單元隻能是單系群，拒絕一切并系群或複系群。近年來，随着分類方法的不斷成熟，過去公認的很多分類正在被大幅度改動，爬行綱正是在這種形勢下遭到了質疑。
衆多現生和史前動物被歸入爬行綱，科學家根據颞颥孔的數量和位置，将爬行綱分為幾個亞綱。颞颥孔是位于顱骨側面、眼眶後方的孔，是咀嚼肌附着的位置，也就是太陽穴。
缺弓類、雙弓類和合弓類的“太陽穴”位置示意圖
雙孔亞綱（雙弓類），顱骨每側有上、下兩個颞颥孔，包括現存所有爬行動物以及史前的恐龍、翼龍。
無孔亞綱（缺弓類），沒有颞颥孔，包括最原始的爬行類——杯龍類、中龍類。龜鼈目一度被歸于本亞綱，後來發現它是有颞颥孔的，隻是退化了，是一種基礎雙弓類。
下孔亞綱（合弓類，單弓類），顱骨每側隻有一個颞颥孔，位于眶後骨下方，包括盤龍類、獸孔類等，在恐龍時代之前很繁盛，現在已經沒有這樣的動物了（它們去哪了呢？下文揭曉）。
魚龍
此外還設立過一個調孔亞綱（闊弓類），每側隻有一個加大的上颞颥孔，下颞颥孔退化，包括蛇頸龍、魚類等史前海洋爬行動物。後來發現，該亞綱是不成立的，闊弓特征隻是對海生生活的适應。
根據現代系統分類法，完美的分類單元必須是單系群。爬行綱冠群，即真爬行動物，包括現存所有爬行動物的最晚共同祖先及其全部後代。現存爬行綱都屬雙弓亞綱，其共同祖先出現在古生代晚期，分兩大演化支：主龍下綱和鱗龍下綱。
龜鼈目、鳍龍目（蛇頸龍）和魚龍目也是雙弓類的支系，但演化位置尚無定論。這裡隻引用2015年最新dna分析的結果，蛇頸龍屬于泛龜類，屬于主龍下綱的基礎類群，而魚龍是鱗龍下綱的基礎類群。
爬行綱冠群的系統發生關系
鱗龍下綱包括有鱗目（蛇和蜥蜴）、喙頭蜥目，為當代最繁盛的爬行類。中生代晚期的海洋霸主——滄龍也屬于鱗龍類，滄龍實際上就是海生大蜥蜴。
主龍下綱為爬行綱演化主幹，現存典型的是鳄魚。在中生代非常繁盛，恐龍和翼龍都屬于該下綱。恐龍是蜥臀目和鳥臀目（鴨嘴龍、劍龍和角龍等）的合稱，蜥臀目又分蜥腳亞目（梁龍、腕龍和馬門溪龍等）和獸腳亞目（異特龍、霸王龍和恐爪龍等）。尤其值得注意的是，鳥類都是小型獸腳類恐龍的直系後裔，是以也屬于廣義的雙弓類，鳥類頭上也确實有兩對太陽穴。
綜上，爬行綱冠群是涵蓋鳥綱的。“現存爬行類+鳥類”構成一個單系群，而刨除鳥類後就隻是個并系群。
霍夫曼滄龍，最大的滄龍
爬行綱總群，包括地球上出現過的具有爬行類特征的所有動物，它們的最晚共同祖先及其全部後代。這個共同祖先可追溯到最原始的羊膜動物，也就是地球上第一個會下蛋的動物。
雙弓類就是冠群——真爬行類。缺弓類在恐龍時代之前（三疊紀末）就已經全部滅絕了，現在沒有活着的後代，我們稱之為副爬行類。
合弓類是似哺乳的爬行類，它是哺乳動物的直系祖先。哺乳動物隻有一對太陽穴，上、下颞颥孔合二為一且位于下位，這是合弓類的關鍵特征。從合弓類到哺乳類的演化一脈相承，我們也是廣義的合弓類。
爬行綱總群的系統發生關系
綜上，爬行綱總群=冠群/真爬行類+副爬行類+合弓類，而真爬包含鳥類，合弓類包含哺乳類，是以，經典爬行動物和鳥類、哺乳類一起構成了一個大的單系群——就是所有的羊膜動物（哺乳動物在胚胎發育初期也是有羊膜卵的，隻是在子宮裡孵化了，生出胎兒而不是下蛋）。
