王敦之亂後，王氏家族依然擁有與皇權分庭抗禮的實力，這一點從周劄的蓋棺定論之争中就可以看出來。
表面上是在争論周劄的蓋棺定論，實際上是“王與馬”在思想領域的又一次碰撞。
從皇權的角度來看，周劄私放王敦程序，絕對是一個十惡不赦的亂臣賊子。晉元帝司馬睿親自指揮軍隊阻擊王敦，周劄卻主動放王敦進入帝國都城。如果周劄這種行為都能稱得上忠臣，那司馬睿又算什麼呢？換句話說：如果承認周劄是忠臣，那就等于說司馬睿是昏君。這種說法把司馬睿和周劄對立起來，使得其他人難以為周劄說話。
劄石頭之役開門延寇遂使賊敦恣亂，劄之責也。追贈意所未安。懋、莚兄弟宜複本位。——《晉書》·卷五十八·列傳第二十八
但從王導的角度來看，周劄必須是一個忠君愛國的典範，否則王導自己也無法擺脫亂臣賊子的嫌疑，因為王導一直是站在王敦一邊的。在以王導為首的衆貴族看來：晉元帝司馬睿可不就是昏君嗎？要不是他任用劉隗和刁協那兩個奸臣，原本的大忠臣王敦又怎麼會起兵清君側呢？如果他不起兵清君側，後來又怎麼會走錯路，以至于死不得善終呢？都特麼怪司馬睿，吃飽飯沒事幹非要玩集權！
劄在石頭，忠存社稷，義在亡身。至于往年之事，自臣等有識以上，與劄情豈有異。此言實貫于聖鑒，論者見奸逆既彰，便欲征往年已有不臣之漸。即複使爾，要當時衆所未悟。既悟其奸萌，劄與臣等便以身許國，死而後已，劄亦尋取枭夷。朝廷檄命既下，大事既定，便正以為逆黨。邪正失所，進退無據，誠國體所宜深惜。臣謂宜與周顗、戴若思等同例。——《晉書》·卷五十八·列傳第二十八
王敦雖然死不得善終，但王敦的第一次叛亂依然獲得了衆貴族的廣泛認可與肯定。
作為王敦第一次叛亂的大功臣，周劄的蓋棺定論還是一個大忠臣。從這個角度來看：“王與馬”在思想領域的又一次碰撞，以王氏獲勝而告終。
王氏之是以會獲勝，是因為在貴族占主導地位的社會中，王導的思想更容易獲得支援，軍國大事絕不應該以皇帝的意志和利益為标準。
王敦之亂後，王氏家族依然擁有與皇權分庭抗禮的實力，這一點還可以從晉明帝司馬紹與王導相見時的禮節中看出。
司馬紹見到王導，總是要先行禮。如果要給王導寫一份诏書，肯定會說“我惶恐地對您說。”
初，帝幼沖，見導，每拜。又嘗與導書手诏，則雲“惶恐言”，中書作诏，則曰“敬問”，于是以為定制。——《晉書》·卷六十五·列傳第三十五
這叫什麼君臣禮節？當初晉元帝司馬睿登基之時，曾邀請王導共坐禦床，這父子倆的做法倒是有異曲同工之妙。
竟然還有人提議說：王導是陛下的老師，是以大臣們見到王導時也應該行叩拜之禮。這種說法雖然被否定了，但這種大逆不道的觀點竟然能堂而皇之地被讨論，本身就意味着王氏家族的權勢依然足以與皇權分庭抗禮。
但不論怎樣說，通過平定王敦的叛亂，皇權還是得到了一定的提升。
平定王敦叛亂之後，南頓王司馬宗、西陽王司馬羕 、虞胤（司馬紹的舅舅）和瘐亮（司馬紹的妻弟）都開始暫露頭角，繼而進入了帝國的權力中樞。
皇權處于攻勢，王氏自然要避免在此時與皇權正面交鋒。王敦雖然死了，但王導依然是帝國的首席重臣，王舒坐鎮荊州，王彬坐鎮江州。為了避免與皇權正面交鋒，王氏決定把荊州和江州的控制權交出來。
皇權雖然處于攻勢，但晉明帝司馬紹也不敢做得太過分。最終他任命陶侃接管荊州，應詹接管江州。這兩人屬于中立派，與皇權和王氏都沒有太親密的關系。
很多人根據這一點，認為皇權已經把王氏逼到了死角，隻要再略微用點力，就能推翻王氏，重建立立中央集權。
但大家忽略了一個重點：所謂皇權，通常是依靠皇族或外戚來實作擴張的，是以皇權的擴張結果通常是不穩定的。
皇族和外戚之間絕不是鐵闆一塊，他們經常會為了權力大打出手。一旦雙方力量處于均勢，自然就會想方設法地從朝堂中尋找支援者。而衆貴族最喜歡這種政治生态了，大家分成兩派，誰也吃不掉誰，有了外敵就聯手應付。這樣一來，皇權憑借皇族和外戚加強集權的做法随時都有破裂的可能。
在貴族政治中，當皇權與權臣的博弈呈現焦灼狀态時，誰也不會占據絕對優勢。因為他們都可以讓自己的親戚和親信占據重要職位，也可以聯合其他實力派削弱對方的勢力。
就目前這個情況，隻能說晉明帝司馬紹在前兩個回合中占據上風，卻并不意味着他能在後面的幾個回合中繼續占據上風。
如果王氏擴張太快，衆貴族會聯合皇權抑制王氏；如果皇權擴張太快，衆貴族會聯合王氏抑制皇權。從這層意義上講，東晉帝國的皇權雖然在晉明帝司馬紹時期得到了擴張，但這種擴張也已經到了一個瓶頸期。
因為晉明帝司馬紹在平定王敦叛亂後不到一年就去世了，是以很多人都認為：隻要司馬紹多活幾年，就一定會讓東晉皇族的勢力更上一層樓。
對于這種未知的預測，誰也不敢保證自己說的就一定對。但在我看來：在一個貴族勢力巨大的社會中，皇帝的個人能力也絕對無法改變皇權受制約的現狀。如果皇帝想改變這種權力格局，晉元帝司馬睿的下場就是最好的例子。
晉元帝司馬睿隻是任用了兩個出身普通的官員，希望可以進行集權，卻觸發了“王敦之亂”這種隐藏關卡，衆貴族冷眼旁觀。
如果晉明帝司馬紹能多活幾年，以他那種咄咄逼人的強勢性格，恐怕隻會步他父親的後塵。