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650多名學者聯名批評AlphaFold 3不透明丨科技周覽

作者:返樸
650多名學者聯名批評AlphaFold 3不透明丨科技周覽

整理 | 周舒義、望鄉

1.8億年前可能就有“溫血”恐龍了

長久以來,恐龍被認為像現代爬行動物一樣,是行動遲緩的“冷血動物”,需要依靠太陽熱量來調節體溫。而一項新研究表明,早在大約1.8億年前的侏羅紀早期,部分恐龍就已經進化出了從身體内部産生熱量的能力。

雖然人們常用“冷血”和“溫血”來區分動物的不同體溫調節方式,但這個描述并不确切。對應“溫血動物”,學界用内溫性(endothermy)來描述動物通過自身代謝産熱、調節和維持體溫的特性。此前研究表明,部分恐龍可能具有内溫性,但這種特性的演化時間節點并不清楚。

650多名學者聯名批評AlphaFold 3不透明丨科技周覽

雪中的馳龍藝術圖,這是一類帶有羽毛的獸腳亞目恐龍。| 來源:Davide Bonadonna/Universidade de Vigo/UCL

研究人員利用化石資料集、古氣候模型和恐龍進化樹,研究了整個中生代恐龍在不同氣候條件下的繁衍遷徙路徑。中生代(2.51億年前至6600萬年前)是恐龍最為活躍的時期,可分為三疊紀、侏羅紀和白垩紀。這也是闆塊、氣候、生物演化改變極大的時代。

結果發現,三大恐龍類群中的兩個——獸腳亞目(如霸王龍和迅猛龍)和鳥臀目(如劍龍和三角龍),在侏羅紀早期遷徙到了氣候較冷的地帶。這表明它們可能在這個時候已經演化出了内溫性。而另外一大類群——蜥腳亞目(如雷龍和梁龍),則生活在較溫暖的地區。分析表明,大約在1.83億年前,強烈的火山活動導緻全球變暖、植物群滅絕。而内溫性的出現,可能也是這場環境危機所緻。獸腳亞目和鳥臀目恐龍是以能夠在較冷的環境中高度活躍、長時間活動,進而更快生長發育,産生更多後代。

另一方面,“冷血”的蜥腳類恐龍進化出了巨大的體型,研究推測,這降低了身體的表面積和體積比,有助于減少熱量散失,使它們能夠在更長時間内保持活躍。

相關論文:https://doi.org/10.1016/j.cub.2024.04.051

世界首位接受豬腎活體移植的患者去世

當地時間5月11日,美國馬薩諸塞綜合醫院(Massachusetts General Hospital)釋出消息說,世界首位接受豬腎髒活體移植的患者——現年62歲的理查德·斯萊曼(Rick Slayman)于手術近兩個月後死亡。

馬薩諸塞綜合醫院在聲明中表示,沒有迹象表明斯萊曼的死亡是由腎髒移植造成的,“我們對他的信任和推動異種移植領域發展的意願深表感激。”據科技日報消息,華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院器官移植研究所副所長陳剛透露,患者死于突發心梗。

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Rick Slayman | 來源:MGH

斯萊曼是一名終末期腎病患者,多年來患有2型糖尿病和高血壓,曾長期透析,于2018年接受了人腎髒移植手術,但幾年後移植腎髒出現衰竭迹象,不得不于2023年恢複透析。後來,斯萊曼出現血管通路相關并發症,醫生建議其接受豬腎髒移植。美國食品藥品監督管理局(FDA)基于“同情使用”規則準許了移植手術。

今年3月16日,馬薩諸塞綜合醫院經過4小時手術,成功将豬腎髒植入斯萊曼體内。此次手術使用的豬腎髒經過69處基因編輯,包括敲除會引起排異反應的基因、添加一些人類基因,以改善器官與人體的相容性。此外,研究團隊讓豬體内的逆轉錄病毒基因失活,以防相關病毒影響人體。斯萊曼于4月出院,當時醫生預計這顆腎髒可以為他延長數年壽命,但同時也承認異種移植可能存在許多未知風險。

這是全球首例活體人類移植豬腎髒手術,被視為異種移植的裡程碑事件。在此之前,美國曾進行兩例活體人類豬心髒移植手術,但兩名患者都在術後數月内死亡。去年7月,美國紐約大學蘭貢醫療中心團隊曾進行一例豬腎髒移植手術,受試者是一名已被判定為腦死亡的57歲男性。

