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“首家向使用者開放免費注冊的生物序列商業資料庫。”
來源：IPRdaily中文網（iprdaily.cn）
引言
FTO（Freedom to Operate）專利檢索與分析是醫藥企業評估專利侵權風險的有效手段，充分掌握并實施FTO專利檢索與分析有助于醫藥企業更好地降低風險、減少損失。在進行FTO調查的過程中，檢索資料庫的選擇至關重要。FTO檢索是查全性檢索，如果選擇的資料庫檢索不全面，就會增加一定的侵權風險，是以保證檢索式命中結果的全面性和準确性，至關重要。
在生物醫藥領域FTO專利檢索中，除了利用專利資料庫建構檢索式外，對于生物序列的檢索，還要使用特定的生物序列檢索工具進行檢索。
2023年6月，智慧芽旗下生物序列資料庫（簡稱"Bio"）重磅上線全球首個通式序列比對算法，檢索專利中隐藏的“萬億序列”的通式序列。同年10月，Bio免費版正式上線并開放注冊。
一、通式序列檢索輻射萬億序列
背景：專利撰寫人員會在序列中引入簡并符、通配符和運算符等資訊，并通過大段解釋性文檔描述這些符号的具體參數。通式序列并不具備生物學意義，它主要用于擴充專利的保護範圍并設定搜尋障礙。傳統的序列同源性比對算法并沒有考慮到這種通式序列的情況，是以使用傳統算法進行搜尋存在漏檢風險，無法找出所有潛在目标序列。
根據智慧芽生物序列資料庫統計顯示，在全球專利文獻中，這種特殊的通式序列數量并不低：核酸約740萬條，占總核酸數的7.12%；蛋白序列131萬條，占總蛋白序列數的7.55%。這表明大量的通式序列，由于特殊符号的存在，會對檢索結果産生影響，對于序列FTO來說風險非常高。
例如，查詢序列
"EVGSYPAPSDACPSDYFYCDASGRSAGGGGTENLYFQGSGGS"，
在命中目标序列時，
"EVGSYXXXXX XCXXXXXXCX XSGRSAGGGG TENLYFQGSG GS"。
使用傳統序列方式檢索，BLAST算法的相似度僅為67%，但實際上相似度為100%。這種生物序列通過正常算法搜尋會導緻兩種情況：要麼序列無法搜尋，要麼由于相似度低于門檻值而被排除在結果之外。無論哪種情況，都會給序列搜尋人員帶來不便，無法友善地與權利要求進行同源性比較，甚至會漏檢關鍵序列資訊。
為了解決通式序列帶來的漏檢風險，智慧芽算法工程團隊利用自研的NLP、CV、實體識别、指代消解等技術，建構了深度學習模型，用于識别和解析序清單和專利全文中的通式序列及其取代資訊，并建立了通式序列檢索庫。
圖：智慧芽生物序列資料庫通式序列檢索入口
該庫通過特殊的序列比對算法，在通式序列檢索時不僅能夠搜尋這類序列，還能傳回真實的相似度。智慧芽的通式序列檢索解決方案能夠進一步降低在專利FTO和查新工作中的漏檢風險。
圖：智慧芽生物序列資料庫通式序列檢索示意
二、Bio免費版全面開放注冊
常見的公共免費序列檢索資料庫，往往存在專利資料收錄不全、算法以及保密等問題，不适合用于嚴謹的防侵權分析。是以，在進行FTO專利檢索與分析時，常選擇資料收錄和算法均能滿足防侵權分析的商業資料庫進行序列檢索。智慧芽Bio作為主流商業資料庫之一，今年10月重磅宣布免費版正式上線并開放注冊。歡迎新老使用者掃碼注冊使用！
無論您是緻力于開發新型癌症治療方法的生物科學家，希望了解可能影響藥物反應的不同序列變異，還是需要進行成果序列可專利性分析及FTO工作的知識産權律師，智慧芽生物序列資料庫均是幫助您解鎖和了解複雜生物序列的重要工具。
免費版權限：正常搜尋、短序列搜尋、Motif搜尋各5次、可使用變異過濾檢視變異報告、可檢視來自序列索引專利、序列索引公開庫、人工标注序列的50條序列詳情。
免費版申請及使用入口：bio.zhihuiya.com
資料全面準确：智慧芽生物序列資料庫收錄海量全球生物序列相關資料，并基于AI與人工标注資料，高效保障準确性，滿足使用者的序列檢索分析需求。
功能豐富：
功能：通式檢索、正常檢索、短序列檢索、Motif搜尋、片段搜尋、組合檢索、抗體搜尋、藥物/基因索引
工具：序列助手、序列比對、工作空間、郵件提醒、sequence_suite、進階設定、過濾篩選
圖：智慧芽生物序列資料庫功能
圖：抗體檢索結果
圖：序列助手示意圖
檢索清晰便捷：檢索簡單易上手，界面友好，資料庫部分界面截圖如下：
為了提升您的檢索體驗
電腦端請通路生物序列資料庫官網
bio.zhihuiya.com
（原标題：智慧芽生物序列資料庫「通式序列+免費版」王炸組合等你來！）
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來源：IPRdaily中文網（iprdaily.cn）
編輯：IPRdaily辛夷 校對：IPRdaily縱橫君