【dMRI】desktop docker配置FSL工具鍊環境

1、自動下載下傳并啟動

docker run --rm -it -v "D:/USC/LONI-student-worker/FSL_workshop":/usr/src/app diannepat/fsl6 /bin/bash
           

該image很大，約13G，如果沒修改docker desktop路徑的話會自動下載下傳到C槽，需注意磁盤空間使用情況

設定為stop container後會自動删除，但因為設定了路徑映射，在/usr/src/app下産生的檔案會儲存在設定的Windows路徑下，不用擔心檔案丢失

2、檢視版本

flirt -version

3、這個docker image沒有pip

安裝python3.7 和pip3

apt-get update && apt-get -y install python3.7 python3-pip
           

檢視是否安裝

python3 -V
pip3 -V
           

不知為何測試出來是python3.6，但也沒關系了

3、一個很好的dwi教程

https://carpentries-incubator.github.io/SDC-BIDS-dMRI/

他們的github連結

https://github.com/carpentries-incubator/SDC-BIDS-dMRI

可以git下來，安裝requirement.txt的python包，用osf下載下傳一個資料，然後跟着教程玩耍即可