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MBR膜元件有間歇式過濾和簡單的連續過濾兩種過濾方式。通常采用間歇式過濾，有時也會采用較簡單的連續過濾方式。不管采用哪種方式，在過濾運作時曝氣必須是連續進行的。
當采用間歇過濾方式時，系統過濾一定時間後，會暫停一小段時間，此時曝氣仍然連續進行，如下圖所示。
停止過濾時的曝氣可以有效的清潔膜表面，盡管過濾的啟動和停止需要自動控制裝置，但是間歇過濾仍然是推薦的過濾方式，因為其可以保證膜過濾工藝更加有效和穩定。
推薦的間歇過濾周期為：9min運轉，1min停止。
01 MBR膜過濾流程
MBR膜過濾流程包含兩種，一種是利用水頭差驅動的重力式過濾，另一種是靠泵抽吸驅動的過濾。
任何情況下，在膜池前都需要安裝精度為3.0mm或者更小的細格栅，否則膜元件可能被原水中帶來的垃圾嚴重污堵。
建議在MBR工藝之前設定足夠容量的緩沖池（水力均質池），進而能夠平衡BOD負荷與過濾水量之間的關系，進而保證生物處理和膜過濾工藝的穩定性。
（1）重力式過濾的配置
重力式過濾是利用從膜池液面到過濾水出水口間的高度差所産生的天然水頭差作為過濾産水的驅動力（如下圖所示）。
為了保證過濾時足夠的吸水壓力，進而能夠克服管道閥門的水頭損失，通常情況下産水口的設計應該低于膜池液位（一般低于液位3m或更多）。
建議集水管到出水口的設計采用直接穿牆布管，同時建議産水管出口處能夠設計成U 型進而能夠進行管路水封。
過濾流量由自動控制閥（産水控制閥門）控制。當反應池内的水位到達低液位時，停止過濾出水；如果到達高液位時，停止進原水。
在重力過濾時，聚集在配管内的空氣，會嚴重減少有效水頭，每天需實施至少1次排空氣操作，否則有效水頭将急劇衰減。
應在産水管路最高點設定空氣排放口，并在排氣口之前安裝自動排氣閥。停止過濾并完全關閉産水閥，然後打開空氣排放閥幾分鐘，空氣就非常容易的被排出去。
（2）泵抽吸式過濾的配置
利用泵抽吸進行過濾的流程如下圖所示。
産水流量由流量計和帶自動調節閥門的水泵來控制或者由流量計和帶變頻控制的水泵來控制。
此外，如果反應池内的水位達到低液位時，停止過濾出水；如果達到高液位時，停止進原水。
在泵抽吸運轉的一些案例中，需要安裝一些裝置用于排放産水管内聚集的空氣。一些比較常見的方法有：真空泵、水射器或者人工灌注。
02 膜過濾系統必要的裝置
膜過濾過程所需的主要外圍裝置如下所述：
a. 細格栅
為了保護膜、防止堵塞，請使用3mm以下的格栅為膜生物反應器的原水進行預處理。
推薦使用金屬格網，同時避免任何時候發生溢流和穿透。
b. 流量控制裝置
在産水管路上設定流量控制裝置，可以是與産水流量計聯鎖的自動調節閥門，或者是與産水流量計聯鎖的變頻抽吸泵。
如果一列膜池中包含多系列膜元件，建議在一列膜系統上安裝一個流量控制裝置即可。
c. 跨膜壓差的測定和計算
跨膜壓差是通過測定膜内外的壓力（在産水管路和在膜池中的壓力）值并經過計算得到的，可以選擇在産水管和膜池上分别安裝壓力表或壓力變送器，并經PLC計算後直接讀出，也可以選擇使用壓差計。
d. 空氣供給裝置 (如鼓風機等)
空氣供給裝置的作用是供給用于曝氣的空氣。每一台膜元件的空氣供給量依據廠家技術手冊中所示的膜元件标準曝氣量標明。
e. 氣體流量計
推薦采用氣體流量計來監測空氣量。如果每列膜池中包含多個系列膜元件，建議在每列膜系統上至少安裝一個氣體流量計。
f. 抽吸水泵
在泵抽吸過濾模式中，抽吸泵是必要的。由于精确産水流量控制的需要，抽吸泵需要變頻控制。
推薦采用帶有自吸功能的蝸殼泵（離心泵）或者采用帶有自吸功能的容積泵（螺杆泵）。
g. 液位傳感器
液位計是必要的，安裝在膜池中用來監測膜池液位，并用來在PLC上計算跨膜壓差。
h. 虹吸破壞管
在泵抽吸運轉且産水排放口低于膜池的案例中，可能出現由于虹吸現象，過濾不會因為水泵的停止而停止。
要防止這種虹吸情況的發生，必須在産水泵後安裝虹吸破壞管。