RStudio裡面package存放路徑更改及GEOquery包下載下傳和GEO資料下載下傳

一、首先是我的R和RStudio都不是預設安裝路徑，是安裝在其他盤。很讨厭把東西都放在C槽，是以RStudio下載下傳的package也不喜歡放在C槽，于是按照下面操作更改package存放目錄。

1.打開RStudio，在控制台輸入.libPaths()，會顯示如下結果，這是預設的package存放目錄。

.libPaths()
#[1] "C:/Users/chan/Documents/R/win-library/4.0"
#[2] "D:/Program Files/R/R-4.0.0/library"
           

2.輸入

file.edit('~/.Renviron')
           

就會打開.Renviron配置檔案，在這個檔案輸入這句代碼

R_LIBS_USER="D:/rpackage"
           

其中rpackage這個檔案夾是自己在D盤建立的。儲存該檔案，然後關閉RStudio，重新啟動。再次在控制台輸入.libPaths()，得到如下結果：

.libPaths()
#[1] "D:/rpackage"                        
#[2] "D:/Program Files/R/R-4.0.0/library"
           

我們可以看到package的存放目錄更改為自己建立的檔案目錄了。

二、GEOquery包的下載下傳

1.在install package裡面直接輸入GEOquery不能下載下傳成功，會出現這樣問題。

2.去查找百度，一個類似問題，别人是安裝impute包失敗，報錯：package ‘impute’ is not available (for R version 3.6.1)。連結：https://blog.csdn.net/helloworld987456/article/details/105473770/

借鑒人家的，然後找到了GEOquery的新安裝方式，發現這段代碼主要針對3.6以上的R版本我運作成功。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GEOquery")
           

參考連結：https://www.jianshu.com/p/09fe8733971b