可變剪切可視化 rmats2sashimiplot (python=2.7，conda update conda)
官網流程：
https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot（打開的時候開VPN）
1、安裝：
可以用conda安裝
conda install -c bioconda rmats2sashimiplot
安裝好之後輸入
rmats2sashimiplot -h
出現幫助文檔即可以使用
按照官網給的方法安裝：
（1）下載下傳安裝包到本地，并解壓好，将解壓好的檔案拖到伺服器中
（2）安裝依賴：
conda install 安裝即可
（3）進入到rmats2sashimiplot-master的檔案夾裡，給**
setup.py 777
的權限，執行
python ./setup.py install
** 安裝rmats2sashimiplot
（4）輸入**
rmats2sashimiplot -h
** 出現幫助文檔，即可使用
2、運作：
用sam檔案：
rmats2sashimiplot --s1 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_1.sam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_2.sam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_3.sam --s2 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_1.sam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_2.sam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_3.sam -t SE -e ./rmats2sashimiplot_test_data/SE.MATS.JC.txt --l1 SampleOne --l2 SampleTwo --exon_s 1 --intron_s 5 -o test_events_output
用bam檔案：
1、帶 -c 坐标的：
rmats2sashimiplot --b1 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_1.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_2.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_3.bam --b2 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_1.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_2.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_3.bam -c chr16:+:9000:25000:./rmats2sashimiplot_test_data/annotation.gff3 --l1 SampleOne --l2 SampleTwo --exon_s 1 --intron_s 5 -o test_coordinate_output
1、bam檔案為hisat2 比對得出的bam檔案
2、給檔案sort以下，并給sort好的bam檔案建索引
3、使用sort之後的sort_bam檔案，進行rmats2sashimiplot 可視化
4、-c 座标後面的參考基因組注釋檔案用 gff 3格式，并且和所要用的bam檔案放在同一個目錄下，即
-c 染色體：起始：終止-1：正負鍊：./參考基因組注釋檔案
5、這裡的需要可視化SE.MATS.JC.txt的文檔，裡面有幾條内容，就會生成幾個圖檔，是以需要自己去挑選一下，挑選的時候，盡量不要選存在 NA 的值。
運作代碼：
rmats2sashimiplot --b1 ./sample1_sort.bam,./sample2_sort.bam,./sample3_sort.bam --b2 ./1_sort.bam,./2_sort.bam,./3_sort.bam -c chr16:+:9000:25000:./annotation.gff3 -t SE -e /www/data/gaoshuang/cleanData/hisat2-bam/output_b8/SE.MATS.JC.txt --l1 SampleOne --l2 SampleTwo --exon_s 1 --intron_s 5 -o test_coordinate_output
不帶-c座标：
rmats2sashimiplot --b1 ./sample1_sort.bam,./sample2_sort.bam,./sample3_sort.bam --b2 ./1_sort.bam,./2_sort.bam,./3_sort.bam -t SE -e /www/data/gaoshuang/cleanData/hisat2-bam/output_b8/SE.MATS.JC.txt --l1 SampleOne --l2 SampleTwo --exon_s 1 --intron_s 5 -o test_coordinate_output
2、不帶 -c 坐标的：（輸出的圖檔同sam檔案）
rmats2sashimiplot --b1 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_1.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_2.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_3.bam --b2 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_1.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_2.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_3.bam -t SE -e ./rmats2sashimiplot_test_data/SE.MATS.JC.txt --l1 SampleOne --l2 SampleTwo --exon_s 1 --intron_s 5 -o test_grouped_output
–s：輸入的檔案格式為sam檔案（參考組和對照組），每個sam檔案前面都要帶路徑
–b：輸入的檔案格式為bam檔案（參考組和對照組），每個bam檔案前面都要帶路徑
-t：輸入的可變剪切事件的類型
-e：rmats定量輸出的結果檔案，如果-t是SE，則這部分輸入的為SE.MATS.JC.txt 檔案
–l1，–l2：輸出的對照組和參考組對應的名字（可以自己起）
-o：輸出的檔案名稱
-c：染色體的座标 （染色體：正負鍊：開始：終止： + gff3格式的注釋檔案） 這個座标應該可以根據sam檔案輸出的結果txt表格中，去檢視
使用過程中，缺少
libgfortran.so.1
，出現以下問題的解決方法：
解決方法：
conda install libgfortran==1
可視化的檔案在plot的檔案裡，為pdf