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醫學圖像格式

l  醫療資料有四個關鍵的組成部分:像素深度,光度解釋,中繼資料以及像素資料。

圖像大小= 頭部大小(包含中繼資料) + 行 x 列 x 像素深度 x 幀的數量

l放射生物圖像中主要有六種格式:DICOM(醫療中的數字圖像和通信),NIFTI(神經影像學資訊技術計劃),PAR/REC(飛利浦 MRI 掃描格式),ANALYZE(Mayo 醫療成像) ,NRRD(近乎原始光栅資料),MINC格式。

(1)    DICOM –digital imaging andcommunications in medicine

包括了檔案格式和能夠接收圖像和DICOM格式的病人資料的實體之間使用TCP/IP進行通信的協定

一個DICOM檔案包含檔案頭部和同檔案名的 *.dcm 圖像資料。檔案頭部的大小取決于它所提供的資訊多少。檔案頭包含:病人的ID,病人的姓名,圖像的模态以及其他資訊,它定義了幀的數量以及圖像的精度。

(2)    NIFTI—Neuroimaing InformaticsTechnology Initiative

NIFTI格式是為神經影像學發明的

主要特點是它包含兩個能夠将每個體素的索引( i , j, k)和它的空間位置(x , y ,z)關聯起來的仿射坐标。

NIFTI的圖像原始資料被存儲為3維圖像

(3)    NRRD—Nearly Raw Raster Data

靈活的NRRD格式包含了一個單獨的頭檔案和若幹個可以被結合在一起或者分開的圖像檔案。NRRD頭檔案為科學可視化和圖像處理準确地表征了N維光栅資訊。

NRRD格式表征擴散權重圖像(DWI)體積和擴散張量圖像(DTI)。

為了目視确認張量的方向和期望的神經解剖學的結構一緻,NRRD DWI 和 NRRD DTI 資料能夠被讀取為 3D 切片。

醫學圖像格式

Ø  Magic

NRRD0001: 初始和最基本的版本

NRRD 0002 : 增加key/value 對(鍵值對)

NRRD 0003: 增加“kinds”:field

NRRD 0004 : 加入“thicknesses”和“sample units”,added "thicknesses:" and "sample units" fields,general space and orientation information ("space:", "spacedimension:", "space directions:", "space origin:", and"space units:" fields) , and the ability for the "datafile:" field to identify multiple data files.

NRRD 0005: 加入“measurement frame”

Ø  句尾的符号“\r\n”表示windows建立的檔案  “\n”表示使用者建立的檔案;

Ø  "<field>: <desc>" 指定關于某個字段的資訊,每一行稱為“field specification”或簡稱“field”

Ø  "<key>:=<value>" 鍵值對

Key的長度必須多于一個字元,value可以為空

Ø  注釋行以#開頭

NRRD 檔案頭包括magic,字段資訊,鍵值對和注釋。檔案頭後面緊跟一空行,分割檔案頭

Ø  dimension: <int> 次元資訊表示

每個軸上的樣本數是每個軸的必需資訊

sizes: <size[0]> <size[1]> ...<size[dim-1]>

size[i]表示對應軸i上的樣本數目,軸排序從最快到最慢(from fastest to slowest)

Ø  type: <type>

type标記包括int,float,unchar,block

Ø  encoding: <encoding>

說明資料寫入的格式,ascii,raw,hex

Ø  Space:<spacce>

指定數組所在的特定空間,

Space dimension: <int>

Space origin : <vector>

數組中第一個樣本的中心位置,該值在資料檔案中首先給出,或者占據最低記憶體位址

Space directions: <vector[0]><vector[1]> <vector[2]>……<vector[dim-1]>

給出每個軸的方向和間距

(4)    PAR/REC—Philips MRI scannerformats

(5)    MINC—Medical Imaging NetCDF

MINC 代表的是醫療圖像 NetCDF 工具包

MINC2 從 NetCDF變換成了HDF5,HDF5支援無限制多的資料類型,并且是為靈活高效的I/O和大容量的複雜資料而設計的,有助于MINC2處理大量的複雜資料集。

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參考連結:       NRRD格式:http://teem.sourceforge.net/nrrd/format.html  

      DICOM格式:   https://blog.csdn.net/wenzhi20102321/article/details/75127362?locationNum=2&fps=1                                https://blog.csdn.net/u014738683/article/details/54575481                                https://blog.csdn.net/zssureqh/article/details/55804292

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