FlowJo是一款專業的流式細胞分析軟體，這款軟體是流式領域最受推薦的一款專業分析軟體，适合醫學類的學生使用。軟體能夠幫助使用者輕松了解了解細胞的狀态變化, 擁有流動室和液流驅動系統，光電轉換器和資料處理系統等先進的科學技術。
軟體特色：
1.單标樣本
單标記樣本資料常用的顯示方式是單參數直方圖。通常橫坐标可以是線性标度或對數标度，代表着所檢測的熒光或散射光的強度；縱坐标表示的是橫坐标某一特定熒光強度的細胞數，有時也用相對百分比來表現。
以3 color comp 檔案夾中的CyPE comp.fcs進行分析示範。将此檔案夾移至桌面，并把該資料檔案夾從桌面拖入Flowjo中的組空間中。
在組空間中單擊選中“3 color comp”組，此時在樣本空間裡顯示“3 color comp”組中的所有樣本。而後在樣本空間中輕按兩下“Cy5PE comp.fcs”，出現圖形視窗。
此為二維點圖，X軸選擇SSC(側向散射，細胞内顆粒結構越複雜，品質越大，SSC越大，反之越小。)Y軸選擇FSC(前向散射，細胞越大，FSC越大；反之越小。)
選擇設門工具(矩形門、橢圓門、多邊形門、自動門)中的任意一個，在二維點圖中選中淋巴細胞。
在圖形視窗中輕按兩下選中的淋巴細胞，生成新的圖形視窗。在X軸選擇Cy5PE:CD4，Y軸選擇Histogram，選擇設門工具(區域門、雙分門)中任意一個，在單參數直方圖中設門。
2.多色标樣本
多色标記樣本，包含雙标記、三标記及以上的樣本。橫坐标和縱坐标分别代表與細胞有關的兩個獨立參數，平面上的每一個點表示具有相應坐标值的細胞。
以三标記樣本為例，選擇3-color-experiment檔案夾中的931115-B02-Sample01.FCS進行分析示範。同樣，在在樣本空間中輕按兩下“931115-B02-Sample01.FCS”樣本，出現圖形視窗，顯示為二維點圖。X軸選擇FSC，Y軸選擇SSC。然後選擇多邊形設門工具，在二維點圖中選中淋巴細胞。
輕按兩下淋巴細胞門，出現圖形視窗，X軸選擇Fluor::CD3，Y軸選擇FSC。使用矩形設門工具選中CD3陽性細胞，設門并命名為T細胞。
輕按兩下T細胞門，出現圖形視窗，在X軸選擇Cy5PE::CD4，Y軸選擇PhyEry::CD8，使用十字門工具設門(拖動滑鼠将四分門移到目标位置即可，一般根據細胞分群的趨勢，四分門的界定線可設在陰性、陽性細胞的分群處)，如下圖所示：
Q1：CD8單陽性細胞，為CD8+ T細胞
Q2：雙陽性細胞
Q3：CD4單陽性細胞，為CD4+ T細胞
Q4：雙陰性細胞
3.細胞凋亡(Cell apoptosis)
拖入凋亡樣本，輕按兩下原始資料打開圖形視窗。X軸選擇FSC-A，Y軸選擇SSC-A。分析凋亡的細胞選擇上圖所示的細胞群體進行分析。細胞碎片不予分析。
在SSC/FSC圖中輕按兩下“分析的細胞群體”，X軸選擇FITC,用來表示AnnexinV-FITC。Y軸選擇PE-Texas,用來表示PI。用四分門設門工具界定活細胞和凋亡細胞。如下圖所示：
Q1：(AnnexinV-FITC)-/PI+，此區域的細胞為壞死細胞。也可能有少數的晚期凋亡細胞在其中，甚至機械損傷的細胞也包含其中。
Q2: (AnnexinV+FITC)+/PI+，此區域的細胞為晚期凋亡細胞。
Q3：(AnnexinV-FITC)+/PI-，此區域的細胞為早期凋亡細胞。
Q4：(AnnexinV-FITC)-/PI-，此區域的細胞為活細胞。
通常統計細胞凋亡率時采用Q2+Q3，晚期凋亡＋早期凋亡群(即所有AnnexinV陽性群)。
4.細胞周期(Cell Cycle)
細胞周期的檢測是流式細胞儀最為廣泛的應用之一。細胞周期是指以有絲分裂方式增殖的細胞從親代分裂結束到子細胞分裂結束所經曆的過程。通常由G1期、S期、G2期和M期組成。細胞在G1期完成必要的生長和物質準備，在S期完成染色體DNA的複制，在G2期進行必要的檢查和修複，以保證DNA複制的準确性。在M期完成遺傳到子細胞中的均等配置設定，使細胞進行分裂。
細胞周期檢測中PI最為常用。PI為插入性核酸熒光染料，能選擇性的嵌入核酸DNA和RNA雙鍊螺旋的堿基之間與之結合，其結合的量與DNA的含量成正比例關系，用流式細胞儀進行分析，就可以得到細胞周期各個階段的DNA分布狀态，進而計算出各個期的百分含量。
以cell cycle 檔案夾中的5206.001，PI标記為例，設門選取目标細胞群體，将細胞碎片排除在外。即輕按兩下工作台中的5206.001樣本，打開圖形視窗。X軸選擇FSC-H，Y軸選擇SSC-H，細胞碎片位于左下角的位置，設門選中目标細胞，如下圖：
設門選中要進行細胞周期分析的單細胞群體，排除粘連細胞(粘連在一起的雙細胞或多細胞團塊等)的影響。X軸選擇FL2-W(width)，Y軸選擇FL2-A(area)，設門方式如下圖：
BD的流式儀采集的資料：在進行周期分析的時候，通常是采用FL2-A與FL2-W(或者FL2-A與FL2H)進行設門。
Beckman的流式儀采集的資料：X軸選擇FL3-LIN,用來表示PI的線性信号。Y軸選擇FL3-PEAK,用來表示PI的峰值信号。設門方式如下圖：
在FlowJo工作台中選中“單細胞群體”這個節點，在菜單欄的“工具”中選擇“細胞周期”，打開周期分析視窗。得到G1期、S期、G2期細胞百分比，G1期CV值和G2期CV值等資料。
圖中粉色的曲線是周期拟合的模型曲線，黑色的為樣本曲線。理想狀況是粉色和黑色曲線吻合一緻為最佳。拟合的好壞可以根據右邊的RMS值來判斷。RMS(root mean square error)值越小越好，當周期拟合的不好的時候，可以通過更換拟合模型(Watson和Dean-Jett-Fox)或者更改限制條件確定(G1是G2的兩倍)進行調整。
軟體特色：
階梯式設門
圖像呈現法
多種設門工具
強大的批量處理功能
多種分析平台及工具
熒光補償
靈活友善的資料導出