古化石最多有300萬年的曆史，已經成為自然曆史的檔案。
玉門位于地質時期古生物化石豐富、品種豐富的魏蓮地區地下，是中國古代生物繁衍生息的重要地區之一。古生物化石在5億年前的奧陶時期被發現，4.4億年前在志柳時期被發現，1.35億年前在中世時期被發現。古生物頭骨，魚類化石，蝴蝶化石，海獺化石，鳥類化石等已經出現。了解地球演化史和生命演化史具有重要的科學意義。
玉門鳥類化石的發現震驚了世界，讓世界驚歎不已，在甘肅地質博物館展出玉門昆蟲、三尾蕨、鳥類、海龜化石23塊，甘肅鳥類被譽為國寶級精品鎮。2012年，經國家古生物化石專家委員會審議并通過國土資源部公布的《國家重點保護古生物化石目錄（第一批）》，玉門有青頭山甘肅鼻龍、玉門中國遊戲、玉門3種古生物化石被确定為第一級重點保護對象。
甘肅地質年代和生物史年表
I. 大通寺
甘肅地質年代從18億年前到1萬年前可分為元古（18億年---6億年）、古生代（6億年---2.25億年）、中生2.25億年----7000萬年）、新一代（7000萬年---萬年）。早在中奧陶氏（5億年）中，中國南部的生物群區就是北燕連山區。
從5億年前到4.4億年前，古代奧陶時期是甘肅曆史上生物普遍繁榮的時期。甘肅早期和中太祖的華南生物群區域是北連區。這種組合在中國玉門市南山銀溝早期太極田的三葉蟲、幻影頭蟲、舒瑪德蟲、小側美女神蟲、粘殼蟲等中都有發現。
二、志立基
奧陶時代之後是知魯吉（4.4億-4億年），當時甘肅經曆了強烈的地殼運動，渤海三天，陸地和海洋的變化。玉門長馬髒溝、春腦溝除與古浪一樣，天竺小達爾曼三葉蟲、普通門石、奧希筆石、鋸筆石、針形單石、卷曲筆石、螺旋筆石等屬，還出現了甘肅奧希筆石、玉門奧希筆石等新品種， 玉門附近洞穴動物在蜂窩珊瑚，古代巢珊瑚;
日留後期，筆石動物的衰落，随之而來的是海洋無脊椎動物的增加，有珊瑚、腕足、海百合莖、圓藻等。最重要的事件是，這一時期，最早的植物産于甘肅古大陸——裸蕨，化石産地集中在兩個地方，一個在渚北縣北部的馬祿山地區，一個是玉門幹峽煤礦。裸蛞蝓是一種原始的管狀植物，表面光滑，無根、莖、葉分化，現在甘肅高等陸生植物都是其後代，在當地豐富，死後就地集，經過石化作用後形成的一些大中型煤礦，幹峽煤礦都是在這一時期形成的。
三、二折
早二（2.7億年）化石起源不多，在玉門五華山發現了網格長體殼。
二世紀末（2.3億年），在玉門城市形成中出土了一批古代脊椎動物化石，具有十分重要的學術研究價值。20世紀80年代，在玉門市大山口附近發現了一個脊椎動物化石遺址，經過幾次發掘，挖掘出一些兩栖動物和早期爬行動物。國家自然科學基金的資助。該動物群是繼新疆和中國北方之後第二世界晚期脊椎動物的又一發現。最典型的代表是馬球蜥蜴和恐懼症。
馬球蜥蜴。對于一類非常獨特的小型爬行動物。山口玉門發現材料是一個完整的牙柱，其中右上颌骨上有10顆漂亮的牙齒，還有一個完整的右颚骨，柱的長度是35mm。這是中國首次發現博羅蜥蜴物種，具有重要的地層和生物地理意義。
中國獵物獵人。在玉門大山口的古代動物群中，有一塊較大的頭骨化石——恐懼症化石，這不僅是中國最早發現的食肉恐懼症，也是恐懼症頭骨的第一塊完整化石。研究人員将其确定為玉門中國遊戲，這是中國四足動物群中最低級别的，并且在玉門發現了中國遊戲（新屬），使甘肅西部成為繼俄羅斯，哈薩克斯坦和南非之後的另一個重要分布區。
開始巨型鳄魚。它是一類原始的獸人洞，具有大而重的頭骨，這是在中國和俄羅斯以外發現的第一個此類洞，并豐富了山口動物群的組成。這些發現進一步證明了山口動物群與俄羅斯二帶動物群之間的聯系。
