一般植物的種子由種皮、胚和胚乳3個部分組成。種皮是種子的“铠甲”，起着保護種子的作用。胚是種子最重要的部分，可以發育成植物的根、莖和葉、胚乳是種子集中養料的地方。
種皮
種皮由珠被發育而來，具保護胚與胚乳的功能。被子植物的種皮結構多種多樣，如花生等種子外面有堅硬的果皮，因而種皮結構簡單，薄如紙狀；小麥、玉米、水稻、莴苣的種子，果皮與種皮愈合，種子成熟時種皮被擠壓而緊貼于果皮的内層。種皮的結構與種子休眠密切相關。有的植物種皮中含有萌發抑制劑，是以除掉這類植物種皮，對種子萌發有刺激效應。
胚
胚由受精卵發育形成。發育完全的胚由胚芽、胚軸、子葉和胚根組成。
胚芽位于胚的頂端，是未來植物莖葉系統的原始體，将來發育成為植物的地上部分。
胚軸位于胚芽和胚根之間，并與子葉相連，以後形成根莖相連的部分。
胚根位于胚軸之下，呈圓錐狀，是種子内主根的雛型，将來可發育成植物的主根，也是最先從破裂的種子皮中長出來，并形成植株的根系。
子葉是胚的葉，或者說，是暫時的葉，一般為1或2片，位于胚軸的側方。被子植物中，胚具1片子葉的，稱單子葉植物（它的營養主要來自胚乳）。具2片子葉的，稱雙子葉植物（它的營養主要來自子葉）。裸子植物的胚具有多個子葉，如松屬具子葉3～18枚。
胚乳
胚乳由受精極核發育形成。胚乳是種子内儲藏營養物質的組織，富含澱粉、脂肪和蛋白質。根據種子裡面有無胚乳的情況。分為有胚乳種子及無胚乳種子兩類。在無胚乳的種子中，在種子形成的早期，胚乳中的營養物質被胚吸收轉移到子葉裡貯藏起來，是以種子成熟後胚乳消失，子葉特别肥厚，如花生種子，由于胚在發育過程中，将種子的胚乳吸盡，是以種子内不存在胚乳(由子葉起着胚乳的作用)。