轉錄組分析_轉錄組

技術簡介

轉錄組是某個物種或特定細脃類型産生的所有轉錄本的集合。轉錄組研究能夠從整體的水準研究基因的功能以及基因的結構，

揭示特定生物學過程以及疾病發生過程中的分子機理，已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。

基于Illumina高通量測序平台的轉彔組測序技術，能夠在單核苷酸水準對任意物種的整體轉錄活動進行檢測，在分析轉錄本的結構和表達水準的同時，還能發現未知轉錄本和稀有轉錄本，

精确地識别可變剪切位點以及cSNP(編碼序列單核苷酸多态性)，提供最全面的轉錄組資訊。相對于傳統的晶片雜交平台，轉錄組測序無霈預先針對已知序列設計探針，

即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測，提供更精确的數字化信号，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測範圍，是目的深入研究轉錄組複雜性的強大工具。

實驗流程

RNA片段化處理→反轉錄合成cDNA→DNA測序接頭連接配接→PCR擴增文庫→深度測序→圖像識别→RNA序列資訊

分析内容

一、原始測試資料

二、測序評估及低品質過濾

1、無參轉錄組

1.1、Unigene的組裝和功能注釋

1.2、Unigene的編碼蛋白框CDS預測

1.3、SSR/SNP位點尋找

1.4、Unigene表達量差異分析

1.5、GO功能顯著性富集、Kegg通路顯著性富集

2、有參轉錄組

2.1、對比到參考基因組

2.1.1、可變剪切分析

2.1.2、基因融合分析

2.1.3、SNP/InDel分析

2.2、基因拼接與注釋

2.3、基因差異表達分析

2.3.1、蛋白互作網絡

2.4、GO功能顯著性富集、Kegg通路顯著性富集

送樣要求

RNA樣本

1、樣本總量：建議送樣量≥10ug，對于總量≥1ug的樣本可以采用風險建庫；

2、樣本濃度：最低50ng/ul；

3、樣本純度：OD260/280=1.80-2.00，RIN≥7.0；

4、樣本儲存期間切忌反複凍融，送樣時請使用幹冰運輸。

cDNA樣本

1、樣本總量：送樣量≥2ug；

2、樣本濃度：最低10ng/ul；

3、樣本純度：OD260/280=1.80-2.00，RIN≥7.0；

4、樣本儲存期間切忌反複凍融，送樣時請使用幹冰運輸。

案例分享：Genome Res:轉錄組測序發現大量低表達豐度的新轉錄本

研究目的

利用高通量測序技術研究水稻轉錄本。

材料方法

8個不同的水稻組織，采用單端+雙端的測序政策。

研究結果

通過與水稻cDNA資料庫比對，發現這些新轉錄本主要是低豐度轉錄本。這表明相對于傳統方法，轉錄組測序能發現更多的低豐度基因(如下圖所示)。

轉錄組測序與cDNA測序相比可以發現更多低拷貝轉錄本

A.新鑒定轉錄本長度分布B.新轉錄本與cDNA基因表達水準比較圖

參考文獻

Zhang GJ,GuoGW, Hu XD, et al. Deep RNA sequencing at single base-pair resolution reveals high complexity of the rice transcriptome. Genome Res, 2010, 20:646-654.