＜轉錄組＞使用fastp對NCBI下載下傳的SRA資料進行質控

1 、fastp軟體的安裝

wget http://opengene.org/fastp/fastp

chmod a+x ./fastp
           

2、資料質控

雙端測序

fastp -i NCBI/2_fq/SRR13413579_1.fastq.gz -o NCBI/2_fq/SRR13413579_1clean1.fastq.gz -I NCBI/2_fq/SRR13413579_2.fastq.gz -O 2_fq/SRR13413579_2clean1.fastq.gz --compression 9
           

參數設定：

-z 5 設定gzip壓縮級别，預設4,1~9 1快-9小

--json 設定輸出json檔案名

--html 設定輸出html檔案名

3、批量處理資料(以PBS作業送出伺服器）

cat fastp.pbs

#PBS

#PBS -N fastp

#PBS -l nodes=1:ppn=5

#PBS -q batch

#PBS -o /luxm/NCBI

#PBS -e /luxm/NCBI

#!/bin/bash

for i in 655 868 874 879 918 924;do

{

software/fastp -i /NCBI/2_fq/SRR3823${i}_1.fastq.gz -o /NCBI/2_fq/SRR3823${i}_1clean.fastq.gz -I /NCBI/2_fq/SRR3823${i}_2.fastq.gz -O NCBI/2_fq/SRR3823${i}_2clean.fastq.gz -h NCBI/2_fq/SRR3823${i}.hxml -j NCBI/2_fq/SRR3823${i}.json

}

done
           

參考連結

https://github.com/OpenGene/fastp#or-download-binary-only-for-linux-systems-httpopengeneorgfastpfastp

https://www.jianshu.com/p/762601f91539