mirna富集分析_“MicroRNA7資料分析流程”大放送！

原标題：“MicroRNA7資料分析流程”大放送！

MicroRNA(miRNA)屬于smallncRNAs，是單鍊的短RNA，長度在22nt左右。MicroRNA是基因表達的主要調節分子。MicroRNA以序列互補的方式與特異靶mRNA結合，通過降解靶mRNA或抑制其蛋白翻譯調控靶基因的表達。MicroRNA不但在基本的生物過程，如發育、應激反應、代謝和基因組完整性維持等方面有基本而重要的調控作用；在疾病的發生發展全過程中，也發揮重要的調控作用。

今天小編就來跟大家講一下正常的mircoRNA表達譜晶片分析，全程幹貨，大家做好記錄哦。

分析流程：

分步流程：

※ 晶片預處理與标準化

※篩選差異表達microRNA

※microRNA聚類圖、火山圖以及熱圖等

※microRNA靶基因預測，基于多資料庫整合的靶基因預測以及上海豐核自主知識産權的預測軟體同時識别

※對預測的microRNA的靶基因進行GO富集分析通路富集分析等

常見個性化分析：

2、microRNA網絡分析

a) microRNA靶基因失調網絡，在疾病發生的過程中，某些microRNA可能失調了它的靶基因造成正常的調控功能異常，進而造成疾病的發生

b) microNRA功能協同作用網絡，正常機體中多個microRNA同時調控某一靶基因很常見，進而達到共同調控某種生命過程的目的，而在疾病個體中可能出現調控同一功能的microRNA同時出現了差異的表達，這種異常的協同作用可能是疾病發生的原因。下圖為一個示例協同作用網絡：

2、microRNA與其他晶片整合分

a) microRNA晶片與lncRNAs晶片結果聯合分析(ceRNA Analysis)。根據ceRNAs(competingendogenous RNAs，競争性内源RNAs)假說，mRNAs和長鍊非編碼RNAs(long non-codingRNAs，LncRNAs)間通過使用microRNA響應元件(microRNA responseelements，MREs)作為一種“語言”彼此間進行“通信”，形成一個複雜的調控網絡，在病理條件下(例如癌症)，發揮着重要的作用。通過聯合microRNA表達譜和Arraystar LncRNA晶片結果，能夠找出最有可能的ceRNA，并繪制ceRNA調控網絡。上海豐核資訊科技有限公司通過分析尋找感興趣的lncRNA 的ceRNAs，進而建構miRNA、lncRNA和ceRNA的調控網絡，進而揭示ceRNA通過競争性結合miRNA來調控目的lncRNA的新的調控模式。适用範圍：同時具有miRNA表達譜資料和LncRNA晶片資料的樣品。

b) microRNA與mRNA晶片整合分析。根據表達譜晶片結果和miRNA晶片結果聯合分析，進一步定位差異miRNA發揮功能的途徑以及相應的差異表達靶基因可能引起的生物學通路變化。首先利用差異表達的miRNA找尋靶基因，将其與表達譜中的差異表達基因取交集。這樣能找到既是差異miRNA的靶基因又在表達譜晶片中差異表達的基因，可以進一步縮小miRNA可能影響的基因的範圍，能夠更加準确地研究這些基因所發揮的生物學功能。适用範圍：同時具有mRNA表達譜資料和microRNA表達譜資料的樣品，一般情況下用于分析的差異miRNA數目應小于10個。

c) microRNAs與DNA甲基化晶片結果聯合分析。DNA甲基化和microRNA調控是兩種重要的表觀遺傳現象。研究表明，特定microRNA能夠作為惡性良性腫瘤抑制microRNA靶向DNA甲基轉移酶(DNAmethyltransferase，DNMT)。例如miR-29家族microRNA靶向DNMT 3A和3B，導緻全基因組DNA甲基化的改變。同時，抑癌microRNA的啟動子甲基化程度的改變也會影響癌症(例如多發性骨髓瘤)的發生。聯合 microRNAs和DNA甲基化晶片結果能夠研究兩者之間的複雜調控關系，更好地了解癌症發生的機制。适用範圍：同時具有microRNA表達譜資料和甲基化譜資料的樣品。

3、與臨床資料整合分析

今天的分享到這裡就結束啦

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