這次大火在官方資料中火災隻記錄了少數的死亡人數，死者包括：引起火災的面包師的女仆；舒爾大街上的鐘表匠保羅·洛厄爾；一個從聖保羅教堂中搶救出了一條毛毯，卻被煙霧嗆死的老人；還有兩個試圖搶救出谷物和财物，卻被困在地窖中的人。
“這些記錄在案的都是實實在在的體面公民。
成千上萬生活在地窖、較高價的電梯大廈、棚屋、茅舍裡無财産的窮人，居住在避難所的犯人，在當時都沒有記錄他們來往或者他們的過去”。
漢森（Hanson）不同意隻有少數人死亡的觀點，他認為造成死亡的原因除了一氧化碳（這是火災死亡主要原因，在空氣中濃度低至千分之一的情況下也可能是緻命的）和被火直接燃燒緻死之外，還有人很多因為災後房屋倒塌、遭受到了露天生活中的艱難困苦所帶來的緻命疾病、街頭遭受到暴力行徑（主要指天主教和外國人）等死亡原因沒有被記錄進去。
現代法醫學顯示，高溫可以導緻屍體蒸發，是以很可能許多人沒有留下任何痕迹就死去了。
原本城市裡存放的木材、織物、茅草，還有河邊地區存儲的油、瀝青、煤、脂、糖、酒精、松節油和内戰遺留火藥等物品，加大了火勢。
而且大火風暴中心的溫度遠高于一般房屋着火的溫度，火的高溫融化了堆積在碼頭沿線的進口鋼（它們的熔點在1，250°C至1，480°C之間）和城市大門上的大鐵鍊和鎖（它們的熔點在1，100°C至1，650°C），這表明高溫能夠充分的消耗掉屍體，或者僅僅是留下一點骨骼的碎片。
而且火災之後，幸存者再一次遭受了驚吓、饑餓和暴露的沉重的打擊。
火後，他們優先考慮的事情尋找食物、飲用水和住所，當生存的事業消耗了他們所有的時間和精力時，很少有人再去尋找失蹤的鄰居、朋友和親戚的下落。
“實踐證明，火災後任何記錄或統計死亡和失蹤人數的嘗試都失敗了。”“另外隻有五十分之一的倫敦公民能夠識字，可以閱讀有時釘在房屋廢墟上的羊皮紙，以尋求失蹤家庭的消息。”
漢森提出“根據幾個世紀以來其他大城市火災的經驗，大火是以極快的速度侵襲了窮人的住所，肯定會使一些老人、無獨立能力的孩子、跛腳之人無法脫逃，他們屍體的遺骸和骨灰埋藏在地窖瓦礫之下。
這次大火所造成的死亡人不是4個人或者8個人，而有可能是幾百甚至應該當是上千人的死亡數。”
據彼得·阿克羅伊德著，翁海貞譯的《倫敦傳》中的記載：“當時大多數監獄的牢房設在地下，很難去相信所有囚徒都被釋放出來逃生了。
他們不是更可能被燒死或窒息而死？官方報告的死亡人數是六人，但這個低的非同尋常的數字，或許旨在混淆由于官方渎職所導緻的人命。
那些囚徒在監獄鐵欄杆融化之後逃生了？那麼，餘下逃不出去的呢？”
在财産方面，據維基記載，有13500棟房屋（houses）、87個教區教堂（parishchurches）、44間同業公會大廳（CompanyHalls）、皇家交易所（RoyalExchange）、海關大樓（CustomHouse）、聖保羅大教堂（StPaul'sCathedral）、濟貧院（BridewellPalace）和其他城市監獄（Cityprisons）、總通信辦公室（GeneralLetterOffice）,以及西部三座城大門路德蓋特（Ludgate）、紐蓋特（Newgate）和奧爾德斯蓋特（Aldersgate）被毀。
損失的貨币價值最初估計為當時的1億英鎊，後來降至不确定的1000萬英鎊(相當于2016年度的15.5億英鎊)。在伊斯靈頓和海格蓋特的田野裡有“多達20萬無家可歸者，躺在他們拯救的貨品堆裡”。
蒂特勒·羅伯特在《英國雜志研究》2007年7月第3期的《倫敦大火後的英國城市複興：城市、文化與社會再思考》一文中指出：“1666年倫敦大火是倫敦遭遇第二次世界大戰德國大轟炸之前最嚴重的災難。三天半的強風大火，摧毀了85%的城市。
包括大約13，200棟房子，52個公司大廳，87座教堂，還有聖保羅大教堂、家交易所、市政廳和其它古老的地标性建築。它使65000到80000人無家可歸。這場無與倫比的災難給治理和重建帶來了巨大的挑戰。”
這一次火災激化了宗教沖突，須放在英國宗教改革和英國曆史中新教徒反天主教情緒的發展中去了解。
查理本人主張宗教信仰自由，不但法國籍母後亨利埃塔·瑪麗亞是天主教徒，他還在1662年迎娶了天主教國家葡萄牙公主、布拉幹薩的凱瑟琳為王後，大批外國天主教徒以随員的身份來到倫敦，王弟詹姆士也已皈依天主教。
再加上查理流亡期間有不少天主教徒特别是愛爾蘭人追随，複辟之後他們成了官場勢力的重要力量。一時之間，倫敦的宮廷、議會、軍隊到處都有天主教徒的身影。
然而，這場1666年的倫敦大火重新點燃了英格蘭社會的反天主教情緒。