從系統發生角度看，傳統意義上的爬行綱無論冠群還是總群都是并系而非單系，是以爬行綱是個不科學、不自然的概念。這個概念最不科學之處在于錯誤表達了類群之間的親疏，例如，鳄魚現存最近的親戚是鳥類，而非同屬爬行綱的烏龜和蜥蜴。
根據教科書的說法，爬行綱的共同特征有：①體表覆寫幹燥的角質鱗、甲，②體溫不恒定（冷血），③心髒有三腔（心室隔膜不完全），④肺呼吸，⑤有羊膜卵（卵殼堅硬），生殖發育擺脫了水的限制。
灣鳄，現存最大的爬行動物
實際上，這些沒有一個真的是爬行綱共同特征。肺呼吸、羊膜卵是爬行類和鳥類、哺乳類的共有特征。而有鱗甲、三腔心和冷血隻是部分爬行類與魚類或兩栖類的共有特征，而恐龍和翼龍與鳥類一樣是溫血的和四腔心的，部分恐龍有羽毛，鳄魚也是四腔心。
其他類群都有一眼能看出來，而且不會與其他動物混淆的關鍵特征，如哺乳類的胎生和哺乳，兩栖類的水陸兩栖和變态發育，為什麼爬行類不存在這樣的特征？爬行綱的真正面目馬上就浮出水面了。實際上，傳統上說的爬行動物，是指不是鳥類又不是哺乳類的所有羊膜動物，這是個典型的分類垃圾桶的概念。
霸王龍和三角龍
這個分類垃圾桶給我們帶來了很多誤導，最明顯的莫過于對恐龍的認識。最初專家認為恐龍是冷血、行動笨拙的，理由就是恐龍屬于爬行動物——不是鳥又不是獸的羊膜動物。然而恐龍與現在的爬行動物完全不同，鳄魚和蜥蜴都是腿呈“八字”、肚皮貼地爬行的動物，而恐龍和鳥類、哺乳類一樣，腿位于正下方，身體能立起來。
事實上，恐龍比同體型的哺乳動物行動更靈活。霸王龍和三角龍體型比大象還大，但它們依然保持了彎曲的後腿，證明它們可以像羚羊一樣奔跑，而大象的腿筆直，隻能緩緩踱步，不能做任何跳躍。
近些年發現的很多小型獸腳類恐龍是有羽毛的，它們沒有翅膀，不會飛，羽毛的主要作用就是保暖了，它們和鳥類一樣是溫血的。下圖是胡氏耀龍的複原圖，像極了原始鳥類，假如我們生活在侏羅紀，還會認為屬于爬行類的恐龍與鳥類之間的界限是不可逾越的嗎？
胡氏耀龍，最小的恐龍
科學家還發現，恐龍和翼龍都是有氣囊結構的，證明它們和鳥類一樣都會雙重呼吸。這是一種極為高效的呼吸方式，每次呼氣和吸氣能吸兩次氧。
是以，爬行綱的概念不是演化支，更像是個演化階段。把恐龍、鳄魚、龜鼈、蛇和蜥蜴等完全不同的動物湊到一起，組成了個大雜燴的爬行綱，确實沒有科學依據，應予以摒棄。
早在1970年，古生物學家羅伯特·巴克就提出“疾馳和熱血的恐龍”這一觀點，推動人們對恐龍和爬行綱概念的認識發生革命性改變。不久後就有學者提出廢除爬行綱，将包括鳥類的雙弓類與缺弓類合并為蜥形綱，而包括哺乳動物的合弓類就成為合弓綱。
脊椎動物的系統發育圖
學術界遲遲難以達成一緻意見，是由于系統分類法本身的缺陷。如果爬行綱廢棄，那同為并系群的兩栖綱和魚綱該如何處理呢？好在羊膜動物的祖先迷齒類兩栖動物沒有其他活着的後代了，隻考慮現生動物，直接把迷齒類排除在兩栖綱之外就可以了。這樣，兩栖綱僅指冠群，包括當代兩栖類的共同祖先以及其所有後代（滑體亞綱）。
