甘肅太統—崆峒山國家級自然保護區屬森林生态類型自然保護區,主要保護對象為森林生态系統、珍稀物種、地質遺迹和古文化遺迹。
森林生态系統 保護區屬内陸半濕潤向半幹旱氣候過渡的典型地帶,是黃土高原儲存較為完整的山地森林生态系統,區内動植物資源豐富,成分複雜,兼具明顯的古老性、代表性、多樣性、稀有性、脆弱性的特點,生态區位十分重要,是一座天然的植物園和生物基因庫,是隴東地區天然的綠色寶庫,在涵養水源、保持水土、防風固沙、調節氣候、維持泾河流域乃至黃河流域生态平衡,以及保障區域經濟可持續發展方面具有十分重要的作用。
珍稀物種 區内分布維管植物群落野生種120科482屬1139種,栽培植物14科114屬245種,其中:國家Ⅰ級重點保護植物有銀杏、長葉頭蕊蘭、凹舌蘭、毛杓蘭、小花火燒蘭、對葉蘭、小斑葉蘭、二葉兜被蘭、二葉舌唇蘭、對耳舌唇蘭、绶草、角盤蘭、叉唇角盤蘭13種(變種),隸屬2科11屬,國家Ⅱ級重點保護植物有中麻黃、麻黃、鑽天楊、胡桃、牡丹、芍藥、玫瑰色芍藥、荷花芍藥、草芍藥、東北茶藨、玫瑰、野大豆、甘草、中國沙棘、穿龍薯蓣15種(變種),隸屬9科10屬；國家Ⅲ級重點保護植物黃芪、胡桃楸、紫斑牡丹3種,隸屬3科3屬。區内分布脊椎動物297種(亞種),隸屬5綱28目80科193屬,屬國家重點保護野生動物物種37種(亞種),占總種類數的12.46%,其中:國家i級重點保護動物有黑鹳、金雕、大鸨普通亞種、豹、林麝、梅花鹿6種(亞種)；國家Ⅱ級重點保護動物有秦嶺細鱗鲑、大鲵、西藏山溪鲵、黑鸢、雀鷹、蒼鷹、大鵟、普通鵟、草原雕、秃鹫、白尾鹞、燕隼、紅腳隼、遊隼、紅隼、鴛鴦、大天鵝、灰鶴、鳳頭麥雞、長嘴劍鸻、金眶鸻、紅角鸮東北亞種、雕鸮、縱紋腹小鸮、長耳鸮、勺雞、紅腹錦雞、石貂、水獺、金貓、狍31種(亞種)。屬《國家保護的有益的或者有重要經濟、科學研究價值的陸生野生動物名錄》180種,占總種類數的60.61%。分布在保護區的中國特有種28種,占總種類數的9.43%。區内分布昆蟲資源13目84科377屬599種(亞種),其中屬國家重點保護的昆蟲有小紅蛛絹蝶1種,主要觀賞蝶蛾41種。
地質遺迹 保護區地質資源豐富,分布階梯狀、螺狀、麥垛狀、塔狀山峰或姊妹峰,地勢奇險,疊落有緻,一線天結構典型獨特,懸崖洞穴尤為常見,崆峒山前山有珍貴的地殼運動和造山作用遺迹,大台子、太統山等地寒武紀及奧陶紀地層中有儲存完整、種群豐富且十分珍貴的古生代動物化石遺迹,具有極其重要的科考和保護價值。
古文化遺迹 經考證保護區轄區在新石器時期就有人類活動,留下了大量的古文化遺迹和人文景觀,望駕山東北麓甘家墳等地發現了齊家文化和仰韶文化遺迹,人文景觀為廟宇建築和亭台樓閣,主要分布在崆峒山和太統山,其中崆峒山屬十二大道教名山,是我國道教發祥地之一,古建築遺迹衆多且儲存完整,尤以“九宮八台十二院”、“崆峒十二景”、“黃帝問道聖地”等建築、景觀及曆史傳說影響最為深遠,極具保護價值。