一百多年前的陝甘地區曾發生過一場險些讓關中漢族滅絕的戰争，清政府耗費了五年時間和大量人力物力才平息了這次動亂，這場浩劫對近代中國的曆史走向産生了深遠的影響但卻鮮為人知。
這就是陝甘回民起義，也有學者稱其為陝甘回亂，但不論如何稱呼，不可否認的是這是西北漢人和回民共同的慘痛記憶。
經過數百年的遷徙移民，清代陝甘地區居住的回民數量日益增多。清朝同治年間，同治鳳翔知撫張兆棟的幕僚餘澍疇曾撰《秦隴回務紀略》一書，書中曾寫道：
“同治元年壬戌夏四月丙子，陝西回民亂。舊傳，陝甘回民系唐郭汾陽借大食兵克複兩京後留居中土者，迄今千餘年。陝則民七回三，甘則民三回七。明永樂中，徙實江淮，由是花門族類，幾遍天下。”
由此便有了陝西漢七回三，甘肅民三回七的說法，按照同時期陝西接近1400萬的人口計算，這一時期居住在陝甘地區的回族已達百萬衆。這一說法雖不完全準确，但足可見在陝甘回變之前，陝甘兩省的回民人數已成相當規模。
因為風俗習慣的不同，漢人和回民常因為土地或經濟問題産生摩擦，又由于關中地區自古以來便有宗族私鬥的傳統，這些摩擦一旦更新便會演變成數千人參與的械鬥。每當發生沖突或械鬥，雙方經常不論是非對錯，隻論是回民還是漢人。又因為當時的地方官員普遍是漢人，在一些問題上多多少少會偏向漢人，又因為漢人當時是占據了絕對主導地位的主體民族，這就造成了當時普遍存在歧視回民的現象，回漢之間的民族沖突日益尖銳。
1862年正月，太平天國在經曆了連續的内鬥和戰敗後頹勢已顯，面對多隆阿帶領的清軍不斷逼近，扶王陳得才聯合遵王賴文光、啟王梁成富、祜王藍成春等四王為西路軍，率領太平軍精銳三萬餘人，“往河南、陝西等處去打江山”。1862年2月27日，太平軍攻入陝西境内，清政府組織“回勇”進行圍剿，後陳得才兵敗，這些回勇便脫離了清軍，這些回勇也成為了後來屠殺漢人的主力。
由于太平軍和撚軍等起義軍進入陝西和清軍作戰，此時的西北地區就像一個巨大的火藥桶，隻需要一點火星就足以引發席卷全境的動亂。
關于回亂的起源又很多種說法，其中流傳最廣的一種說法是，1862年4月，渭南某地的回民找到當地的漢人購買竹竿，但交易的過程中漢人臨時漲價，回民拒絕接受，雙友善爆發了沖突，這場沖突中雙方各有死傷。沖突結束後，回民找到官府請求嚴懲漢人，但遭到了無視并被地方官斥責無事生非，随後渭南當地的官紳以抓太平軍間諜的名義處死了十幾名回民，并在第二天夜晚帶領團練燒毀了回民聚居地的房屋，之後回漢雙友善爆發了大規模的械鬥，一場造成超過1200萬人死亡的浩劫由此開始。
雖然回亂的起源也無從考證，但一般的觀點認為，這場動亂起初确實是漢人理虧，左宗棠曾說，陝回之禍由于漢回構怨已久，起釁之故實由漢民。
回亂開始後，與回民聚居地相鄰的大荔縣八女井村首先遭到攻擊，全村上下一萬餘人慘遭屠戮，有的地方回漢關系較為溫和，當地的回民自發組織保護漢民，但這也隻是徒勞，所有的漢人均被殺害。回亂爆發數日，渭南縣的數個漢族聚居地便被回民軍隊屠戮一空，與一般的起義軍或土匪軍相比，回民軍隊并不為搶劫财物或者奪取天下而來，他們的目的隻有一個，殺掉所有漢人。
回民軍隊在殺戮中瘋狂宣洩着仇恨，另一邊清政府緊急調派勝保、多隆阿為欽差大臣進入陝西彈壓回民叛亂。多隆阿在民間記載中多有美名，其中一個原因便是多隆阿殺起回民毫不手軟，不論男女老少、有無參加叛亂，隻要是回民均被處死。多隆阿帶領清軍攻破王柯屯、羌白鎮後，縱兵屠戮不封刀，将全鎮上萬回民全部處死。
