MyISAM索引實作
MyISAM引擎使用B+Tree作為索引結構，葉節點的data域存放的是資料記錄的位址。下圖是MyISAM索引的原理圖：
這裡設表一共有三列，假設我們以Col1為主鍵，則上圖是一個MyISAM表的主索引（Primary key）示意。可以看出MyISAM的索引檔案僅僅儲存資料記錄的位址。在MyISAM中，主索引和輔助索引（Secondary key）在結構上沒有任何差別，隻是主索引要求key是唯一的，而輔助索引的key可以重複。如果我們在Col2上建立一個輔助索引，則此索引的結構如下圖所示：
同樣也是一顆B+Tree，data域儲存資料記錄的位址。是以，MyISAM中索引檢索的算法為首先按照B+Tree搜尋算法搜尋索引，如果指定的Key存在，則取出其data域的值，然後以data域的值為位址，讀取相應資料記錄。
MyISAM的索引方式也叫做“非聚集”的，之是以這麼稱呼是為了與InnoDB的聚集索引區分。
InnoDB索引實作
雖然InnoDB也使用B+Tree作為索引結構，但具體實作方式卻與MyISAM截然不同。
第一個重大差別是InnoDB的資料檔案本身就是索引檔案。從上文知道，MyISAM索引檔案和資料檔案是分離的，索引檔案僅儲存資料記錄的位址。而在InnoDB中，表資料檔案本身就是按B+Tree組織的一個索引結構，這棵樹的葉節點data域儲存了完整的資料記錄。這個索引的key是資料表的主鍵，是以InnoDB表資料檔案本身就是主索引。
上圖是InnoDB主索引（同時也是資料檔案）的示意圖，可以看到葉節點包含了完整的資料記錄。這種索引叫做聚集索引。因為InnoDB的資料檔案本身要按主鍵聚集，是以InnoDB要求表必須有主鍵（MyISAM可以沒有），如果沒有顯式指定，則MySQL系統會自動選擇一個可以唯一辨別資料記錄的列作為主鍵，如果不存在這種列，則MySQL自動為InnoDB表生成一個隐含字段作為主鍵，這個字段長度為6個位元組，類型為長整形。
第二個與MyISAM索引的不同是InnoDB的輔助索引data域存儲相應記錄主鍵的值而不是位址。換句話說，InnoDB的所有輔助索引都引用主鍵作為data域。例如，下圖為定義在Col3上的一個輔助索引：