哥斯拉、金剛兩位如同神衹一般強大的對手于一場壯觀的戰争中相遇，彼時世界命運正懸于一線。為了找到真正的家園，金剛與他的保護者們踏上了一次艱難的旅程。與他們一道前行的還有一個年輕的孤兒女孩——吉雅，這個女孩與金剛之間存在着一種獨特而強大的緊密聯系。但意想不到的是，他們在前行的航道上與憤怒的哥斯拉狹路相逢，也由此在全球引起了一系列破壞。一股無形的力量造成了這兩隻巨獸之間的巨大沖突，深藏在地心深處的奧秘也由此揭開。
此前我們都以為金剛是最厲害的，可是電影開始就是人類為了保護金剛而将它囚禁起來，而當金剛成年後，發現這裡安穩的生活原來是個騙局，然後用一根樹枝，敲響了人類的大門。此刻，人類為了找到能源核心，進入地球内部，于是，将金剛運到南極洲。同行的有吉雅内森和好友艾琳，由于無法跟金剛溝通，内森一行人隻能強行把金剛鎖在航母上。原本一切順利，在半路上，失去能量庇護的金剛被仇敵哥斯拉感應到了，上演了一場大戰：金剛在水中打不過哥斯拉，哥斯拉是兩栖動物，除了不會飛，水中陸地都來去自由，是以在水中打架，金剛不行。金剛水性不好，第一次交手金剛就差點被淹死。好在哥斯拉并沒有置金剛于死地，最終以損失多艘艦船為代價，其他人員最終還是平安到達南極入口。
如同來時所預料的，地心的世界跟地上世界完全不同，處處充滿了危險。金剛進入地心世界拿到祖先留下的戰斧，在金剛的保駕護航之下，一行人找到了能源所在。爾特的女兒瑪娅不顧衆人反對，将能源資訊傳回到埃佩克斯總部，這也導緻基多拉借由機械哥斯拉的身體複活。
如果說金剛在水裡打不過哥斯拉，那麼在香港大戰時，金剛在暴風巨斧的加持下，仍然不敵哥斯拉，終究被哥斯拉死死踩在了腳下，讓金剛知道自己是最厲害的怪獸之王，金剛這才認慫了。此時基多拉借着機械哥斯拉的身體複活了，狂傲的哥斯拉怎麼能夠容忍機械哥斯拉撒野？然而在機械哥斯拉的面前，強大的哥斯拉變得不堪一擊，被撕打得快要廢了，此時金剛來了，金剛和哥斯拉攜手一起打敗機械哥斯拉之後，兩獸四目相對，金剛把手中的戰斧放下了，而哥斯拉也轉身離去，最終兩個上古宿敵恩怨就此化解。在更強大的敵人面前，金剛、哥斯拉放下仇怨，共同戰勝機械哥斯拉，既保護了自己也保護了人類。