1863年8月，禍亂陝西的回民軍隊被清軍趕出了陝西，被迫逃往甘肅，至此陝西回亂的第一階段結束，更加慘烈的第二階段開始了。
陝西回亂爆發之後，隔壁的甘肅回民迅速響應，他們訓練軍隊、攻擊府衙和漢人村莊。由于甘肅境内的清軍數量遠少于陝西，短短幾年時間，甘肅除了省會蘭州和其他少數幾個城市之外，其餘都被回民軍隊占領。回民軍隊所到之處對漢人實行了令人發指的屠殺政策，他們每攻下一個地方，不論男女老少，官軍平民，通通處死。
1866年，退至甘肅東部董志塬的回軍開始聯合甘肅境内的回民叛軍，他們按營地将回民軍隊整編為十八大營聯合作戰對抗清軍，此時陝甘境内的回民叛軍轉入第二階段，開始對西北漢人實施有組織的屠殺。
1867年，回民叛軍趁清政府追擊撚軍重新殺回陝西，但不久便被清軍擊潰，後又退回甘肅。
1868年，左宗棠進入甘肅平定叛亂，自1862年至1868年這六年間，甘肅的回民軍隊對甘肅境内的漢人進行了有組織有預謀的屠殺，不少城市變成了空無一人的死城。比如一支回民軍隊花了1年之久圍攻靈州，在1863年12月攻下該城後，據說屠殺了10萬漢人。
比如1863年一份奏報稱，固原縣被回軍攻破，“漢民殆盡”。
據清末《甘肅新通志》稱“固原回叛……城内官民男婦共死者20餘萬人”。同是《甘肅新通志》記載，同治2年8月，回民攻陷狄道州城，居民10餘萬被屠殺；同治5年，陝西回軍與靖遠回民裡應外合攻破靖遠縣城，城中10餘萬漢人被殺，逃出者隻有大約十分之一二。
由于左宗棠進入甘肅時間晚于陝西，是以甘肅漢人的死亡人數要遠高于陝西，甘肅的戰亂持續了12年，戰火遍及全省，死亡人數遠多于陝西。根據《中國人口史 第五卷清時期》的分析，平涼府1861年人口281.2萬，1880年人口僅剩下32.1萬，減少了249.1萬。慶陽府1861年人口141萬，1880年12.3萬，減少了128.7萬，甯夏府1861年人口166.9萬，1880年17萬，減少了149.9萬。整個甘肅1861年人口1945.9萬，1880年人口495.5萬，減少了1455.5萬，全省人口損失高達74.5%。
白彥虎
這場動亂後續同樣波及了新疆，叛亂後期，回民叛軍首領白彥虎勾結阿古柏和境外勢力妄圖分裂領土，在西北地區建立一個以回民為主體的宗教國家，後來左宗棠消滅了阿古柏收複新疆，白彥虎竄逃至沙俄，其餘部曾多次分道騷擾清朝，搶糧饷，劫商旅，“戕官弁，殺行客，掠台馬”，肆意騷擾。 俄羅斯帝國從其政治需要出發，拒絕将白彥虎引渡給清政府，并準許進入俄境的白彥虎餘部5年不納糧，20年不抽丁。白彥虎及其部下的後代在中亞地區繁衍生息，成了現在的東幹人。
現在不少人将白彥虎美化成農民起義領袖，将這場造成2000萬人傷亡的人間慘劇說成是農民起義，這是違背客觀事實的，陝甘回變從一開始的目的就不是推翻腐朽的清王朝，而是針對西北地區漢人的報複和屠殺。清政府為了平息這場回民叛亂，花了五年時間，僅撥付左宗棠的軍費就高達一億一千萬兩白銀，到後期甚至不得不以海關關稅為抵押向國外銀行貸款，由于耗資巨大，清政府後來對鐵路修建和海軍建設的投入捉襟見肘，也為甲午海戰的失利埋下了禍根。
最後用左宗棠的一句話總結，“不論漢回，隻分良匪”。任何形式的反人類暴行和分裂國家的行為都将被釘在曆史的恥辱柱上。