魚類的處理就比較麻煩了，四足動物祖先肉鳍魚仍有其他後代活着，要準确描述它們的系統關系，就必須擡高魚類的分類等級。兩栖、合弓、蜥形都是綱，四足動物就是上綱，而四足動物與肺魚一起組成一個大綱，相應地與之并列的腔棘魚也是大綱。肉鳍魚就升格為總綱，輻鳍魚（現存多數硬骨魚）也成為總綱，它們合在一起共同組成硬骨魚高綱。分類層級已經完全不夠用了。
與之相反，鳥類和哺乳類的分類等級要被大大壓低。鳥類是獸腳亞目的後裔，隻能成為一個科。經典分類系統中鳥類可是個現存20目、一萬多種的大分類單元，這還不算史前的類群。
哈佩雕，所有鳥類都是恐龍的後裔
顯然，根據系統分類法，分類單元級别的高低很大程度上取決于出現時間早晚。早期出現的，即使是已經沒有活着後代的幽靈類群，或者僅存少量後代的孓遺類群，單憑姐妹群的開枝散葉，就能水漲船高，成為大分類單元。例如，現存肺魚隻有6種，腔棘魚更是隻剩下兩種，但它們卻是上綱、大綱級機關。相反，鳥類有一萬多種卻隻能是一個科。
而林奈分類法中的分類級别，本來是用來訓示分類單元大小的，這是兩者沖突的地方。也許林奈的系統已經不能适應科學發展的新形勢，是以有學者主張使用無級别分類系統，廢除科、目、綱等所有等級。
還有學者主張，對複系群應堅決取締，但對并系群可以一定程度上保留。這樣，原來所有的綱都可以繼續使用了。對目以下的中、小分類單元，保持理想的單系群相對容易，但對綱以上的大單元就太難了。
提塔利克魚，屬于希望螈類，四足動物祖先
系統分類法最大的弊端，恐怕是無法解決共同祖先的定種問題。好在我們很難找到直系祖先化石，發現的多是些旁支，這個問題暫時沒有給我們帶來困擾。假如有一天我們真的找到了演化成羊膜動物的那一群迷齒類，我們該如何确定它的分類呢？顯然，由于它的後代是所有羊膜動物，它至少得是個上綱，而且我們無法給它定種、屬、科、目，它隻是個上綱，在這裡林奈的系統就完全崩潰了。
鑒于爬行綱的概念錯誤訓示了恐龍、鳥類、鳄魚和蜥蜴的親緣關系，修正恐怕是勢在必行的了。但對于如何修正，專家尚未找到完美的解決方案，是以爬行綱這個不科學的概念就暫時留在了我們的教科書中。
最後，我們不得不扪心自問一下這個問題。恐龍可能同樣是恒溫動物，同樣可以站立。我們大腦發達、牙齒咀嚼效率高，而恐龍也有自己的優勢，它的氣囊系統和骨骼中空的結構使它長得更大，最大的蜥腳類恐龍體重是有史以來最大陸地哺乳動物的4倍以上。
中生代是主龍類的時代
恐龍與哺乳動物幾乎同時出現，然而它卻主宰了地球1.4億年，我們的祖先隻能圍着他的腳打轉，假如沒有6600萬年前的那顆隕星，哺乳動物看不到接管世界的任何希望。
根據達爾文以後的進化理論，所有生物都有一個共同祖先，大家的進化時間相同，形态、習性的不同隻是對不同環境的适應，又怎麼會有低等、高等之分呢？
我們人類至今不過隻有200萬年的曆史，之後又能存活多久？如果有一天，世界末日降臨，新的統治者會不會将人類和哺乳動物斥之為低等動物呢？我覺得，是時候抛棄低等生物這種陳腐觀念了。