SSH雖然是安全外殼協定，但是也不能保證絕對的安全。如果管理者安全意識不夠或者SSH服務設定不完善，還是會留下許多漏洞給攻擊者以可乘之機。
（1）盡量使用基于密鑰的認證方式
盡量不要使用密碼進行登入，使用密碼登入尤其是弱密碼很有可能被攻擊者破解。使用密鑰進行認證，用戶端提供的是證書而不是密碼，減少了破解的可能性。
（2）禁止使用root使用者登入
由于root使用者權限高，使用root使用者遠端登入危險性高，而且密碼容易被暴力破解。以centOS系統為例，SSH的配置檔案在/etc/ssh/sshd_config路徑下，系統預設為允許root使用者遠端登入，需要改為no。
（3）更改端口号
SSH預設的端口号是22，如果使用預設端口号，攻擊者很容易掃描出22端口并确認此系統開啟了SSH服務。是以盡量更改為1024以上的端口，好處有二：一是避免與常用的端口号沖突，二是端口掃描工具預設不掃描高位端口。
（4）僅使用SSH協定2
由于SSH協定1存在設計缺陷，安全性不夠高，需要禁止使用SSH協定1，centOS系統已經預設禁止SSH協定1，使用者不用設定。如圖，提示需要顯示激活才能使用SSH協定1。
（5）MaxStartups設定
MaxStartups由三個值組成：start:rate:full，在centOS系統中，其預設值為10:30:100，意思為當未完成認證的連接配接數超過10時，新發起的連接配接将以30%的機率被拒絕，當未完成認證的連接配接數超過100時，則新連接配接全部被拒絕。
攻擊者可以利用此設定進行DDoS攻擊，攻擊者并發連接配接遠端伺服器，并且不輸入密碼，當未完成的連接配接數大于full時，則正常請求也被拒絕。解決辦法：提高start和full的值（針對手工DDoS有效，當對方用DDoS攻擊工具時，此方法無效）