生信自學筆記（一）：概述

想涉獵生物資訊學已經很久了，隻是苦于平時作業繁重，沒有連續的時間坐下來好好學習。好不容易捱到暑假，是時候補一波知識了。

自學教材：《生物資訊學》（樊龍江主編）

當初在圖書館找教材，找了好幾種，出版社不同，年代不同，裝幀風格也非常不一樣。迷茫的我就去請教了研究所學生師姐，然鵝她說課本這種東西都是大同小異的，于是我果斷選了顔值最高同時也是出版最新的一本書 (2015 應該算是很新的了)。現在想想，可能還有一個因素是因為這是浙大的老師寫的，雖然因為自己水準菜沒去成，但所謂 “雖不能至，心向往之”，或多或少還是有一絲執念吧。

課本的第一部分就是對這門學科的介紹，寫得很清晰，看起來也頗有意思，濃縮一下，大概就是這麼幾句話：

• 分子生物學研究的飛躍帶來了生物資訊的劇烈膨脹，并形成了巨量的生物資訊庫，促成了生物資訊學這一全新研究領域的誕生。
• 生信的研究對象即生物資訊包含有多種類型，如分子序列資料、蛋白質二級結構和三維結構。它們直接構成了初級資料庫。而根據這些資料建立起來的功能區、二級結構、疏水位點等等，構成了所謂的二級資料庫。
• 生信的主要内容可以概括為：新算法和統計學方法研究 + 各類資料的分析和解釋 + 研制有效利用和管理資料的新工具。
• 生信的具體研究領域有：序列聯配、基因預測、基因組拼接、藥物設計和篩選、蛋白質結構預測、基因表達和蛋白質互作預測、全基因組連鎖和進化分析等。
• 生信研究的基本思路是和生物學的基本思路一脈相承的，即先提出假設，再去檢驗假設是否正确，大概和統計學裡面的假設檢驗有異曲同工之妙。

• 權威期刊：《Bioinformatics》

  第二部分，則着重闡述了一個合格的生物資訊學家所應該具備的基本技能：

• 具備分子生物學的核心知識。
• 了解中心法則。
• 掌握 1~2 個用于序列分析或模型的主要分子生物學網站。
• 熟練計算機指令行。

• 會使用 C/C++/PERL/Python

  我現在可能隻在程式設計語言和指令行方面有些許基礎，其他方面還是兩眼一抹黑。即使是程式設計語言，我也不敢說自己 “會了” 或是“懂了”，畢竟隻是會了一些最基本的操作，要達到了解精髓，還有很長的一段路要走。

  目前發展方向：

  • 大基因組組裝算法。
  • 大基因組注釋。
  • 比較基因組與進化分析。
  • 大基因組重測序資料分析核心技術。
  • RNA 分析技術。