1892年10月27日，陳果夫生于浙江湖州府學前街五昌裡，本名祖焘，字果夫。陳姓始祖為虞舜，第56代孫胡公滿被封在河南宛丘，那裡原是陳豐氏部落的故地，号為陳州之山，是以，胡公滿建立陳國，其後人以國為姓，陳氏就這麼開花散葉起來。
明代中葉，第七十八代孫陳缜舉族遷到了浙江吳興，世代經營絲業，到了陳豐、陳絢，已成為當地的望族。傳到祖父陳延佑時，正趕上太平天國，江南被打得繁華不再，陳家力耕圖治，漸漸地恢複了元氣。
陳延佑生有三子。老大陳其業是晚清秀才，企望走一條工業救中國的道路，在湖州經營絲織業；老二陳其美早年經商養家，後上司江浙革命，是蔣介石的帶頭大哥，後來遭到刺殺；老三陳其采留學日本士官學校，以第一名的成績畢業，創辦湖南武備學堂，後進入金融界。
陳果夫是長房長孫，下有兩個妹妹及一個弟弟陳立夫。陳果夫看上去文靜秀氣，卻也經常惹事。母親何氏是大家閨秀，家教極嚴，培養他節儉、勤勞、守禮等習慣，甚至教他繡花來鍛煉耐性。
那時候，陳果夫長得可好看了，親友們誰來誰抱，何氏不管是誰，都約法三章：不準給吃的；不準舉起來逗着玩；不準帶出家門。她們陳家的女人都信佛，總領孩子們去廟裡，這對他們還是有一定影響的。
他最早跟父親和大姑識字，7歲進私塾，讀了幾年卻學業平平。13歲跟三叔去了長沙，在明德學堂讀書。放假回家，小8歲的立夫纏着讓他講故事，特别愛外國的《小拇指》啥的。
有一次，他編了一個石榴的神話，說裡面500個籽，可以變成500個小人，每個人每天講一個故事，結果，講到59個，他就跟三叔到南京讀書去了。