四、中代
1、三堆吉玉門湖翼龍
翼龍是與恐龍同時飛行的爬行動物，它們不是恐龍，而是恐龍和短吻鳄的遠親。在中國，翼龍化石已在8個省份被發現，它們是翼龍屬中亞洲最大的國家。20世紀80年代末90年代初，在甘肅玉門發現了翼龍化石。
到目前為止，我國已發現并正式命名了7種翼龍，甘肅發現2屬2種，即青陽環河翼龍和玉門湖翼龍，近30%在國内發現。從這個角度來看，甘肅是這種飛行爬行動物的主要生活區之一。
2、幹峽煤礦的形成
中觀世代（2.25億年---1.35億年）早期和中期，是一個成煤期，玉門幹峽煤礦形成于這一時期，煤層有時含有"煤黃"，又稱琥珀具有固定作用，活化血液，利尿劑，被曆任藥理學家列為藥劑園産品。玉門火溝的廢墟也出土了不同大小的琥珀。在史前不僅是裝飾品，也可能是史前祖先作為儀式活動的聖物。琥珀有其自身獨特而美妙的感覺，握在手中的溫暖感，對太陽透明，摩擦在野獸的皮膚上，還能吸收灰塵，容易雕刻，還能點燃，燃燒會散發出樹脂的香味。古代祖先認為他們是神奇的，可能會作為神聖的物品來崇拜。
3、白垩紀：世界玉門鳥
白垩紀是Mesoo-Generation的最後一個時期，大約1.35億年前。甘肅白垩紀最重要的事件是在玉門長馬發現了鳥類化石。甘肅玉門鳥是1982年發現的鳥類化石，是當時陸相形成中最早的鳥類。長腳趾短爪，屈肌結節鋒利的鳥是适應水生生物的鳥類，甘肅玉門鳥是世界上已知适應水生生活條件的最古老的鳥類。标本一經出版，就引起了學術界的高度關注。
在玉門昌馬公社神家灣村西北下溝群中間的灰黑色泥岩中，一隻罕見的早鳥左下肢骨化石，與所有的腳趾骨和爪子，以自然狀态連接配接在一起，當時是白垩紀早期，并發掘出稀有的中生代鳥骨化石， 大型和完整的鳄魚化石和恐龍化石隻有羔羊的大小。這标志着我國鳥類最早的祖先。
标本一經發表，就引起了世界學術界的極大關注，人們的注意力從沉積在海上的祖先鳥類轉向了沉積在陸地上的鳥類，希望的目光逐漸轉向了中國。打破了100多年來侏羅紀時期唯一一隻德國鳥類的記錄。
出土的中世代鳥類化石已有數億年的曆史，但圖案仍然清晰可見，儲存完好。自1861年在德國發現祖先鳥類的第一塊化石以來，鳥類的起源已成為生物學中最有趣的話題之一，學術界對此進行了辯論，其中一個重要原因是在中生代鳥類中發現的化石很少。1984年，中國科學院古脊椎動物與古人類研究所侯連海教授在甘肅玉門出土了"甘肅玉門鳥"。這一發現為被稱為"古生物化石之家"的玉門提供了新的證據，也為生物學界研究鳥類起源提供了新的證據。
甘肅省玉門鳥修複照片
昌馬化石在甘肅地質博物館展出
植物化石、玉門、白垩紀
五、新一代
新城初期，甘肅古生物化石比較罕見，隻在玉門被子附近發現花粉。自4000萬年前的重生以來，甘肅的古代大陸生活再次活躍起來，哺乳動物的種類增加，植物化石經常與古代動物共存。這些化石最初是在玉門市以北的玉門市附近發現的，有兩種動物，鼹鼠和甘肅獸。這種野獸現在被認為是亞洲的化石動物特産。另一種名為嘉峪關甘肅龜的龜化石在玉門新民堡被發現。
六、玉門矽化木質地質公園
目前，全省已獲批建設地質公園22個，其中國家級6個，省級16個。在甘肅地質博物館地質遺迹和地質公園的介紹中，玉門矽木地質公園隆重推出并推出。2005年9月，省國土廳建立了省級地質公園，位于玉門市東南約40公裡處，面積37平方公裡，主要地質遺迹為矽化木材集中分布。公園内藏有豐富的中生代化石，包括矽化木、魚類、昆蟲、雙殼類、腹足、中生代蠕蟲和葉肢間質，具有重要的古生物學研究價值。矽化木材屬于古松柏類，質地堅硬，輪子清晰，具有很高的觀賞價值。