OpenAI推出多模态模型GPT-4o,交談更像人

5月14日淩晨,OpenAI推出最新多模态模型GPT-4o(“o”代表omni,意為“全能”),帶來了更自然的人機互動,支援文本、音頻和圖像的任意組合輸入、輸出,反應速度近乎人類水準,還能通過語音語調或面部表情感覺人類情緒。

據介紹,GPT-4o基于跨文本、視覺和音頻的端到端模型,所有輸入輸出均由同一個神經網絡處理。其在非英國文本方面的性能有顯著提高,視覺和音頻了解方面尤其出色。GPT-4o的速度是GPT-4 Turbo的2倍,而成本隻有後者的一半。它可以在平均320毫秒、最短232毫秒的時間内響應音頻輸入,接近人類交談的反應速度。此前ChatGPT通過語音模式進行對話,平均延遲為2.8秒(GPT-3.5)和5.4秒(GPT-4),無法直接感覺音調、多人講話和背景噪音,也無法發出笑聲、歌聲和表達情緒。

GPT-4o的文本和圖像功能将在ChatGPT更新後提供給所有使用者,Plus使用者的消息數量使用上限是免費版的5倍(達到上限後會切換回GPT-3.5版本)。而新版語音模式将在未來幾周向Plus使用者推出,同時也會通過API在小範圍内提供對GPT-4o新音頻和視訊功能的支援。

學生成績按“鬧”修改?西安科技大學通報處理結果

據央廣網報道,西安科技大學測繪科學與技術學院一名專職教師近日向記者反映:今年1月,自己所帶課程的期末成績出來後,一名成績不合格的學生家長以“影響孩子前途”“造成污點”為由,要求學生修改成績,并對老師進行語言上的威脅。學院相關人員也多次提到該家長“有背景”,要求老師修改成績。

另外該教師還反映,學院為了給另一位補考學生修改成績,在這名老師不知情的情況下,将課程的成績錄入權限從系統上轉移,由其他老師将不合格的成績修改為合格分數。

5月14日,西安科技大學對此釋出情況通報:

經查,學生陳某某與王某某均參加了2024年4月8日《GNSS原理與應用》課程的補考,陳某某成績為89分,成績屬實;王某某成績為56分,後被教務員張某某和課程組長陳某更改為60分,經研究,認定更改成績無效。

認定教務員張某某一級教學事故,給予記過處分,調離原崗位;認定課程組長陳某三級教學事故,免去課程組長職務;認定分管教學副院長競某三級教學事故,給予警告處分;給予院長李某某警告處分;給予院黨委書記殷某某記過處分。

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上網能夠提高幸福感

上網會讓你更幸福嗎?普遍看法是負面的,這種擔憂通常來自網際網路的消極一面:網絡霸淩、社交媒體成瘾、身體外貌焦慮……而一項針對240萬人、曆時16年的全球性研究挑戰了上述認知,發現使用網際網路可能會提高人們的幸福感。

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研究人員表示,此前同類研究存在片面性,超過90%的資料集來自少數英語國家,調查對象也以年輕人為主,是以他們試圖更全面地了解網際網路的影響。新研究通過蓋洛普世界民意調查的資料,分析了使用網際網路與八項幸福感名額之間的關系。這些資料橫跨2006年到2021年,通過電話或面對面采訪收集,涵蓋168個國家約240萬名15歲及以上的參與者。研究控制了收入水準、就業狀況、受教育水準和健康情況等可能的影響因素。結果發現,能夠上網的人在生活滿意度、積極體驗和社交生活滿意度方面的平均得分,比無法上網的人高出8%。

研究指出,線上活動可以幫助人們學習新事物、結交新朋友,可能會産生有益影響。這種積極影響類似于在大自然中散步帶來的健康益處。

不過,與不上網的人相比,15至24歲、在過去一周内使用過網際網路的女性,對自己居住地的平均滿意度偏低。這可能是因為那些在現實社群裡不受歡迎的人會花更多時間上網。研究人員表示,還需要進一步研究,來确定網際網路和幸福感之間的關聯是出于因果關系,還是僅具有相關性。

相關論文:https://doi.org/10.1037/tmb0000127

一周餓兩天,“脂肪肝”就有救?

“脂肪肝”通常指非酒精性脂肪性肝病(NAFLD),在中國已取代慢性乙型肝炎,成為最常見的慢性肝病。如果不加以控制和治療,可能會轉變為代謝功能障礙相關的脂肪性肝炎(MASH,非酒精性脂肪性肝炎),出現肝髒組織損害和纖維化,進而發展為肝硬化,甚至肝癌。

如果已經出現了脂肪肝,該如何控制和緩解呢?一項新研究帶來了好消息:不用減少總熱量攝入,隻需簡單調整一下飲食模式,一周内留出兩個整天餓一餓,或許就可以防止脂肪性肝炎的發展。

這種飲食方案被稱為5:2間歇性斷食,重點是每周有不連續的2天禁食高熱量液體和食物(可以随意飲水),每個禁食周期持續24小時。這屬于“間歇性斷食”的常用方案之一,其他較常見的間歇性斷食方案還有6:1,即一周内有一個24小時的周期保持禁食。研究人員通過小鼠模型試驗比較了不同的間歇性斷食方案,發現5:2間歇性斷食對預防和改善脂肪性肝炎的效果最好。

新研究模拟典型西方飲食給實驗組小鼠連續數月喂食了高糖、高脂肪飲食,在它們患上脂肪肝後讓部分小鼠開始采用間歇性斷食法。每個斷食周期一結束,這些小鼠就會立刻吃飽,是以每周攝入的總熱量并沒有減少。然而,它們的體重不再增加,也沒有出現代謝功能障礙,血樣訓示肝損傷的生物标志物水準很低。分析發現,轉錄因子PPARα和糖代謝關鍵酶PCK1在禁食期間發生了顯著上調,它們共同作用,增加脂肪酸的分解和糖異生,并抑制脂肪堆積。研究人員表示,需要在人類患者中開展研究,以确定間歇性禁食是否也能像小鼠實驗中一樣預防慢性肝炎。

相關論文:http://dx.doi.org/10.1016/j.cmet.2024.04.015

650多名學者聯名批評AlphaFold 3不透明,呼籲公開代碼

上周,谷歌DeepMind與Isomorphic Labs合作推出新一代AI生物分子結構模型AlphaFold 3,能夠以前所未有的精度,預測幾乎所有生命分子的結構和互相作用。但AlphaFold 3目前隻能通過網絡伺服器受限通路,且其5月8日發表在Nature上的論文并未公開底層代碼。這招緻了科學界的廣泛批評。截至5月14日,已有超過650名研究人員聯名簽署公開信,表示對論文不提供代碼感到“失望”,并批評期刊違背了自身關于代碼可用性的規定。

公開信寫道,“誠然,公司有權用自身創新謀利。但如果僅利用學術出版物背書,卻堵死複現成果、進一步研究的可能性,那麼這對科學事業是一種破壞。”公開信還批評Nature選擇性執行政策“不公平”,“編輯決策與科學界需求相悖”。論文審稿人、結構生物學家Roland Dunbrack表示,在文章發表前,他曾多次要求提供代碼,但一直沒有回應。結構生物學家James Fraser表示,論文未說明理由、僅注明“不提供代碼”,似乎公然違反了期刊政策。Nature的投稿指南規定,支援論文主要觀點的代碼必須應要求提供給審稿人。其編輯政策規定,“作者必須及時向讀者提供代碼,不得有不适當的限制。”

除了每天20次(釋出之初是10次)的使用限制,AlphaFold 3還限制分析對象的種類。據報道,由于和藥物發現公司Isomorphic Labs利益相關,AlphaFold 3無法預測蛋白質和新藥之間的互相作用。

對此,Nature主編Magdalena Skipper在一份聲明中回應稱:“Nature承認在某些情況下,可能無法公開研究資料或代碼。”編輯們會“考慮許多因素,包括對生物安全的潛在影響,以及由此帶來的倫理挑戰。”她表示,論文給出了描述程式運作步驟的僞代碼,“提供了支援複現的替代方案。”DeepMind方面表示,團隊将在6個月内放出AF3模型,供學術研究使用。

此前報道:AlphaFold 3來了:預測所有生物分子結構、互相作用

出品:科普中國
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